A. Adhikari, T. Reponen, S. A. Lee, and S. A. Grinshpun, Assessment of human exposure to airborne fungi in agricultural confinements: personal inhalable sampling versus stationary sampling, Ann. Agric. Environ. Med, vol.11, pp.269-77, 2004.

A. Adhikari, M. M. Sen, S. Gupta-bhattacharya, and C. S. , Volumetric assessment of airborne fungi in two sections of a rural indoor dairy cattle shed, Environ. Internat, vol.29, pp.1071-1079, 2004.

, Guidelines for the assessment of bioaerosols in the indoor environment, American Conference of Governmental Industrial Hygienists, 1989.

M. Basilico, C. Chiericatti, E. E. Aringoli, R. L. Althaus, and J. C. Basilico, Influence of environmental factors on airborne fungi in houses of Santa Fe City, Argentina. Science of Total Environment, vol.376, pp.143-50, 2007.

G. Blomquist, U. Palmgren, and G. Ström, Improved techniques for sampling airborne fungal particles in highly contaminated environments, Scand. J. Work Environ. Health, vol.10, pp.253-58, 1984.

H. A. Burge, M. Chatigny, J. Feeley, K. Kreiss, P. Morey et al., Guildelines for assessment and sampling of saprophytic bioaerosols in the indoor environment, Appl. Ind. Hyg, vol.2, pp.10-16, 1987.

C. W. Chang, H. Chung, C. F. Huang, and H. Su, Exposur of workers to airborne microorganisms in open-air swine houses, Apl. Environ. Microbiol, vol.67, pp.155-61, 2001.

H. J. Chao, J. Schwartz, D. K. Milton, and H. A. Burge, Populations and determinants of airborne fungi in large office buildings, Environ Heath Perspect, vol.101, pp.777-82, 2002.

J. D. Cooley, W. C. Wong, C. A. Jumper, and D. C. Straus, Correlation between the prevalence of certain fungi and sick building syndrome, Occup. Environ. Med, vol.55, pp.579-84, 1998.

P. Courbon, R. Wrobel, and J. F. Fadriès, A new individual respirable dust sampler: The CIP 10, Ann. Occup. Hyg, vol.3, pp.129-172, 1988.

J. Douwes, P. Thorne, N. Pearce, and D. Heederick, Bioaerosol health effects and exposure assessment: progress and prospects, Ann. Occup. Hyg, vol.47, pp.187-200, 2003.

J. Dutkiewick, Bacteria and fungi in organic dust as potential health hazard, Ann. Agric. Environ. Med, vol.4, pp.11-17, 1997.

S. Engelhart, A. Glasmacher, A. Simon, and M. Exner, Air sampling of Aspergillus fumigatus and other thermotolerant fungi: comparative performance of the Sartoruis MD8 airport and the merck Mas-100 portable bioaerosol sampler, Int. J. Hyg. Environ.-Health, vol.210, pp.733-739, 2007.

F. Fung and W. G. Hughson, Health effects of indoor fungal bioaerosol exposure, Appl. Occup. Environ. Hyg, vol.18, pp.535-54, 2003.

H. Gemeinhardt and G. Wallenstein, Occurrence of molds in airborne dusts in poultry farms, Zbl. Mikrobiol, vol.140, pp.375-384, 1985.

J. Guillot, M. Berthelemy, B. Polack, V. Lainé, P. Lacube et al., Impaction versus filtration for the detection of Pneumocystis carinii DNA in air, J. Eukaryot. Microbiol, vol.46, p.94, 1999.

A. D. Hocking and J. I. Pitt, Dichloran-glycerol medium for enumeration of xerophilic fungi from low-moisture foods, Appl. Environ. Microbiol, vol.39, pp.488-92, 1980.

W. E. Horner, A. G. Worthan, and P. R. Morey, Air and dustborne mycoflora in house free of water damage and fungal growth, vol.70, pp.6394-400, 2004.

W. K. Jo and Y. J. Seo, Indoor and outdoor bioaerosols levels at recreation facilities, elementary schools, and homes, Cemosphere, vol.61, pp.1570-1579, 2005.

E. Johanning, P. Gareis, M. Yang, C. S. Olmsted, and E. , Clinical experience and results of a sentinel health investigation related to indoor fungal exposure, Environ. Health Perspect, vol.107, pp.489-94, 1999.

