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Conference Papers Year :

Development of an in situ genetic management strategy of the local breed “Noire de Challans”

Etablissement d'une stratégie de gestion génétique in situ pour la race locale "Noire de de Challans"

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Abstract

“Noire de Challans” is a local breed originating from the area located between Nantes and Challans in Vendée (France). The population is maintained within its geographic range thanks to several farmers breeding the animals to ensure the permanency of the flock. As in many local breeds, genetic management of this population is difficult because of incomplete or sparse pedigrees. The goal of this study was to develop a management strategy of the genetic diversity within the breed “Noire de Challans” using molecular markers. Ninety-six SNP markers have been selected from a list obtained through a previous project. Within “Noire de Challans”, these markers displayed a high level of diversity (the average minor allele frequency is 0.358). A slight heterozygote deficit caused by a Wahlund effect has been detected within the population. An in silico analysis confirmed that this set of markers is perfectly suitable for parentage assignment within the breed (probability of identity: 4.24x10-27, exclusion probability: 0.999). Finally, optimal mating plans were designed using an iterative procedure based on a simulated annealing algorithm to maximise the molecular distance between sires and dams. This posterior reconstruction of the pedigrees using these molecular markers allows the genetic management of the “Noire de Challans” by limiting the increase of inbreeding within the population. This proof of concept can be transferred to other local breeds for which genealogical information is often rare or inaccurate
La poule Noire de Challans est une race locale originaire de la région s’étendant entre Nantes et Challans en Vendée. La population est actuellement maintenue dans son aire de répartition grâce à l’activité de plusieurs éleveurs assurant le renouvellement des cheptels. A l’instar de nombreuses races locales, la gestion génétique de la population est difficile en raison de généalogies imparfaitement connues. Le but de cette étude a été de mettre en place une gestion in situ de la diversité génétique de la Noire de Challans par l’utilisation de marqueurs moléculaires. Quatre-vingt-seize marqueurs SNPs ont été sélectionnés à partir d’une liste obtenue lors de travaux antérieurs. Testés au sein de la population de Noire de Challans, ces marqueurs présentent un niveau élevé de diversité (Fréquence moyenne de l’allèle minoritaire égale à 0.358). Un léger déficit en hétérozygote causé par un effet Wahlund a été détecté dans la population. Une analyse in silico a ensuite permis de confirmer que les marqueurs choisis étaient parfaitement compatibles avec leur utilisation dans le cadre d’une assignation de parenté chez la Noire de Challans (probabilité d’identité de 4.24x10-27 et probabilité d’exclusion de 0.999). Finalement, une procédure itérative reposant sur un algorithme de type “recuit-simulé” a été mise en place afin de définir le plan de croisements permettant de maximiser la distance génétique moléculaire observée entre mâles et femelles à associer. La reconstruction a posteriori du pedigree à l’aide de ces marqueurs permettra de gérer in situ les populations de Noire de Challans en limitant l'accroissement de la consanguinité. Ces résultats représentent une preuve de concept qu’il sera possible d’étendre à d’autres races locales pour lesquelles les informations généalogiques sont partielles ou absentes.
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Origin : Files produced by the author(s)

Dates and versions

hal-03811952 , version 1 (12-10-2022)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03811952 , version 1

Cite

Romuald Rouger, Hervé Deloison, Marc Teissier, Gwendal Restoux, Daniel Guemene, et al.. Etablissement d'une stratégie de gestion génétique in situ pour la race locale "Noire de de Challans". Quatorzièmes Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à foie gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03811952⟩
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