La diversité génétique est essentielle à l'évolution et constitue un objectif international reconnu de conservation de la nature. Lorsque les menaces sont importantes et que les populations sont de petite taille, la conservation de la diversité génétique in situ doit être renforcée par une approche ex situ, dans laquelle un échantillon génétiquement représentatif du taxon cible est sauvegardé dans un environnement favorable. En France, l'habitat fragmenté de Pinus nigra subsp. salzmannii (Dunal) Franco 1943 (le pin de Salzmann ou pin des Cévennes) est menacé par les incendies de forêt. Par ailleurs, les flux de gènes provenant des grandes plantations à base de sous-espèces exotiques de pins noirs menacent son originalité génétique. En utilisant les données génotypiques à treize locus microsatellites de 580 individus autochtones sur les 4500 échantillonnés, nous avons confirmé que le pin de Salzmann est une lignée génétique originale au sein des sous-espèces de pin noir d'Europe et de Méditerranée. Nous avons identifié cinq groupes génétiques en France qui peuvent servir de base à la conservation génétique in situ. En maximisant la diversité génétique globale tout en maintenant la différentiation qui existe entre les populations, nous avons identifié 80 arbres autochtones et non hybridés qui peuvent constituer la base d'une collection ex-situ représentative. Notre stratégie combinant conservation in-situ et ex-situ peut être facilement appliquée à de nombreuses espèces d'arbres forestiers, menacées ou non.