H. F. Kauffman, J. Tomee, T. S. Van-der-werf, J. De-monchy, and G. K. Koeter, Review of fungus-induced asthmatic reaction, Am. J. Respir. Crit. Care Med, vol.151, pp.2109-2125, 1995.

M. J. Kennedy, L. Sigler, and . Aspergillus, Fusarium and other opportunistic moniliaceous fungi, vol.6, pp.765-90, 1995.

J. Lacey and J. Dutkiewick, Bioaerosols and occutional lung disease, J. Aerosol Sci, vol.25, pp.1371-404, 1994.

S. Lair-fulleringer, D. Segui, S. Warin, A. Bezille, C. Desterke et al., Evolution of the environment contamination by thermophilic fungi in a turkey confinement house in France, Poultry Science, vol.85, pp.1875-80, 2006.

J. H. Lee and W. K. Jo, Characteristics of indoor and outdoor bioaerosols at Korean high-rise apartment buildings, Environmental research, vol.101, pp.11-18, 2006.

S. A. Lee, A. Adhikari, S. A. Grinshpun, R. Mckay, R. Shukla et al., Personal exposure to airborne dust and microorganisms in agricultural environments, J Occup Environ Hyg, vol.3, issue.3, pp.118-148, 2006.

A. Lugauskas, A. Kriskstaponis, and L. Sveistyle, Airborne fungi in industrial environments -Potential agents of respiratory diseases, Annals Agriculture Environmental Medicine, vol.11, pp.19-25, 2004.

S. K. Mishra, L. Ajello, D. G. Ahearn, H. A. Burge, V. P. Kurup et al., Environmental mycology and its importance to public health, J. Med. Mycol, vol.30, pp.287-305, 1992.

D. Nesa, J. Lortholary, A. Bouakline, M. Bordes, J. Chandeniers et al., Comparative performance of impactor air samplers for quantification of fungal contamination, J. Hosp. Infect, vol.47, pp.149-55, 2001.

A. Nieguitsila, M. Deville, J. Taoufik, L. Halos, M. Berthelemy et al., Evaluation of fungal aerosols using temporal temperature gradient electrophoresis (TTGE) and comparison with culture, J. Microbiol. Methods, vol.70, pp.86-95, 2007.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02667430

S. R. Parks, S. E. Bennett, S. E. Speight, and J. E. Benbough, An assessment of sartoruis MD8 microbiological air sampler, Journal of Applied Bacteriology, vol.80, pp.529-563, 1996.

E. Piecková and Z. Jesenská, Microscopic fungi in dwellings and their health implications in humans, Ann. Agric. Environ. Med, vol.6, pp.1-11, 1999.

G. Reboux, S. Roussel, and F. Grenouillet, fungi in agricultural environment, J. Med. Mycol, vol.16, pp.248-62, 2006.

E. Robine, I. Lacaze, S. Moularat, S. Ritoux, and M. Boissier, Characterisation of exposure to airborne fungi: measurement of ergosterol

, J. Microbiol. Methods, vol.63, pp.185-92, 2005.

R. A. Samson, B. Flannigan, M. E. Flannigan, A. P. Verhoeff, O. Adan et al., Health Implications of Fungi in Indoor Environments, 1994.

R. Savilahti, J. Uitti, P. Laippala, T. Husman, and P. Roto, Respiratory morbidity among children following renovation of a water-damaged school, Arch Environ Health, vol.55, issue.6, pp.405-415, 2000.

B. G. Shelton, K. H. Kirkland, W. D. Flanders, and G. K. Morris, Profiles of airbone fungi in buildingd and outdoor environments in the United States, Appl. Environ. Microbiol, vol.68, pp.1743-53, 2002.

T. Smid, E. Schokkin, J. S. Boleij, and D. Heederik, Enumeration of viable fungi in occupational environments: a comparison of samplers and media, Am. Ind. Hyg. Assoc. J, vol.50, pp.235-244, 1989.

L. A. Tell, Aspergillosis in mammals and birds: impact in veterinary medicine, Med. Mycol, vol.43, pp.71-74, 2005.

A. P. Verhoeff, E. S. Van-reenen-hoeksstra, R. A. Samson, B. Brunzkreef, and J. H. Van-wijnen, Fungal propagules in house dust. I. Comparison of analytic methods and their value as estimators of potential expodure, Allergy, vol.49, pp.533-542, 1994.

A. P. Verhoeff, J. H. Van-wijnen, J. Boleij, B. Brunekreef, E. S. Van-reenen-hoekstra et al., Ennumeration and identification of airborne viable mould propagules in houses, Allergy, vol.45, pp.275-84, 1990.

