Phylogenomics and the rise of the angiosperms - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Année : 2024

Phylogenomics and the rise of the angiosperms

Alexandre Zuntini (1) , Tom Carruthers (1) , Olivier Maurin (1) , Paul Bailey (1) , Kevin Leempoel (1) , Grace Brewer (1) , Niroshini Epitawalage (1) , Elaine Françoso , Berta Gallego-Paramo , Catherine Mcginnie , Raquel Negrão , Shyamali Roy , Lalita Simpson , Eduardo Toledo Romero , Vanessa Barber , Laura Botigué , James Clarkson , Robyn Cowan , Steven Dodsworth , Matthew Johnson , Jan Kim , Lisa Pokorny , Norman Wickett , Guilherme Antar , Lucinda Debolt , Karime Gutierrez , Kasper Hendriks , Alina Hoewener , Ai-Qun Hu , Elizabeth Joyce , Izai Kikuchi , Isabel Larridon , Drew Larson , Elton John de Lírio , Jing-Xia Liu , Panagiota Malakasi , Natalia Przelomska , Toral Shah , Juan Viruel , Theodore Allnutt , Gabriel Ameka , Rose Andrew , Marc Appelhans , Montserrat Arista , María Jesús Ariza , Juan Arroyo , Watchara Arthan , Julien Bachelier , C. Donovan Bailey , Helen Barnes , Matthew Barrett , Russell Barrett , Randall Bayer , Michael Bayly , Ed Biffin , Nicky Biggs , Joanne Birch , Diego Bogarín , Renata Borosova , Alexander Bowles , Peter Boyce , Gemma Bramley , Marie Briggs , Linda Broadhurst , Gillian Brown , Jeremy Bruhl , Anne Bruneau , Sven Buerki , Edie Burns , Margaret Byrne , Stuart Cable , Ainsley Calladine , Martin Callmander , Ángela Cano , David Cantrill , Warren Cardinal-Mcteague , Mónica Carlsen , Abigail Carruthers , Alejandra de Castro Mateo , Mark Chase , Lars Chatrou , Martin Cheek , Shilin Chen , Maarten Christenhusz , Pascal-Antoine Christin , Mark Clements , Skye Coffey , John Conran , Xavier Cornejo , Thomas Couvreur , Ian Cowie , Laszlo Csiba , Iain Darbyshire , Gerrit Davidse , Nina Davies , Aaron Davis , Kor-Jent van Dijk , Stephen Downie , Marco Duretto , Melvin Duvall , Sara Edwards , Urs Eggli , Roy Erkens , Marcial Escudero , Manuel de la Estrella , Federico Fabriani , Michael Fay , Paola de L. Ferreira , Sarah Ficinski , Rachael Fowler , Sue Frisby , Lin Fu , Tim Fulcher , Mercè Galbany-Casals , Elliot Gardner , Dmitry German , Augusto Giaretta , Marc Gibernau , Lynn Gillespie , Cynthia González , David Goyder , Sean Graham , Aurélie Grall , Laura Green , Bee Gunn , Diego Gutiérrez , Jan Hackel , Thomas Haevermans (2) , Anna Haigh , Jocelyn Hall , Tony Hall , Melissa Harrison , Sebastian Hatt , Oriane Hidalgo , Trevor Hodkinson , Gareth Holmes , Helen Hopkins , Christopher Jackson , Shelley James , Richard Jobson , Gudrun Kadereit , Imalka Kahandawala , Kent Kainulainen , Masahiro Kato , Elizabeth Kellogg , Graham King , Beata Klejevskaja , Bente Klitgaard , Ronell Klopper , Sandra Knapp , Marcus Koch , James Leebens-Mack , Frederic Lens , Christine Leon , Étienne Léveillé-Bourret , Gwilym Lewis , De-Zhu Li , Lan Li , Sigrid Liede-Schumann , Tatyana Livshultz , David Lorence , Meng Lu , Patricia Lu-Irving , Jaquelini Luber , Eve Lucas , Manuel Luján , Mabel Lum , Terry Macfarlane , Carlos Magdalena , Vidal Mansano , Lizo Masters , Simon Mayo , Kristina Mccoll , Angela Mcdonnell , Andrew Mcdougall , Todd Mclay , Hannah Mcpherson , Rosa Meneses , Vincent Merckx , Fabián Michelangeli , John Mitchell , Alexandre Monro , Michael Moore , Taryn Mueller , Klaus Mummenhoff , Jérôme Munzinger (3) , Priscilla Muriel , Daniel Murphy , Katharina Nargar , Lars Nauheimer , Francis Nge , Reto Nyffeler , Andrés Orejuela , Edgardo Ortiz , Luis Palazzesi , Ariane Luna Peixoto , Susan Pell , Jaume Pellicer , Darin Penneys , Oscar Perez-Escobar , Claes Persson , Marc Pignal (2) , Yohan Pillon (4, 5) , José Pirani , Gregory Plunkett , Robyn Powell , Ghillean Prance , Carmen Puglisi , Ming Qin , Richard Rabeler , Paul Rees , Matthew Renner , Eric Roalson , Michele Rodda , Zachary Rogers , Saba Rokni , Rolf Rutishauser , Miguel de Salas , Hanno Schaefer , Rowan Schley , Alexander Schmidt-Lebuhn , Alison Shapcott , Ihsan Al-Shehbaz , Kelly Shepherd , Mark Simmons , André Simões , Ana Rita G. Simões , Michelle Siros , Eric Smidt , James Smith , Neil Snow , Douglas Soltis , Pamela Soltis , Robert Soreng , Cynthia Sothers , Julian Starr , Peter Stevens , Shannon Straub , Lena Struwe , Jennifer Taylor , Ian Telford , Andrew Thornhill , Ifeanna Tooth , Anna Trias-Blasi , Frank Udovicic , Timothy Utteridge , Jose del Valle , G. Anthony Verboom , Helen Vonow , Maria Vorontsova , Jurriaan de Vos , Noor Al-Wattar , Michelle Waycott , Cassiano Welker , Adam White , Jan Wieringa , Luis Williamson , Trevor Wilson , Sin Yeng Wong , Lisa Woods , Roseina Woods , Stuart Worboys , Martin Xanthos , Ya Yang , Yu-Xiao Zhang , Meng-Yuan Zhou , Sue Zmarzty , Fernando Zuloaga , Alexandre Antonelli , Sidonie Bellot , Darren Crayn , Olwen Grace , Paul Kersey , Ilia Leitch , Hervé Sauquet , Stephen Smith , Wolf Eiserhardt , Félix Forest , William Baker (1)
Alexandre Zuntini
Olivier Maurin
Paul Bailey
Kevin Leempoel
Elaine Françoso
Berta Gallego-Paramo
Catherine Mcginnie
  • Fonction : Auteur
Raquel Negrão
Shyamali Roy
  • Fonction : Auteur
Lalita Simpson
  • Fonction : Auteur
Eduardo Toledo Romero
  • Fonction : Auteur
Vanessa Barber
  • Fonction : Auteur
Laura Botigué
James Clarkson
  • Fonction : Auteur
Robyn Cowan
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Steven Dodsworth
Matthew Johnson
Jan Kim
  • Fonction : Auteur
Lisa Pokorny
Norman Wickett
Guilherme Antar
Lucinda Debolt
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Karime Gutierrez
  • Fonction : Auteur
Kasper Hendriks
Alina Hoewener
Ai-Qun Hu
Elizabeth Joyce
Izai Kikuchi
Isabel Larridon
Drew Larson
Elton John de Lírio
Jing-Xia Liu
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Panagiota Malakasi
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Natalia Przelomska
Toral Shah
  • Fonction : Auteur
Juan Viruel
Theodore Allnutt
Gabriel Ameka
Rose Andrew
Marc Appelhans
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Montserrat Arista
María Jesús Ariza
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Juan Arroyo
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Watchara Arthan
Julien Bachelier
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C. Donovan Bailey
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Helen Barnes
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Matthew Barrett
Russell Barrett
Randall Bayer
Michael Bayly
Ed Biffin
Nicky Biggs
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Joanne Birch
Diego Bogarín
Renata Borosova
Alexander Bowles
Peter Boyce
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Gemma Bramley
