Depuis deux décennies les nanotechnologies sont l’objet de toutes les attentions, avec des promesses révolutionnaires notamment en médecine. Dans l’agro-alimentaire, plusieurs applications connaissent un formidable essor, allant de produits phytosanitaires à des ingrédients incorporés aux aliments ou dans les emballages alimentaires. Cependant, qu’elles soient manufacturées et intentionnellement ajoutées le long de la chaîne alimentaire ou générées lors de transformation des produits, les nanoparticules sont soupçonnées de représenter un risque pour la santé humaine. La nanodimension facilite le passage des barrières biologiques comme l’intestin. Des NPs s’accumulent dans le foie, la rate et le cerveau où leur forte réactivité chimique est source d’effets potentiellement toxiques. Dans l’intestin, les conséquences chroniques sur l’écologie et/ou l’activité métabolique du microbiote sont méconnues. A l’exemple du nano-Argent, leurs propriétés bactéricides sont susceptibles de fragiliser la santé de l’hôte compte tenu de l’importance du microbiote intestinal dans le développement et l’équilibre des fonctions digestives, immunitaires, métaboliques, cérébrales. Face aux applications actuelles ou promises des NPs dans des produits ultra-transformés, il est nécessaire d’évaluer les risques liés à leur ingestion. Cette démarche passe par l’évaluation des effets à long terme sur le microbiote et la fonction de barrière intestinale, les voies d’absorption et la caractérisation du potentiel de danger(s) lié à leur bioaccumulation dans l’organisme.