P. C. Wu, H. Su, and H. M. Ho, A comparison of sampling media for environment viable fungi collected in a hospital environment, Environ. Res. Sect, vol.82, pp.253-260, 2000.

A. Adhikari, M. M. Sen, S. Gupta-bhattacharya, and S. Chanda, Volumetric assessment of airborne fungi in two sections of a rural indoor dairy cattle shed, Environ. Internat, vol.29, pp.1071-1078, 2004.

E. A. Barlaan, M. Sugimori, S. Furukawa, and K. Takeuchi, Profiling and monitoring of microbial populations by denaturing high performance liquid chromatography, J. Microbiol. Methods, vol.61, pp.399-412, 2005.

N. Ben-omar and F. Ampe, Microbial community dynamics during production of the mexican fermented maize dough pozol, Appl. Environ. Microbiol, vol.66, pp.3664-3673, 2000.

C. W. Chang, H. Chung, C. F. Huang, and H. J. Su, Exposure of workers to airborne microorganisms in open-air swine houses, Appl. Environ. Microbiol, vol.67, pp.155-161, 2001.

L. Cocolin, L. F. Bisson, and D. A. Mills, Direct profiling of the yeast dynamics in wine fermentations, FEMS Microbiology Letters, vol.189, pp.81-87, 2000.

A. Colosimo, V. Guida, E. Flex, E. Conti, and B. Dallapiccola, Use of DHPLC for rapid screening of recombinant clones, BioTechniques, vol.34, pp.706-708, 2003.

J. D. Cooley, W. C. Wong, C. A. Jumper, and D. C. Straus, Correlation between the prevalence of certain fungi and sick building syndrome, Occup. Environ. Med, vol.55, pp.579-584, 1998.

G. S. De-hoog, J. Gene, and M. J. Figueras, Atlas of clinical fungi, 2000.

G. Fischer, S. Braun, R. Thissen, and W. Dott, FT-IR spectroscopy as a tool for rapid identification and intra-species characterization of airborne filamentous fungi, J. Microbiol. Methods, vol.64, pp.63-77, 2006.

F. W. Frueh and M. Noyer-weidner, The use of denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) for the analysis of genetic variations: impact for diagnostics and pharmacogenetics, Clin Chem Lab Med, vol.41, issue.4, pp.452-461, 2003.

F. Fung and W. G. Hughson, Health effects of indoor fungal bioaerosol exposure, Appl. Occup. Environ. Hyg, vol.18, pp.535-554, 2003.

O. S. Goldenberg, T. Herrmann, G. Adam, G. Maejoram, U. B. Hong et al., Use of denaturing high performance liquid chromatography for rapid detection and identification of seven Candida species, J. Clin. Microbiol, vol.43, pp.5912-5915, 2005.

O. S. Goldenberg, G. Herrmann, M. Maejoram, G. Noyer-weidner, S. Hong et al., Molecular monitoring of intestinal flora by denaturing high performance liquid chromatography, J. Microbiol.methods, vol.68, pp.94-105, 2007.

S. Hernán-gómez, J. C. Espinosa, and J. F. Ubeda, Characterization of wine REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 172, 2000.

E. Aden, B. Weber, J. Bossert, and M. Teppke, Standardization of Alternaria alternata : extraction and quantification of Alternaria alternata by using an mAb-based 2-site binding assay, J. All. Clin. Immunol, vol.103, pp.128-135, 1999.

A. Adhikari, M. M. Sen, S. Gupta-bhattacharya, and C. S. , Volumetric assessment of airborne fungi in two sections of a rural indoor dairy cattle shed, Environ. Internat, vol.29, pp.1071-1079, 2004.

M. Basilico, C. Chiericatti, E. E. Aringoli, R. L. Althaus, and J. C. Basilico, Influence of environmental factors on airborne fungi in houses of Santa Fe City, Argentina. Science of Total Environment, vol.376, pp.143-50, 2007.

P. Bellin and J. Schillinger, Comparison of field performance of the Andersen N6 single stage and the SAS sampler for airborne fungal propagules, Indoor Air, vol.11, issue.1, pp.65-68, 2001.

N. Ben-omar and F. Ampe, Microbial community dynamics during production of the mexican fermented maize dough. pozol, Appl. Environ. Microbiol, vol.66, pp.3664-3673, 2000.

