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Poster communications

Développement d'un logiciel d'optimisation de sondes oligonucléotidiques destinées aux puces à ADN

Abstract : Les pucerons d’importance économique appartiennent presque tous à la famille des Aphididae (Hemiptera: Aphidoidea: Aphididae), et vivent tous en symbiose avec une bactérie intracellulaire, Entérobactériacée du genre Buchnera, proche d’Escherichia coli. Cette bactérie symbiotique est transmise par voie maternelle. L’association Buchnera / puceron est très ancienne (environ 250 M d’années) et elle est devenue obligatoire pour les deux partenaires : les pucerons rendus expérimentalement aposymbiotiques montrent une fécondité nulle et Buchnera ne semble pas cultivable in vitro. L’intervention de Buchnera dans la physiologie de son hôte a été très étudiée au laboratoire notamment pour ce qui concerne le métabolisme des acides aminés. Il a été montré que la bactérie est capable de fournir la totalité des acides aminés nécessaires au puceron lorsque ceux-ci sont absents de son alimentation à partir de quelques précurseurs glucidiques ou de quelques acides aminés. Buchnera aphidicola, caractérisée depuis le début des années 90, est actuellement le modèle de bactéries endosymbiotiques le mieux connu au niveau moléculaire. Son génome, d’une taille de 640 kb est extrêmement réduit par rapport aux génomes des autres Entérobactériacées non-symbiotiques (4-5 Mb) ; il est à ce jour complètement séquencé pour le symbiote du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Une des caractéristiques fonctionnelles de ce génome est la conservation de la plupart des voies de biosynthèse des acides aminés (contrairement aux parasites intracellulaires qui deviennent souvent auxotrophes pour certains acides aminés). L’organisation de certaines de ces voies est très originale par rapport à celle observée chez E. coli, pourtant très proche phylogénétiquement. Jusqu’au séquençage complet de Buchnera, l’analyse expérimentale des réponses métaboliques et moléculaires ne pouvait s'effectuer que “ voie par voie ”. Le développement de nouveaux outils d’analyse moléculaire (notamment les puces à ADN) et la taille réduite du génome de Buchnera (583 ORF) parfaitement adaptée à la mise en œuvre de puces de moyenne densité, offrent la possibilité d’explorer globalement l'ensemble des réponses métaboliques de cet organisme. Une telle approche devrait permettre une vision intégrée de la fonction anabolique symbiotique : inductions de flux de transports, de patterns globaux de régulation, de phases métaboliques du symbiote (eg bactériomes maternel et embryonnaire). Dans cette perspective, nous développons une collaboration avec des collègues du laboratoire IFOS1 de l'ECL et des collègues du DETAMB2 de l'Université Claude Bernard afin de réaliser une puce à ADN dédiée à l'étude du transcriptome de Buchnera aphidicola.
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https://hal.inrae.fr/hal-03506436
Contributor : Hubert Charles Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Sunday, January 2, 2022 - 11:56:07 AM
Last modification on : Wednesday, January 5, 2022 - 4:29:25 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-03506436, version 1

Citation

Nancie Reymond, Hubert Charles, Guillaume Beslon, Jean-Michel Fayard. Développement d'un logiciel d'optimisation de sondes oligonucléotidiques destinées aux puces à ADN. Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'01, Apr 2001, villeurbanne, France. ⟨hal-03506436⟩

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