Salmonellosis is the second cause of food-borne bacterial illnesses in Europe. Salmonella enterica is a most pathogenic species and can colonize humans, animals, plants and the environment. Subspecies enterica is generally found in farm animals (poultry, pigs, cattle), while the subspecies arizonae is mainly associated with cold-blooded animals. Nevertheless, an increase in human cases of Salmonella enterica subsp. arizonae (serotype: 48:z4,z23:-) has been reported since 2018 with no identified reason. This increase has also been observed in the poultry production, which constitutes a risk for humans. The aim of this project is to use whole genome sequencing (WGS) to determine if there is a phylogenetic link between poultry and human strains. Strains isolated from humans available at the “Institut Pasteur (CNR-ESS)” and strains isolated from the poultry production (NRL Salmonella) were compared using whole genome sequencing data, via a cgMLST analysis carried out by the online database EnteroBase. The results confirmed the emergence of this serotype in poultry production and humans in France and highlighted potential epidemiological links between strains.

Les salmonelloses représentent la deuxième cause de maladie bactérienne d’origine alimentaire en Europe. A travers toutes les espèces, Salmonella enterica représente une espèce particulièrement pathogène, elle peut coloniser les humains, les animaux, les plantes et se retrouver dans l’environnement. La sous-espèce enterica est généralement présente chez les mammifères alors que la sous espèce arizonae est principalement associée aux animaux à sang froid. Toutefois, il est notifié depuis 2018 une augmentation des cas humains à Salmonella enterica subsp. arizonae (sérotype : 48:z4,z23:-) sans raison identifiée. Cette augmentation est également observée dans la filière avicole, ce qui constitue un risque pour l’Homme. Ce projet a pour objectif d’analyser le possible lien génomique des souches isolées chez l’Homme et dans la volaille. Dans ce but, des souches issues de cas humains disponibles à l’institut Pasteur (CNR-ESS) et des souches issues de la filière avicole (LNR Salmonella) ont été comparées entre elles à partir des données de séquençage de leur génome, via une analyse cgMLST réalisée par l’intermédiaire de la base de données accessibles en ligne EnteroBase. Les résultats ont permis de confirmer l’émergence de ce sérotype dans la filière avicole et chez l’homme en France et de mettre en évidence de potentiels liens épidémiologiques entre les souches.