V. Bex, S. Barral, M. Dusséaux, L. Bordenave, A. Mouilleseaux et al., audits environnementaux dans l'habitat : l'expérience du laboratoire d'hygiène de la ville de Paris, J. Mycol. Med, vol.16, issue.4, pp.197-203, 2006.

V. Bex, A. Mouilleseaux, L. Bordenave, and F. Squinazi, Environmental audits in Ile

, Eur Ann Allergy Clin Immunol, vol.35, issue.7, pp.259-263, 2003.

M. M. Blanchard and V. Nowotny, High-throughput rapid yeast DNA extraction, Genet. Anal. Tech. Appl, vol.11, pp.7-11, 1994.

G. Blomquist, U. Palmgren, and G. Ström, Improved techniques for sampling airborne fungal particles in highly contaminated environments, Scand. J. Work Environ. Health, vol.10, pp.253-258, 1984.

L. A. Borrensen-dale, S. Lydstad, and A. Langerod, Temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE) compared with denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and constant denaturing gel electrophoresis (CDGE) in mutation screening, Bioradiation, vol.99, pp.12-13, 1997.

S. Boutin-forzano, C. Charpin-kadouch, M. Gouitaa, H. Dumon, and D. Charpin, Audits environnemental des logements : intérêt d'identifier la ou les moisissure(s) en cause Revue Française d'Allergologie et d'Immunologie Clinique, vol.46, pp.197-203, 2006.

S. Boutin-forzano, C. Kadouch-charpin, Y. Hammou, M. Gouitaa, A. Botta et al., Moisissures domestiques et risques danitaires. Environnement, vol.5, p.5, 2006.

S. Bretagne, Molecular diagnostics in clinical parasitology and mycology: limits of the current polymerase chain reaction (PCR) assays and interest of the real-time PCR assays, Clin Microbiol Infect, vol.9, issue.6, pp.505-511, 2003.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02680373

W. A. Burg, O. L. Shotwell, and B. E. Saltzman, Measurements of airborne aflatoxins during the handling of contaminated corn, Am Ind Hyg Assoc J, vol.42, issue.1, pp.1-11, 1981.

H. A. Burge, M. Chatigny, J. Feeley, K. Kreiss, P. Morey et al., Guildelines for assessment and sampling of saprophytic bioaerosols in the indoor environment, Appl. Ind. Hyg, vol.2, pp.10-16, 1987.

H. Burge, Bioaerosols: prevalence and health effects in the indoor environment, J Allergy Clin Immunol, vol.86, issue.5, pp.687-701, 1990.

R. K. Bush and J. M. Portnoy, The role and abatement of fungal allergens in allergic diseases, Journal of Allergy and Clinical Immunology, vol.107, pp.430-440, 2001.

M. P. Buttner and L. D. Stetzenbach, Monitoring airborne fungal spores in an experimental indoor environment to evaluate sampling methods and the effects of human activity on air sampling, Appl Environ Microbiol, vol.59, issue.1, pp.219-226, 1993.

J. Douwes, D. Van-der-sluis, G. Doekes, F. Van-leusden, L. Wijnands et al., Fungal extra cellular polysaccharide in house dust as a marker for exposure to fungi: relations with culturable fungi, reported home dampness and respiratory symptoms, J Allergy Clin Immunol, vol.103, pp.494-500, 1999.

J. Douwes, P. Thorne, N. Pearce, and D. Heederick, Bioaerosol health effects and exposure assessment: progress and prospects, Ann. Occup. Hyg, vol.47, pp.187-200, 2003.

M. Drouet and E. Bouillaud, Réaction anaphylactique à l'Aspergillus, Allergie Immunol, vol.28, issue.3, pp.88-89, 1996.

J. Dutkiewick, Bacteria and fungi in organic dust as potential health hazard, Ann. Agric. Environ. Med, vol.4, pp.11-16, 1997.

E. W. , Exposure to non-infectiuos microorganisms and endotoxins in agriculture, ANN. Agric. Environ. Med, vol.4, pp.179-186, 1997.

W. Eduard and D. Heederik, Methods for quantitative assessment of airborne levels of noninfectious microorganisms in highly contaminated work environments, Am Ind Hyg Assoc J, vol.59, issue.2, pp.113-127, 1998.

K. Elke, J. Begerow, H. Oppermann, U. Krämer, E. Jermann et al., Determination of selected microbial volatile organic compounds by diffusive sampling and dual-column capillary GC-FID--a new feasible approach for the detection of an exposure to indoor mould fungi?, J Environ Monit, vol.1, issue.5, pp.445-452, 1999.

