SEPTODUR - Contribution à la durabilité de la lutte génétique et chimique contre la Septoriose du blé dur par la caractérisation des populations du complexe d’espèces responsable de cette maladie.
Résumé
Leaf blotch, caused by Zymoseptoria tritici and Parastagonospora nodorum is a major disease complex
of wheat worldwide. In France, these diseases have been reported to cause yield losses up to 50% in
bread wheat fields. Yield losses are mainly caused by Z. tritici on bread wheat. However, only little
information is available in France for epidemics on durum wheat that are increasing in prevalence in recent
years. A 3 years survey of leaf blotch on durum wheat and neighbouring bread wheat fields was recently
conducted in France, in order to characterize the species complex, study population genetic structure
according to host, assess host specificity, characterize cultivar susceptibility and evaluate fungicide
sensitivity. Since Z. tritici and P. nodorum cause relatively similar symptoms on wheat, the presence of
these two fungal species in infected leaves were tested using microbiological isolation methods and qPCR
detection. Z. tritici was detected in all French regions on both durum wheat and bread wheat. On durum
wheat, P. nodorum was detected in most French regions. On bread wheat P. nodorum was only quantified
at low levels by qPCR. Durum wheat cultivars are more susceptible to P. nodorum than bread wheat
cultivars. Similarly, all the durum wheat cultivars were susceptible to Z. tritici. Genomic and genetic
analysis of Z. tritici populations showed a genetic structure of populations by host but also by geography
for isolated durum wheat populations. Moreover, this genetic differentiation is correlated with the
pathogenicity of isolates. Finally, we confirmed the generalization of DMI (DeMethylation Inhibitor) and
QoIs (Quinone outside Inhibitors) in Z. tritici populations.
La septoriose, causée par Zymoseptoria tritici et Parastagonospora nodorum est l’une des principales
maladies des céréales à paille dans le monde. En France, cette maladie peut entrainer des pertes de
rendements jusqu’à 50% pour le blé tendre. Ces pertes sont principalement causées par Z. tritici.
Cependant, très peu d’informations sont disponibles pour les épidémies de septoriose sur blé dur qui ont
augmenté en fréquence ces dernières années. Dans ce projet, une étude pluriannuelle a été menée pour
caractériser le complexe d’espèces de la septoriose du blé dur, étudier la structuration génétique des
populations selon l’hôte, évaluer la spécificité d’hôte, caractériser la sensibilité variétale et évaluer la
résistance des populations aux fongicides, dans l’objectif d’apporter des solutions efficaces pour lutter
contre cette maladie. Grâce à un large échantillonnage et différentes approches méthodologiques, la
présence significative de Z. tritici et P. nodorum dans les feuilles symptomatiques de blé dur et donc
l’importance de prendre en compte ces deux espèces dans la lutte contre la septoriose du blé dur ont été
mises en évidence. Les variétés de blé dur sont plus sensibles à P. nodorum que les variétés de blé
tendre. De même, ces variétés ont également montré, en conditions contrôlées, des niveaux de
résistance assez faibles à Z. tritici. Les analyses de génomique et génétique des populations de Z. tritici
ont montré une structuration génétique des populations en fonction de l’hôte mais également en fonction
de la géographie pour les populations de blé dur. De plus, cette différenciation génétique est également
associée à la pathogénicité des isolats. Enfin, nous avons confirmé la généralisation de la résistance aux
QoIs (Quinone outside Inhibitor) et benzimidazoles, et l’absence de résistance aux SDHI (Succinate
DeHydrogenase Inhibitor) en 2013. La résistance aux IDM (Inhibiteurs de la DéMéthylation) est
généralisée dans toutes les populations mais les phénotypes majoritaires diffèrent en fréquence dans le
Nord et le Sud, ce qui confirme les efficacités contrastées de certains triazoles observées par ailleurs.
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