Ruminants microbiota
Les microbiotes des ruminants
Résumé
Ruminants, similar to humans and other mammals, host trillions of symbiotic microbes, the microbiota,
in their skin, digestive, respiratory and genital tracts. The composition and functions of these microbiotas
depends on their location. A particularity of ruminants is the presence of a specialized microbiota in the
rumen composed by bateria (50 % of biomass), protozoa, archea and fungi. Omics approaches,
particularly new-generation sequencing, have made possible to characterize members of the microbiota,
their genes and their activities. The ruminal microbiota, located upstream of the absorption sites, has a
central role in ruminant nutrition. Ruminant production is also impacted by the gut microbiota and the
microbiota associated to the udder skin. The intestinal microbiota is diverse and specific to the segments
under consideration. Finally, the microbiota of the udder skin is a major reservoir of the microbial
diversity of raw milk. These different microbes interact with each other and with their host under the
influence of various factors of variation. Diet is the main factor in the modulation of gut microbiota,
whereas feeding practices in early life also influence the implantation kinetics and structure of the
microbiota. The living environment of the animal, in connection with diet, has a particular impact on the
microbiota of the udder skin. Recent studies show a potential genetic control by the host of its microbial
communities. Also, there is accumulated evidence of the links between microbiota and animal health,
feed efficiency, performance, products quality and greenhouse gas production. Such findings justify the
growing interest of farmers on animal microbiotas and their modulation.
Les ruminants, tout comme l’Homme et les autres mammifères, hébergent des billions de microbes
symbiotiques, constituant les « microbiotes » de la peau, des voies digestives, respiratoires et génitales.
La composition et les fonctions de ces microbiotes dépendent de leur emplacement. Une particularité
des ruminants est la présence d'un microbiote spécialisé dans le rumen, composé principalement de
bactéries (50 % de la biomasse), de protozoaires, d’archées et de champignons. L’application des
approches omiques, en particulier le séquençage de nouvelle génération a permis de caractériser les
membres du microbiote, leurs gènes et leurs activités. Le microbiote ruminal, situé en amont des sites
d'absorption, joue un rôle central dans la nutrition des ruminants. La production des ruminants est aussi
particulièrement influencée par le microbiote intestinal et le microbiote associé à la peau de la mamelle.
Les populations microbiennes intestinales sont diversifiées et leur composition est spécifique des
segments considérés. Enfin, le microbiote cutané de la mamelle est un réservoir important de la diversité
microbienne du lait cru. Ces différents microbes interagissent entre eux et avec leur hôte sous l'influence
de divers facteurs de variation. Le régime alimentaire est le principal facteur de modulation des
microbiotes digestifs, tandis que les pratiques d'alimentation au début de la vie influencent également
la cinétique d'implantation et la structure de ces microbiotes. Le milieu de vie de l'animal, en relation
avec l'alimentation, a un impact particulier sur le microbiote cutané mammaire. Des études récentes
montrent un contrôle génétique potentiel par l'hôte de ses communautés microbiennes. En outre, il
existe une accumulation de preuves des liens entre le microbiote et la santé animale, l'efficacité de
l'alimentation, les performances, la qualité des produits et la production de gaz à effet de serre. Ces
constatations justifient l'intérêt croissant des éleveurs pour les microbiotes des animaux et leur
modulation.
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