S. Engelhart, A. Glasmacher, A. Simon, and M. Exner, Air sampling of Aspergillus fumigatus and other thermotolerant fungi: comparative performance of the Sartoruis MD8 airport and the merck Mas-100 portable bioaerosol sampler, Int. J. Hyg. Environ.-Health, vol.210, pp.733-739, 2007.

R. A. Etzel, E. Montana, W. G. Sorenson, G. J. Kullman, T. A. Allan et al., Acute pulmonary hemorrhage in infants associated with exposure to Stachybotrys atra and other fungi, Arch. Pediatr. Adolesc. Med, vol.152, pp.757-762, 1998.

, European Community Respiratory Health Survey. Variations in the prevalence of respiratory symptoms, self-reported asthma attacks, and use of asthma medication in the European Community Respiratory Health Survey (ECRHS), Eur Respir J, vol.9, pp.687-695, 1996.

E. Faggi, G. Pini, and E. Campisi, Use of magnetic beads to extract fungal DNA, Mycoses, 2005.

. Ferris and D. M. Ward, Seasonal distributions of dominant 16S rRNA-defined populations in a hot spring microbial mat examined by denaturing gradient gel electrophoresis, Appl. Environ. Microbiol, vol.63, pp.1375-1381, 1997.

G. Fischer, S. Braun, R. Thissen, and W. Dott, FT-IR spectroscopy as a tool for rapid identification and intra-species characterization of airborne filamentous fungi, J. Microbiol. Methods, vol.64, pp.63-77, 2006.

B. Flannigan and J. D. Miller, Health Implications of fungi in indoor environments -An overview

R. A. In, B. Samson, M. E. Flannigan, A. P. Flannigan, O. C. Verhoeff et al., Health Implications of Fungi in Indoor Environments. Air quality monographs, vol.2, p.602, 1994.

B. Flannigan, E. M. Mcevoy, and F. Mcgarry, Investigation of airborne and surface bacteria in homes, Proceedings of indoor Air'99, Edinburgh, the 8 th International Conference on Indoor Air quality and Climate, vol.1, pp.884-889, 1999.

N. Fromin, J. Hamelin, S. Tarnawski, D. Roesti, K. Jourdain-miserez et al., Statistical analysis of denaturing gel electrophoresis (DGE) fingerprinting patterns, Environ. Microbiol, vol.4, pp.634-643, 2002.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02126963

F. W. Frueh and M. Noyer-weidner, The use of denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) for the analysis of genetic variations: impact for diagnostics and pharmacogenetics, Clin Chem Lab Med, vol.41, issue.4, pp.452-461, 2003.

F. Fung and W. G. Hughson, Health effects of indoor fungal bioaerosol exposure, Appl. Occup. Environ. Hyg, vol.18, pp.535-554, 2003.

F. Fung, D. Tappen, and G. Wood, Alternaria-associated asthma, Appl. Occup. Environ. Hyg, vol.15, pp.924-927, 2000.

M. Gadanho and J. P. Sampaio, Application of temperature gradient gel electrophoresis to the study of yeast diversity in the estuary of the Tagus river, Portugal. FEMS Yeast Res, vol.5, pp.253-261, 2004.

L. D. Galloway and R. Burgess, Applied Mycology and Bacteriology, pp.54-57, 1952.

J. P. Gangneux, A. Bousseau, A. Cornillet, and C. Kauffman-lacroix, Maîtrise du risque fongique environnemental dans les établissements des santé, J. Mycol. Méd, vol.16, pp.204-211, 2006.

J. P. Gangneux, S. Bretagne, C. Cordonnier, A. Datry, F. Derouin et al., Prevention of nosocomial fungal infection : the french approach, Clin. Infect. Dis, vol.35, pp.343-346, 2002.

J. P. Gangneux, J. L. Poirot, O. Morin, F. Derouin, S. Bretagne et al., Surveillance mycologique de l'environnement pour la prévention de l'aspergillose invasive : Proposition de standardisation des méthologies et des modalités d'application, Presse Med, vol.31, issue.18, pp.841-848, 2002.

J. P. Gangneux, F. Robert-gangneux, G. Gicquel, J. J. Tanquerel, S. Chevrier et al., Bacterial and fungal counts in hospital air : comparative yields for 4 sieve impactor air samplers with 2 culture media, Infect. Control. Hosp. Epidemiol, vol.27, issue.12, pp.1405-1408, 2006.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00700065

M. Garrett, . Rayment, and M. Hooper, Indoor airborne fungal spores, house dampness and associations with environmental factors and respiratory health in children, Clin Exp Allergy, vol.28, pp.459-467, 1998.

