La biodiversité actuellement observée dans les milieux naturels est le résultat de processus passés (naturels ou anthropiques) qui ont contraint et sélectionné les espèces présentes sur ces milieux. L’histoire de ces contraintes est pourtant rarement considérée dans l’étude de la diversité des communautés biologiques, en particulier dans les écosystèmes aquatiques tels que les lacs et étangs. En utilisant l’histoire du paysage comme un indicateur de l’influence anthropique passée, nous avons cherché, dans cette étude, à mesurer l’importance relative de ces processus historiques sur la diversité des plantes aquatiques. Ainsi, nous avons reconstitué l’occupation du sol en 1945, 1965, 1985 et 2000 sur 17 bassins versants de lacs et étangs du littoral aquitain, afin d’examiner dans un premier temps la dynamique paysagère sur ces espaces, et dans un second temps, de tester son importance sur la structure et la composition de la diversité des macrophytes. L’influence relative du paysage passé et récent ainsi que des facteurs abiotiques liés à la qualité de l’eau et aux caractéristiques physiques des masses d’eau sur la richesse et la composition des macrophytes a ainsi été évaluée. Nos résultats montrent que les bassins versants étudiés témoignent d’une dynamique d’artificialisation croissante au dépens des zones semi-naturelles, et que la qualité physico-chimique de l’eau et l’occupation du sol passée jouent conjointement un rôle prépondérant dans l’organisation des communautés végétales. Ces résultats soulignent l’importance de l’histoire du paysage dans la structuration de la biodiversité actuelle et suggèrent des délais de réponse importants des communautés de macrophytes suite aux différentes pressions anthropiques. Intégrer les dynamiques temporelles dans l’étude des écosystèmes lacustres se révèle donc indispensable à une meilleure compréhension des mécanismes naturels qui gouvernent l’assemblage des espèces occupant ces milieux, et offre de nouvelles perspectives pour la gestion de sa biodiversité.