Dans un contexte de remise en cause de l’élevage, un des enjeux pour les filières est d’évoluer vers des pratiques plus durables et acceptables par les consommateurs. Les attentes sont notamment très fortes concernant le bien-être et la santé animale, mais aussi l’impact environnemental et les qualités des produits, en résumé, la durabilité des modes de production.... La prise en compte de ces attentes en recherche, se traduit par le développement d’outils de phénotypage fin, pour certains basés sur l’identification de biomarqueurs, suffisamment fiables et faciles à mettre en œuvre, pour evaluer voire anticiper l’impact de la sélection ou des pratiques d’élevage sur la durabilité des élevages. Un des objectifs du Défi 2 de PHASE : Des modèles et des biomarqueurs pour anticiper et piloter les processus, est de contribuer au développement de ces outils, en valorisant les modèles animaux et les dispositifs expérimentaux dont l’INRA dispose, les connaissances sur les mécanismes moléculaires qui régulent les différentes fonctions biologiques de l’animal, l’accès facilité à des plateformes d’analyse haut-débit et les compétences en bioinfoanalyse et modélisation. Ces travaux se font en étroite collaboration avec nos collègues des départements GA et SA et mettent en œuvre une stratégie qui consiste généralement à (1) identifier des molécules dont l’abondance varie avec le caractère d’intérêt, (2) modéliser les relations entre leur abondance et le(s) phénotype(s) d’intérêt et (3) vérifier leur généricité en considérant une grande variété de populations et/ou de contextes environnementaux. Parfois, cette stratégie en 3 temps n’est pas suffisante pour atteindre l’objectif final, à savoir fournir des outils utilisables en routine sur le terrain. En effet, les biomarqueurs identifiés le sont souvent au sein de tissus spécifiques d’une fonction biologique et leur mesure nécessite un prélèvement invasif. Ils servent alors de proxy pour des phénotypes complexes difficiles à mesurer, suffisamment fins et précis, pour la recherche ultérieure de méthodes de diagnostic ou de prédiction moins voire non invasives (imagerie, analyse de sang, etc.). L’objectif de cette synthèse est de faire un bilan de l’avancement des connaissances acquises dans ce domaine au sein des unités PHASE au travers de plusieurs exemples illustrant les multiples objectifs de production et les principales espèces de rente. Cette synthèse sera aussi l’occasion d’aborder les verrous scientifiques et méthodologiques auxquels les chercheurs sont confrontés et les moyens à mettre en œuvre et les fronts de science à explorer pour les lever. Une réflexion plus prospective sera consacrée aux retombées attendues pour la sélection et l’élevage mais aussi à l’intérêt du développement de ces outils pour réduire le nombre d’animaux utilisés à des fins expérimentales.