H. Gemeinhardt and G. Wallenstein, Occurrence of molds in airborne dusts in poultry farms, Zbl. Mikrobiol, vol.140, pp.375-379, 1985.

D. Godish and T. Godish, Total airborne mold particle sampling: evaluation of sample collection, preparation and counting procedure and collection devices, J. Occup. Environ. Hyg, vol.5, issue.2, pp.100-106, 2008.

M. D. Goebes, L. M. Hildemann, E. Kujundzic, and M. Hernandez, Real-time PCR for detection of the Aspergillus genus, J Environ Monit, vol.9, issue.6, pp.599-609, 2007.

O. Goldenberg, S. Herrmann, T. Adam, G. Maejoram, G. Hong et al., Use of denaturing high performance liquid chromatography for rapid detection and identification of seven Candida species, J. Clin. Microbiol, vol.43, pp.5912-5915, 2005.

O. Goldenberg, S. Herrmann, G. Maejoram, M. Noyer-weidner, G. Hong et al., Molecular monitoring of intestinal flora by denaturing high performance liquid chromatography, J. Microbiol.methods, vol.68, pp.94-105, 2007.

P. Görner, R. Wrobel, O. Witschger, J. Ambroise, and D. , Development and preliminary evaluation of the personal bioaerosol sampler CIP 10-M, J. Environ. Monit, vol.8, pp.43-48, 2006.

N. Goyer, J. Lavoie, L. Lazure, and G. Et-marchand, Les bioaérosols en milieu de travail : guide d'évaluation, de contrôle et de prévention. Institut de recherche Robert-Sauvé en santé et en sécurité du travail (IRSST). Guide technique, vol.72, 2001.

J. A. Graham, P. K. Pavlicek, J. K. Sercombe, M. L. Xavier, and E. R. Tovey, The nasal air sampler: a device for sampling inhaled aeroallergens, Ann. Allergy Asthma Immunol, vol.84, pp.599-604, 2000.

C. Grant, C. A. Hunter, B. Flannigan, and A. F. Bravery, The moisture requirements of moulds isolated from domestic dwellings, Int. Biodeterioration, vol.25, pp.259-284, 1988.

B. J. Green, T. Z. Mitakakis, and E. R. Tovey, Allergen detection from 11 fungal species before and after germination, J Allergy Clin Immunol, vol.111, issue.2, pp.285-289, 2003.

B. J. Green, L. L. Millecchia, F. M. Blachere, E. R. Tovey, D. H. Beezhold et al., Dual fluorescent halogen immunoassay for bioaerosols using confocal microscopy, Anal Biochem, vol.354, issue.1, pp.151-153, 2006.

P. H. Gregory, Microbiology of the atmosphere, 1961.

F. Grimaldi and D. Pareil, Polluants de l'air intérieur. «Dossier scientifique : Polllution atmosphérique et pollution de l'air» Revue Francophone des Laboratoires, vol.380, pp.29-33, 2006.

J. Guillot, M. Berthelemy, B. Polack, V. Lainé, P. Lacube et al., Impaction versus filtration for the detection of Pneumocystis carinii DNA in air, J. Eukaryot. Microbiol, vol.46, p.94, 1999.

L. Halos, M. Mavris, G. Vourc'h, R. Maillard, J. Barnouin et al., Broad-range PCR-TTGE for the first-line detection of bacterial pathogen DNA in ticks, Vet. Res, vol.37, issue.2, pp.245-253, 2006.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00903022

R. G. Hamilton and P. A. Eggleston, Environmental allergen analyses, Methods, vol.13, issue.1, pp.53-60, 1997.

J. C. Harrison, A. Pickering, E. B. Faragher, P. K. Austwick, S. A. Little et al., An investigation of the relationship between microbial and particulate indoor air pollution and the sick building syndrome, Respiratory Medicine, vol.86, pp.225-235, 1992.

R. A. Haugland and J. L. Heckman, Identification of putative sequence specific PCR primers for detection of the toxigenic fungal species Stachybotrys chartarum, Mol Cell Probes, vol.12, issue.6, pp.387-396, 1998.

R. A. Haugland, J. L. Heckman, and L. J. Wymer, Evaluation of different methods for the extraction of DNA from fungal conidia by quantitative competitive PCR analysis, J Microbiol Methods, vol.37, issue.2, pp.165-176, 1999.

