Introduction Lorsqu’un enfant non allaité présente un risque allergique, l’utilisation d’un lait infantile portant un label hypoallergénique « HA » est préconisée. L’hydrolysat protéique partiel contenu dans ces laits étant construit pour favoriser la tolérance immunitaire. Méthode Parmi plus de 8 000 enfants de la cohorte de naissance ELFE, l’alimentation lactée (lait maternel exclusivement, laits infantiles contenant un hydrolysat protéique poussé, laits infantiles contenant un hydrolysat protéique partiel avec ou sans label HA, laits infantiles standards) était rapportée à 2 mois. Le diagnostic ou les signes potentiels d’allergie (eczéma, sifflements, bronchiolites, asthme, allergies alimentaires) étaient rapportés à 2 mois, 1 et 2 ans. Les associations entre l’alimentation lactée à 2 mois et l’incidence des allergies jusqu’à 2 ans ont été étudiées par régressions logistiques ajustées, avec pour catégorie de référence le lait maternel. Les enfants recevant un hydrolysat protéique poussé ou ayant un report d’allergie à 2 mois ont été exclus des analyses. Les analyses ont porté sur 3 échantillons : un premier échantillon de base ; un second échantillon excluant les cas d’eczéma et de sifflements à 2 mois ; un troisième échantillon similaire au second et utilisant une pondération prenant en compte l’attrition et la non-participation à l’étude. Résultats L’utilisation de lait infantile à 2 mois était associée avec un risque accru de bronchiolites fréquentes à 1 an. L’utilisation de laits infantiles HA à 2 mois était associée à un risque accru de bronchiolites fréquentes à 1 et 2 ans, de sifflements à 1 an et d’allergies alimentaires à 2 ans. Des analyses stratifiées en fonction du statut allergique des parents et de la fratrie ont été réalisées. L’utilisation de laits infantiles HA à 2 mois restait associée à un risque accru de sifflements à 1 an uniquement chez les enfants à risque. Conclusions Nous n’avons pas retrouvé d’effet protecteur des laits infantiles HA dans la prévention des allergies jusqu’à 2 ans. D’autres composants des laits infantiles, tel que les pré- et probiotiques, doivent néanmoins être pris en compte.