Accéder directement au contenu Accéder directement à la navigation
Thèse

Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique

Résumé : L'objectif de cette thèse est de développer des outils de prédiction d'interactions entre protéines qui puissent être appliqués en particulier sur le réseau d’interaction autour de la protéine CFTR, qui est impliquée dans la mucoviscidose. Le développement de méthodes de prédiction in silico peut s'avérer utile pour suggérer aux biologistes de nouvelles cibles d'interaction. Nous proposons une nouvelle méthode pour la prédiction de liens dans un réseau. Afin de bénéficier de l'information des données non étiquetées, nous nous plaçons dans le cadre de l'apprentissage semi-supervisé. Nous abordons ce problème de prédiction comme une tâche d'apprentissage d'un noyau de sortie. Un noyau de sortie est supposé coder les proximités existantes entres les nœuds du graphe et l'objectif est d'approcher ce noyau à partir de descriptions appropriées en entrée. L'utilisation de l'astuce du noyau dans l'ensemble de sortie permet de réduire le problème d'apprentissage à celui d'une fonction d'une seule variable à valeurs dans un espace de Hilbert. En choisissant les fonctions candidates pour la régression dans un espace de Hilbert à noyau reproduisant à valeur opérateur, nous développons, comme dans le cas de fonctions à valeurs scalaires, des outils de régularisation. Nous établissons en particulier des théorèmes de représentation, qui permettent de définir de nouveaux modèles de régression. Nous avons testé l'approche développée sur des données artificielles, des problèmes test ainsi que sur un réseau d'interaction chez la levure et obtenu de très bons résultats. Puis nous l'avons appliquée à la prédiction d'interactions entre protéines dans le cas d'un réseau construit autour de CFTR.
Mots-clés : these
Type de document :
Thèse
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [215 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://hal.inrae.fr/tel-02806827
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : samedi 6 juin 2020 - 02:39:40
Dernière modification le : vendredi 12 juin 2020 - 10:43:26

Fichier

These_1.pdf
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : tel-02806827, version 1
  • PRODINRA : 479020

Collections

Citation

Celine Brouard. Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique. Sciences du Vivant [q-bio]. Université d'Évry-Val-d'Essonne, 2013. Français. ⟨tel-02806827⟩

Partager

Métriques

Consultations de la notice

24

Téléchargements de fichiers

14