Même la législation environnementale la plus stricte ne peut protéger un cours d'eau si ses affluents restent exposés à la pollution et à d'autres menaces en amont. Exclure un sous-ensemble de cours d'eau de protection juridique menace donc d'altérer les écosystèmes d'eau douce de réseaux fluviaux entiers et les services qu'ils fournissent, tels que l'eau potable et la régulation des crues. Une attention considérable a été accordée à la définition du champ d'application des lois environnementales protégeant les cours d'eau. Cependant, la manière dont ces définitions sont mises en œuvre par le biais de la cartographie réglementaire, c'est-à-dire la cartographie des masses d'eau qui sont légalement considérées comme des cours d'eau et donc protégées, n'a pas été étudiée en dehors des États-Unis. Nous démontrons ici les conséquences de la cartographie réglementaire sur l'étendue des réseaux hydrographiques protégés, en utilisant la France comme étude de cas. En assemblant la première carte des cours d'eau français protégés au titre de la Loi sur l'eau, nous estimons qu'un quart des segments hydrographiques précédemment cartographiés ont été exclus, et constatons de fortes variations géographiques dans l'étendue des écosystèmes protégés. Les segments de tête de bassin et les segments non pérennes sont disproportionnellement exclus de 28% par rapport à leur prévalence (67 %) dans l'ensemble du réseau hydrographique, avec des implications potentiellement considérables pour la biodiversité et les populations humaines. Nous nous attendons à ce que les cadres réglementaires de la plupart des pays soient également sensibles à l'interprétation locale des définitions juridiques.