AUTOMNE AUtomatisation du Traitement des dONées MEdria - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Poster Year : 2022

AUTOMNE AUtomatisation du Traitement des dONées MEdria

Abstract

Le monitoring de paramètres comportementaux intéresse de plus en plus la recherche, mais la plupart du temps les capteurs sont spécialement développés pour enregistrer des données brutes et les algorithmes sont spécifiquement développés pour repérer des activités précises et d’intérêt dans le cadre des recherches menées (Martiskaien et al, 2009 ; Rayas-Amor et al, 2017 ; Moreau et al, 2009 ; Alvarenga et al, 2016, Robert et al, 2009, Nielsen, 2013). Les capteurs Axel Medria ® sont des outils d’élevage de précision largement répandus en ferme commerciale, avec pour objectif premier l’aide à la gestion de la reproduction en élevage bovin (détection de chaleur). L’accès laissé à INRAE à des données prétraitées par le fabricant, permet de retracer l’activité de l’animal : ingestion, rumination, repos, posture… Ces données ont par ailleurs déjà fait l’objet d’étude de validation (Bouchon et al. 2019) et représentent ainsi une alternative à l’observation, ce qui simplifie le recueil de données comportementales qui est chronophage et nécessite une main d’œuvre importante. Malgré tout, les jeux de données générés par ces capteurs restent frustres et nécessitent d’être retravailler avant d’être analysés et valorisés. Un logiciel de traitement automatisé de ces données a donc été développé sous R Shiny, permettant aux utilisateurs des UE et UR d’analyser les mesures réalisées pour répondre à diverses questions, sans avoir besoin de mobiliser des compétences spécifiques à ce type d’outils. Ce logiciel est constitué de différents modules : - Accueil, aide générale sur l’utilisation de l’outil. - Chargement des jeux de données (i) brutes, à partir de fichiers CSV, ou (2) d’un dataset déjà agrégé (Cf dernier module), et éventuellement d’une liste d’animaux. - Sélection à l’intérieur du dataset chargé de la période d’étude et des animaux - Résumé du dataset (nombre de lignes, d’animaux, période couverte…) et détection d’éventuels problèmes (données manquantes, incohérentes…) - Agrégation, calcul et visualisation des informations générées : données brutes, budgets temps, durées & chronologies, fractionnement, synchronisation des animaux… sous forme de tableau et de graphe. - Téléchargement des tableaux correspondants en CSV. Une fois finalisé (hébergement de l’application et des données toujours à l’étude), le programme pourra être diffusé à l’ensemble des utilisateurs, ce qui permettra de développer l’offre expérimentale des UE INRAE par l’amélioration de nos capacités de phénotypage du comportement, dont l’étude représente un intérêt grandissant dans les recherches menées dans les domaines de la santé, du bien-être ou encore de l’efficience alimentaire.
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JAS_texte_Spechat_AUTOMNE.pdf (383.44 Ko) Télécharger le fichier
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Dates and versions

hal-04274717 , version 1 (08-11-2023)

Identifiers

  • HAL Id : hal-04274717 , version 1

Cite

Bernard Sepchat, Nathalie Thollon, Matthieu Bouchon. AUTOMNE AUtomatisation du Traitement des dONées MEdria. Journées d'Animation Scientifique du département INRAE PHASE, May 2022, Poitiers - Futuroscope, France. ⟨hal-04274717⟩
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