Maritime Pine Genomics in Focus
Lieven Sterck
(1, 2)
,
Nuria de María
(3, 4, 5)
,
Rafael Cañas
(6)
,
Marina de Miguel
(7, 8)
,
Pedro Perdiguero
(9, 10)
,
Annie Raffin
(11)
,
Katharina Budde
(12)
,
Miriam López-Hinojosa
(3, 4, 5)
,
Francisco Cantón
(6)
,
Andreia Rodrigues
(13, 14)
,
Marian Morcillo
(15)
,
Agathe Hurel
(7)
,
María Dolores Vélez
(3, 4, 5)
,
Fernando de La Torre
(6)
,
Inês Modesto
(1, 2, 13, 16)
,
Lorenzo Federico Manjarrez
(3, 4, 5)
,
María Belén Pascual
(6)
,
Ana Alves
(16)
,
Isabel Mendoza-Poudereux
(15)
,
Marta Callejas Díaz
(3, 4)
,
Alberto Pizarro
(17)
,
Jorge El-Azaz
(6)
,
Laura Hernández-Escribano
(3, 4)
,
María Ángeles Guevara
(3, 4, 5)
,
Juan Majada
(18)
,
Jerome Salse
(19)
,
Delphine Grivet
(3, 4)
,
Laurent Bouffier
(7)
,
Rosa Raposo
(3, 4)
,
Amanda de La Torre
(20)
,
Rafael Zas
(21)
,
José Antonio Cabezas
(3, 4, 5)
,
Concepción Ávila
(6)
,
Jean-Francois Trontin
(22)
,
Leopoldo Sanchez
(23)
,
Ricardo Alía
(3, 4)
,
Isabel Arrillaga
(15)
,
Santiago C. Gonzalez-Martinez
(7)
,
Célia Miguel
(9, 16)
,
Francisco Cánovas
(6)
,
Christophe Plomion
(7)
,
Carmen Díaz-Sala
(17)
,
María Teresa Cervera
(3, 4, 5)
1
Department of Plant Systems Biology, VIB, and Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics
2 VIB - Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique]
3 CSIC - Consejo Superior de Investigaciones Cientificas [España] = Spanish National Research Council [Spain]
4 INIA - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology
5 UPM - Universidad Politécnica de Madrid
6 Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga]
7 BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
8 UMR EGFV - Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
9 IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica
10 INIA-CISA - Centro de Investigacion en Sanidad Animal
11 UEFP - Unité expérimentale Forêt Pierroton
12 Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen
13 ITQB - Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier
14 SILS - Swammerdam Institute for Life Sciences
15 UV - Universitat de València
16 Faculdade de Ciências [Lisboa]
17 UAH - Universidad de Alcalá - University of Alcalá
18 CETEMAS - Forest and Wood Technology Research Centre
19 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
20 Northern Arizona University [Flagstaff]
21 MBG - Mision Biologica de Galicia
22 FCBA - Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement
23 BioForA - Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt
2 VIB - Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique]
3 CSIC - Consejo Superior de Investigaciones Cientificas [España] = Spanish National Research Council [Spain]
4 INIA - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology
5 UPM - Universidad Politécnica de Madrid
6 Universidad de Málaga [Málaga] = University of Málaga [Málaga]
7 BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
8 UMR EGFV - Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
9 IBET - Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica
10 INIA-CISA - Centro de Investigacion en Sanidad Animal
11 UEFP - Unité expérimentale Forêt Pierroton
12 Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen
13 ITQB - Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier
14 SILS - Swammerdam Institute for Life Sciences
15 UV - Universitat de València
16 Faculdade de Ciências [Lisboa]
17 UAH - Universidad de Alcalá - University of Alcalá
18 CETEMAS - Forest and Wood Technology Research Centre
19 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
20 Northern Arizona University [Flagstaff]
21 MBG - Mision Biologica de Galicia
22 FCBA - Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement
23 BioForA - Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt
Lieven Sterck
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770099
- ORCID : 0000-0001-7116-4000
Marina de Miguel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 741279
- IdHAL : marina-de-miguel
- ORCID : 0000-0001-6398-2660
- IdRef : 253126665
Katharina Budde
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800212
- ORCID : 0000-0002-5361-2815
Ana Alves
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1226922
- ORCID : 0000-0002-9965-659X
Jerome Salse
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147737
- IdHAL : jerome-salse
- ORCID : 0000-0003-2942-1098
Delphine Grivet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786907
- ORCID : 0000-0001-8168-4456
- IdRef : 059863242
Laurent Bouffier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747482
- IdHAL : laurent-bouffier
- ORCID : 0000-0001-7493-5077
Leopoldo Sanchez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737578
- IdHAL : leopoldo-sanchez-rodriguez
- ORCID : 0000-0002-8285-0441
- IdRef : 189608714
Ricardo Alía
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769797
- ORCID : 0000-0002-9426-0967
Santiago C. Gonzalez-Martinez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747477
- IdHAL : santiago-gonzalez-martinez
- ORCID : 0000-0002-4534-3766
Célia Miguel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776743
- ORCID : 0000-0002-1427-952X
Christophe Plomion
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736161
- IdHAL : christophe-plomion
- ORCID : 0000-0002-3176-2767
- IdRef : 059834471
Résumé
The advent of next-generation genome sequencing technologies has allowed approaching the sequencing and analysis of large and complex conifer genomes. Maritime pine (Pinus pinaster Ait.) is an economically and ecologically important conifer species widely distributed in South-West Europe, which shows a significant genetic and adaptive variability. This chapter takes on the task of reviewing the insights into the maritime pine genome sequencing breakthrough and its impact on downstream analysis. Maritime pine genome sequencing and assembly approaches are described along with the impact of related tools. A section of the state-of-the-art research on comparative, functional, structural, and translational genomics aimed at dissecting the genetic basis and the specific regulation of biological processes underlying the expression of traits of interest in maritime pine and other conifers is also described. Perspectives about the impact of these tools as well as additional research approaches are discussed.