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Marie Briggs
Linda Broadhurst
Gillian Brown
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Jeremy Bruhl
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Anne Bruneau
Sven Buerki
Edie Burns
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Margaret Byrne
Stuart Cable
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Ainsley Calladine
Martin Callmander
Ángela Cano
David Cantrill
Warren Cardinal-Mcteague
Mónica Carlsen
Abigail Carruthers
Alejandra de Castro Mateo
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Mark Chase
Lars Chatrou
Martin Cheek
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Shilin Chen
Maarten Christenhusz
Pascal-Antoine Christin
Mark Clements
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Skye Coffey
John Conran
Xavier Cornejo
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Thomas Couvreur
Ian Cowie
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Laszlo Csiba
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Iain Darbyshire
Gerrit Davidse
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Aaron Davis
Kor-Jent van Dijk
Stephen Downie
Marco Duretto
Melvin Duvall
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Sara Edwards
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Urs Eggli
Roy Erkens
Marcial Escudero
Manuel de la Estrella
Federico Fabriani
Michael Fay
Paola de L. Ferreira
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Sarah Ficinski
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Rachael Fowler
Sue Frisby
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Lin Fu
Tim Fulcher
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Mercè Galbany-Casals
Elliot Gardner
Dmitry German
Augusto Giaretta
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Marc Gibernau
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Lynn Gillespie
Cynthia González
David Goyder
Sean Graham
Aurélie Grall
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Laura Green
Bee Gunn
Diego Gutiérrez
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Jan Hackel
Anna Haigh
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Tony Hall
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Melissa Harrison
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Sebastian Hatt
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Trevor Hodkinson
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Shelley James
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Gudrun Kadereit
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Imalka Kahandawala
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Beata Klejevskaja
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Bente Klitgaard
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Ronell Klopper
Sandra Knapp
Marcus Koch
James Leebens-Mack
Frederic Lens
Christine Leon
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Étienne Léveillé-Bourret
Gwilym Lewis
De-Zhu Li
Lan Li
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Sigrid Liede-Schumann
Tatyana Livshultz
David Lorence
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Meng Lu
Patricia Lu-Irving
Jaquelini Luber
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Eve Lucas
Manuel Luján
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Vidal Mansano
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Lizo Masters
Simon Mayo
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Kristina Mccoll
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Angela Mcdonnell
Andrew Mcdougall
Todd Mclay
Hannah Mcpherson
Rosa Meneses
Vincent Merckx
Fabián Michelangeli
John Mitchell
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Alexandre Monro
Michael Moore
Taryn Mueller
Klaus Mummenhoff
Priscilla Muriel
Daniel Murphy
Katharina Nargar
Lars Nauheimer
Francis Nge
Reto Nyffeler
Andrés Orejuela
Edgardo Ortiz
Luis Palazzesi
Ariane Luna Peixoto
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Susan Pell
Jaume Pellicer
Darin Penneys
Oscar Perez-Escobar
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Claes Persson
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José Pirani
Gregory Plunkett
Robyn Powell
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Ghillean Prance
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Carmen Puglisi
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Richard Rabeler
Paul Rees
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Matthew Renner
Eric Roalson
Michele Rodda
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Rolf Rutishauser
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Miguel de Salas
Hanno Schaefer
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Alexander Schmidt-Lebuhn
Alison Shapcott
Ihsan Al-Shehbaz
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Kelly Shepherd
Mark Simmons
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André Simões
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Ana Rita G. Simões
Michelle Siros
Eric Smidt
James Smith
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Neil Snow
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Douglas Soltis
Pamela Soltis
Robert Soreng
Cynthia Sothers
Julian Starr
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Peter Stevens
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Shannon Straub
Lena Struwe
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Ian Telford
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Andrew Thornhill
Ifeanna Tooth
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Anna Trias-Blasi
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Frank Udovicic
Timothy Utteridge
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Maria Vorontsova
Jurriaan de Vos
Noor Al-Wattar
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Michelle Waycott
Cassiano Welker
Adam White
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Jan Wieringa
Luis Williamson
Trevor Wilson
Sin Yeng Wong
Lisa Woods
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Roseina Woods
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Stuart Worboys
Martin Xanthos
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Ya Yang
Yu-Xiao Zhang
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Meng-Yuan Zhou
Sue Zmarzty
  • Fonction : Auteur
Fernando Zuloaga
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Alexandre Antonelli
Sidonie Bellot
Darren Crayn
Olwen Grace
Paul Kersey
Ilia Leitch
Hervé Sauquet
Stephen Smith
Wolf Eiserhardt
Félix Forest
William Baker

