La mycorhize à arbuscules est une symbiose mutualiste entre les racines des plantes et les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA). Elle apporte de nombreux services écosystémiques, au sol par l’amélioration de la structure, et aux plantes colonisées en améliorant leur nutrition, leur croissance et en améliorant leur tolérance aux stress biotiques et abiotiques. Cependant, les pratiques agricoles intensives ont un impact fort sur les communautés de microorganismes telluriques dont les CMA, ainsi que sur les cycles biogéochimiques de l’écosystème. En viticulture, le greffage est une pratique habituelle à cause du risque phylloxérique. La culture de la vigne moderne fait donc cohabiter deux fonds génétiques différents : un porte-greffe résistant au phylloxéra et adapté aux conditions pédoclimatiques de la parcelle et un cépage (greffon) producteur de raisins. La variabilité génétique présente chez la vigne nous permet d’émettre l’hypothèse selon laquelle les caractéristiques physiologiques des différents génotypes, conduiraient à une sélection préférentielle de communautés microbiennes avec lesquelles la vigne interagit. Ainsi, cette étude vise à évaluer l’impact de la variabilité génétique de la vigne sur la structure des communautés fongiques en interaction avec les racines. Pour cela, une série de prélèvement de sol et de racines de vigne a été réalisée au sein d’une parcelle conservatoire du vignoble bourguignon. Ce conservatoire regroupe 17 accessions de porte-greffes, cultivés seuls, et 40 accessions de cépages, greffés sur trois porte-greffes : Teleki 5C, Selection Oppenheim 4 ou Fercal. Une approche de metabarcoding a permis d’identifier des groupes taxonomiques présents dans les échantillons. Après extraction des ADN totaux, un marqueur taxonomique spécifique des CMA a été amplifié par PCR nichée puis les amplicons ont été séquencés en utilisant la technologie à haut débit MiSeq. Suite au traitement bioinformatique des données, nous avons pu montrer un effet de l’identité du porte-greffe et du cépage sur les communautés de CMA. De plus, lorsque l’on associe un cépage avec un porte-greffe, l’identité du cépage semble avoir un effet plus important que celle du porte-greffe sur les communautés de CMA identifiés. Cela suggère alors un effet local et systémique du recrutement des CMA au sein des racines du porte-greffe.