How genomics can help biodiversity conservation - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
Article Dans Une Revue Trends in Genetics Année : 2023

How genomics can help biodiversity conservation

Kathrin Theissinger (1) , Carlos Fernandes (2) , Giulio Formenti (3) , Iliana Bista (4) , Paul Berg (5) , Christoph Bleidorn (6) , Aureliano Bombarely (7) , Angelica Crottini (8) , Guido Gallo (7) , José Godoy (9) , Sissel Jentoft (10) , Joanna Malukiewicz , Alice Mouton (11) , Rebekah Oomen , Sadye Paez , Per Palsbøll , Christophe Pampoulie , María Ruiz-López , Simona Secomandi , Hannes Svardal , Constantina Theofanopoulou , Jan de Vries , Ann-Marie Waldvogel , Guojie Zhang , Erich Jarvis , Miklós Bálint , Claudio Ciofi , Robert Waterhouse , Camila Mazzoni , Jacob Höglund , Sargis Aghayan , Tyler Alioto , Isabel Almudi , Nadir Alvarez , Paulo Alves , Isabel Amorim Do Rosario , Agostinho Antunes , Paula Arribas , Petr Baldrian , Giorgio Bertorelle , Astrid Böhne , Andrea Bonisoli-Alquati , Ljudevit Boštjančić , Bastien Boussau , Catherine Breton , Elena Buzan , Paula Campos , Carlos Carreras , L. Filipe C. Castro , Luis Chueca , Fedor Čiampor , Elena Conti , Robert Cook-Deegan , Daniel Croll , Mónica Cunha , Frédéric Delsuc , Alice Dennis , Dimitar Dimitrov , Rui Faria , Adrien Favre , Olivier Fedrigo , Rosa Fernández , Gentile Francesco Ficetola , Jean-François Flot , Toni Gabaldón , Dolores Agius , Alice Giani , M. Thomas P. Gilbert , Tine Grebenc , Katerina Guschanski , Romain Guyot , Bernhard Hausdorf , Oliver Hawlitschek , Peter Heintzman , Berthold Heinze , Michael Hiller , Martin Husemann , Alessio Iannucci , Iker Irisarri , Kjetill Jakobsen , Peter Klinga , Agnieszka Kloch , Claudius Kratochwil , Henrik Kusche , Kara K.S. Layton , Jennifer Leonard , Emmanuelle Lerat (12) , Gianni Liti , Tereza Manousaki , Tomas Marques-Bonet , Pável Matos-Maraví , Michael Matschiner , Florian Maumus (13) , Ann Mc Cartney , Shai Meiri , José Melo-Ferreira , Ximo Mengual , Michael Monaghan , Matteo Montagna , Robert Mysłajek , Marco Neiber , Violaine Nicolas , Marta Novo , Petar Ozretić , Ferran Palero , Lucian Pârvulescu , Marta Pascual , Octávio Paulo , Martina Pavlek , Cinta Pegueroles , Loïc Pellissier , Graziano Pesole , Craig Primmer , Ana Riesgo , Lukas Rüber , Diego Rubolini , Daniele Salvi , Ole Seehausen , Matthias Seidel , Bruno Studer , Spyros Theodoridis , Marco Thines , Lara Urban , Anti Vasemägi , Adriana Vella , Noel Vella , Sonja Vernes , Cristiano Vernesi , David Vieites , Christopher Wheat , Gert Wörheide , Yannick Wurm , Gabrielle Zammit
Joanna Malukiewicz
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Rebekah Oomen
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Sadye Paez
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Per Palsbøll
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Christophe Pampoulie
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María Ruiz-López
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Simona Secomandi
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Hannes Svardal
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Constantina Theofanopoulou
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Jan de Vries
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Ann-Marie Waldvogel
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Guojie Zhang
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Erich Jarvis
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Miklós Bálint
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Claudio Ciofi
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Robert Waterhouse
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Camila Mazzoni
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Jacob Höglund
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Sargis Aghayan
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Tyler Alioto
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Isabel Almudi
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Nadir Alvarez
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Paulo Alves
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Isabel Amorim Do Rosario
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Agostinho Antunes
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Paula Arribas
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Petr Baldrian
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Giorgio Bertorelle
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Astrid Böhne
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Andrea Bonisoli-Alquati
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Ljudevit Boštjančić
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Bastien Boussau
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Paula Campos
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Carlos Carreras
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Gentile Francesco Ficetola
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M. Thomas P. Gilbert
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Tine Grebenc
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David Vieites
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Christopher Wheat
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Gert Wörheide
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Yannick Wurm
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Gabrielle Zammit
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Résumé

The availability of public genomic resources can greatly assist biodiversity assessment, conservation, and restoration efforts by providing evidence for scientifically informed management decisions. Here we survey the main approaches and applications in biodiversity and conservation genomics, considering practical factors, such as cost, time, prerequisite skills, and current shortcomings of applications. Most approaches perform best in combination with reference genomes from the target species or closely related species. We review case studies to illustrate how reference genomes can facilitate biodiversity research and conservation across the tree of life. We conclude that the time is ripe to view reference genomes as fundamental resources and to integrate their use as a best practice in conservation genomics.
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Kathrin Theissinger, Carlos Fernandes, Giulio Formenti, Iliana Bista, Paul Berg, et al.. How genomics can help biodiversity conservation. Trends in Genetics, 2023, ⟨10.1016/j.tig.2023.01.005⟩. ⟨hal-04082874⟩
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