R. A. Haugland, M. Varma, L. J. Wymer, and S. J. Vesper, Quantitative PCR analysis of selected Aspergillus, Penicillium and Paecilomyces species, Syst Appl Microbiol, vol.27, issue.2, pp.198-210, 2004.

S. Heineman, H. Beguin, and N. Nolard, Biocontamination in airconditionning. In Health implications of fungi in indoor environments, 1994.

K. M. Hendry and E. C. Cole, A review of mycotoxins in indoor air, J Toxicol Environ Health, vol.38, issue.2, pp.183-198, 1993.

S. Hernán-gómez, J. C. Espinosa, and J. F. Ubeda, Characterization of wine yeasts by temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), FEMS Microbiol. Letters, vol.93, pp.45-50, 2000.

H. Heuer and K. Smalla, Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) for studying soil microbial communities, Modern soil microbiology. Marcel Dekker, pp.353-373, 1997.

D. S. Hibbet, Ribosomal RNA and fungal systematics, Trans. Mycol. Soc. Japan, vol.33, pp.533-556, 1992.

D. S. Hibbett, M. Binder, J. F. Bischoff, M. Blackwell, P. F. Cannon et al., Mycol Res, vol.111, issue.5, pp.509-547, 2007.

E. L. Hintikka, Stachybotryotoxicosis as a veterinary problem

M. A. Hesseltine and . Mehlman, Mycotoxins in Human and Animal Health, pp.277-284, 1978.

A. D. Hocking, Improved media for enumeration of fungi from foods, CSIRO Food Research Quarterly, vol.41, pp.7-11, 1981.

A. D. Hocking and J. I. Pitt, Dichloran-glycerol medium for enumeration of xerophilic fungi from low-moisture foods, Appl. Environ. Microbiol, vol.39, pp.488-492, 1980.

M. J. Hodgson, P. Morey, W. Y. Leung, L. Morrow, D. Miller et al., Building-associated pulmonary disease from exposure to Stachybotrys chartarum and Aspergillus versicolor, J. Occup. Environ. Med, vol.40, pp.241-249, 1998.

W. E. Horner, A. Helbling, J. E. Salvaggio, and S. B. Lehrer, Fungal allergens, Clin. Microbiol. Rev, vol.8, pp.161-179, 1995.

W. E. Horner, A. G. Worthan, and P. R. Morey, Air and dustborne mycoflora in house free of water damage and fungal growth, vol.70, pp.6394-6400, 2004.

T. Husman, Health effects of indoor-air microorganisms, Scand J Work Environ Health, vol.22, issue.1, pp.5-13, 1996.

T. Husman, Health effects of microbes in Proceedings of, Healthy Buildings, vol.3, pp.13-24, 2000.

T. M. Husman, The Health Protection Act, national guidelines for indoor air quality and development of the national indoor air programs in Finland, Environ Health Perspect, vol.107, issue.3, pp.515-522, 1999.

, Les risques à la santé associés à la présence de moisissures en milieu intérieur, 2002.

J. M. Macher, M. A. Chatigny, and H. A. Burge, Air sampling instruments for evaluation of atmospheric contaminants, vol.8, pp.589-617, 1995.

M. F. Madelin, Fungal parasites of insects, Annu Rev Entomol, vol.11, pp.423-448, 1966.

M. T. Madelin, The effect of a surfactant in media for the enumeration, growth and identification of airborne fungi, J. Appl. Bacteriol, vol.63, pp.47-52, 1987.

D. Malloch, Moulds: their isolation, cultivation and identification. Toronto: Department of

M. N. Marshall, L. Cocolin, D. A. Mills, and J. S. Vandergheynst, Evaluation of PCR primers for denaturing gradient gel electrophoresis analysis of fungal communities in compost, Journal of Applied Microbiology, vol.95, pp.934-948, 2003.

S. E. Matcham, B. R. Jordan, and D. A. Wood, Estimation of fungal biomass in a solid substrate by three independent methods, Appl. Microbiol. Biotechnol, vol.21, pp.108-112, 1985.

J. J. May and G. J. Kullman, Agricultural safety and health in a new century, Am. J. Ind. Med, vol.2, pp.1-2, 2002.

L. A. May, B. Smiley, and M. G. Schmidt, Comparative denaturing gradient gel electrophoresis analysis of fungal communities associated with whole plant corn silage, Canadian J. Microbiol, vol.47, pp.829-841, 2001.

