Accéder directement au contenu Accéder directement à la navigation
Thèse

Analyse génétique d'un caractère complexe à l'aide de données transcriptomiques : Apport de la modélisation de réseaux de gènes

Résumé : Depuis une dizaine d'années, de nombreux projets de génomique fonctionnelle se sont développés, avec pour objectif de mieux comprendre des caractères complexes d'intérêt socio- économique en vue de mieux les maîtriser. Ces caractères sont dits complexes car contrôles par de multiples facteurs : g en étique, alimentation, état de santé... Une stratégie couramment utilisée pour l'étude de tels caractères consiste à localiser des QTL (Quantitative Trait Loci), c'est- à-dire des régions chromosomiques contrôlant leur variabilité. Parallèlement au développement de ces travaux, de nouvelles technologies ont émergé (puces a ADN) permettant de mesurer a haut débit l'expression de l'ensemble des gènes d'un organisme via la quanti cation des transcrits (données transcriptomiques). Des stratégies dites de "génétique génomique" combinant des approches de génomique fonctionnelle et de cartographie de QTL ont alors et e développées avec comme objectif de faciliter l'identification des mutations causales sous-jacentes aux QTL détectés. Dans ce contexte nouveau, une originalité de la thèse est de prendre en compte l'hétérogénéité existante dans les données transcriptomiques et causée par des facteurs connus ou inconnus indépendamment au caractère d'intérêt. Au travers de plusieurs études, on montre que l’hétérogénéité du signal d'expression ou des profils d'expression masque bien souvent la détection des gènes et des régions du génome liés au caractère d'intérêt. Un deuxième volet de la thèse concerne l'inférence de réseaux de gènes à partir de données transcriptomiques. La modélisation de réseaux géniques semble être une solution prometteuse pour mieux comprendre les mécanismes de régulation des gènes impliqués dans la variabilité d'un caractère. Nous développons ici de nouvelles méthodes pour l'estimation de telles structures basées sur un modèle a facteurs. Ces méthodes sont appliquées dans le cadre de l'analyse génétique d'un caractère complexe, et permettent de caractériser les régulateurs cl es et les processus biologiques sous-jacents, apportant de nouvelles informations fonctionnelles quant aux mutations causales recherchées.
Mots-clés : these
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [304 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal.inrae.fr/tel-02806749
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : samedi 6 juin 2020 - 02:34:47
Dernière modification le : lundi 6 juillet 2020 - 15:39:53

Fichier

12Blum_1.pdf
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : tel-02806749, version 1
  • PRODINRA : 264303

Collections

Citation

Yuna Blum. Analyse génétique d'un caractère complexe à l'aide de données transcriptomiques : Apport de la modélisation de réseaux de gènes. Autre. AGROCAMPUS OUEST, 2012. Français. ⟨tel-02806749⟩

Partager

Métriques

Consultations de la notice

23

Téléchargements de fichiers

23