Gestion du stockage des échantillons: Évaluer l'effet du temps et de la méthode de conservation du matériel végétal sur la quantité et la qualité de l'ADN extrait - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue NOV'AE Année : 2022

Sample Storage management: Assessing the effect of time and conservation method of plant material on the quantity and quality of extracted DNA

Gestion du stockage des échantillons: Évaluer l'effet du temps et de la méthode de conservation du matériel végétal sur la quantité et la qualité de l'ADN extrait

Résumé

URFM stores more than 40,000 plant samples either at -20°C or at room temperature after dehydration. The aim of the project presented in this article was to assess the quantity and quality of DNA obtained from samples of four Mediterranean tree species. To evaluate DNA quality, we performed genotyping and sequencing analyses commonly used in the laboratory. Our results showed a variation among species in the quantity and the quality of DNA as a function of the method and duration of sample conservation. In addition, samples kept over the longest period or with the most basic (dry) method were not those with the poorest DNA quality.
L’URFM stocke plus de 40 000 échantillons végétaux soit à -20 °C soit à température ambiante après déshydratation. Le projet présenté dans cet article avait pour but d’évaluer la quantité et la qualité de l’ADN obtenu à partir d’échantillons de quatre espèces d’arbres méditerranéens faisant l’objet de recherches récurrentes à l’URFM : trois conifères (le pin de Salzman, le sapin pectiné et le cèdre de l’Atlas) et un feuillu (le hêtre commun). L’hypothèse retenue est que la durée de conservation a un effet sur la qualité du matériel génétique ; nous n’avions aucun a priori sur l’effet de la méthode de conservation. Pour mesurer la qualité de l’ADN, nous avons effectué des analyses de génotypage et de séquençage couramment utilisées au laboratoire. Nos résultats montrent une variation entre les quatre espèces étudiées, en fonction du mode et de la durée de conservation, sur la quantité et la qualité de l’ADN. De plus, nous avons montré que les échantillons conservés sur la plus longue période ou avec la méthode la plus basique (à sec) présentent une bonne qualité d’ADN contrairement a des échantillons plus récents.
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hal-04624294 , version 1 (25-06-2024)

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Citer

Matthieu Lingrand, Caroline Scotti-Saintagne, Sylvie Oddou-Muratorio, Marianne Correard, Olivier Gilg, et al.. Gestion du stockage des échantillons: Évaluer l'effet du temps et de la méthode de conservation du matériel végétal sur la quantité et la qualité de l'ADN extrait. NOV'AE, 2022, Numéro Spécial 02, RARe, pp.99-111. ⟨10.17180/novae-2022-NS02-art12⟩. ⟨hal-04624294⟩
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