L’ovaire est un organe épais et opaque, constitué en grande majorité (en terme de volume) de cellules germinales (e.g. ovocytes). De part leur grande taille (jusqu’à 1 mm de diamètre) et leur teneur importante en lipides, les ovocytes rendent l’imagerie 3D de l’ovaire particulièrement complexe et frêne l’acquisition de nouvelles données pour décrypter les mécanismes de développement ovarien chez les poissons. En effet, l’imagerie en profondeur des ovaires de poissons, comme la plupart des tissus épais, est limitée par son opacité qui réduit concidérablement la pénétration de la lumière à travers l’échantillon. Et malgré les avancées considérables en microscopie et le développement de microscopes à fluorescence performants pour imager les échantillons épais à une résolution cellulaire (confocal, Lightsheet), l’acquisition d’images en profondeur reste limitée à quelques dixaines de microns. Nous avons tiré parti du développement récent de nouvelles méthodes de transparisation des tissus pour développer un protocole complet de transparisation, de marquage et d’imagerie 3D des ovaires par microscopie confocale. La méthode de transparisation à l’ECi s’est révélée être une méthode de choix pour ses nombreux avantages qu’elle possède (indice de réfraction élevé, non-toxicité, simplicité d’utilisation, compatibilité avec différents types de marquages fluorescents). Pour plus d’efficacité et afin de transpariser les ovaires de grande taille (ovaires de femelles adultes), nous avons combiné la méthode ECi à la méthode CUBIC (C-ECi) (1). L’association de ces deux méthodes a permis d’améliorer la qualité du marquage fluorescent et l’acquisition des images en profondeur d’ovaires entiers. Que ce soit dans sa forme simple (ECi) ou combinée (C-ECi), l’utilisation de l’ECi nous a ainsi permis d’imager en 3D des ovaires entiers à différents stades de développement (larvaire, juvénile et adulte) et d’analyser finement la dynamique de développement de l’ensemble des ovocytes au cours du cycle de vie chez le médaka.