Résumé

Angiosperms are the cornerstone of most terrestrial ecosystems and human livelihoods 1,2 . A robust understanding of angiosperm evolution is required to explain their rise to ecological dominance. So far, the angiosperm tree of life has been determined primarily by means of analyses of the plastid genome 3,4 . Many studies have drawn on this foundational work, such as classification and first insights into angiosperm diversification since their Mesozoic origins 5–7 . However, the limited and biased sampling of both taxa and genomes undermines confidence in the tree and its implications. Here, we build the tree of life for almost 8,000 (about 60%) angiosperm genera using a standardized set of 353 nuclear genes 8 . This 15-fold increase in genus-level sampling relative to comparable nuclear studies 9 provides a critical test of earlier results and brings notable change to key groups, especially in rosids, while substantiating many previously predicted relationships. Scaling this tree to time using 200 fossils, we discovered that early angiosperm evolution was characterized by high gene tree conflict and explosive diversification, giving rise to more than 80% of extant angiosperm orders. Steady diversification ensued through the remaining Mesozoic Era until rates resurged in the Cenozoic Era, concurrent with decreasing global temperatures and tightly linked with gene tree conflict. Taken together, our extensive sampling combined with advanced phylogenomic methods shows the deep history and full complexity in the evolution of a megadiverse clade.
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hal-04560060 , version 1 (26-04-2024)

Licence

Paternité

Identifiants

Citer

Alexandre Zuntini, Tom Carruthers, Olivier Maurin, Paul Bailey, Kevin Leempoel, et al.. Phylogenomics and the rise of the angiosperms. Nature, inPress, ⟨10.1038/s41586-024-07324-0⟩. ⟨hal-04560060⟩
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