J. J. Mcdevitt, P. S. Lees, W. G. Merz, and K. J. Schwab, Development of a method to detect and quantify Aspergillus fumigatus conidia by quantitative PCR for environmental air samples, Mycopathologia, vol.158, issue.3, pp.325-335, 2004.

S. K. Mehta, D. M. Bell-robinson, T. O. Groves, L. D. Stetzenbach, and D. L. Pierson, Evaluation of portable air samplers for monotoring airborne culturable bacteria, AIHAJ, vol.61, issue.6, pp.850-854, 2000.

S. K. Mehta, S. K. Mishra, and D. L. Pierson, Evaluation of 3 portable samplers for monitoring airborne fungi (Note), Applied and Environmental Microbiology, vol.62, pp.1835-1838, 1996.

R. Meier and H. Zingre, Qualification of air sampler systems: the MAS-100, Swiss Pharma, vol.22, pp.15-21, 2000.

J. D. Miller, A. M. Laflamme, Y. Sobol, P. Lafontaine, and R. Greenhalgh, Fungi and fungal products in some Canadian houses, Int. Biodet, vol.24, pp.103-120, 1988.

L. Millon, R. Piarroux, E. Deconinck, C. E. Bulabois, F. Grenouillet et al., Use of real-time PCR to process the first galactomannan-positive serum sample in diagnosing invasive aspergillosis, J Clin Microbiol, vol.43, issue.10, pp.5097-5101, 2005.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02683297

L. Millon, P. Bellanger, S. Roussel, E. Didier, F. Grenouillet et al., quantification des moisissures de l'environnement domestique par PCR en temps réel. Congrès de la Société Française de Mycollogie Médicale novembre, 2007.

L. Millon, G. Reboux, P. Bellanger, S. Roussel, S. Sornin et al., Quantification de Stachybotrys chartarum par PCR en temps reel dans l'environnement domestique, hospitalier et agricole, J. Mycol. Med, 2006.

S. K. Mishra, L. Ajello, D. G. Ahearn, H. A. Burge, V. P. Kurup et al., Environmental mycology and its importance to public health, J. Med. Mycol, vol.30, pp.287-305, 1992.

P. Möhlenhoff, L. Müller, A. A. Gorbushina, and K. Pertersen, Molecular approach to the characterisation of fungal communities: methods for DNA extraction, PCR amplification and DGGE analysis of painted art objects, FEMS Microbiology Letters, vol.195, pp.169-173, 2001.

M. P. Morris and O. J. Fletcher, Disease prevalence in Georgia turkey flocks in 1986, Avian Dis, vol.32, pp.404-406, 1988.

G. Morris, M. H. Kokki, K. Anderson, and M. D. Richardson, Sampling of Aspergillus spores in air, vol.44, pp.81-92, 2000.

J. Morrison, C. Yang, K. T. Lin, R. A. Haugland, A. N. Neely et al., Monitoring Aspergillus species by quantitative PCR during construction of a multi-storey hospital building, J Hosp Infect, vol.57, issue.1, pp.85-87, 2004.

L. Mosqueron and V. Nedellec, Inventaire des données françaises sur la qualité de l'air à l'intérieur des bâtiments. Observatoire de la Qualité de l'Air intérieur(OQA), vol.173, 2001.

D. A. Mossel, A. M. Kleynen-semmeling, H. M. Vincentie, H. Beerens, and M. Catsaras,

, Oxytetracycline-glucose-yeast extract agar for selective enumeration of moulds and yeasts in foods and clinical material, J Appl Bacteriol, vol.33, issue.3, pp.454-457, 1970.

G. Muyzer, DGGE/TGGE a method for identifying genes from natural ecosystems, Current Opinion in Microbiology, vol.2, pp.317-322, 1999.

G. Muyzer, E. C. Uitterlinden, and A. G. , Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA, Appl. Environ. Microbiol, vol.59, pp.695-700, 1993.

G. Muyzer and K. Smalla, Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology, Antonie Van Leeuwenhoek, vol.73, pp.127-141, 1998.

D. Nesa, J. Lortholary, A. Bouakline, M. Bordes, J. Chandeniers et al., Comparative performance of impactor air samplers for quantification of fungal contamination, J. Hosp. Infect, vol.47, pp.149-155, 2001.

, Lignes directrices applicables à l'évaluation et l'élimination de la contamination fongique en milieu intérieur, 2000.

A. Nieguitsila, M. Deville, J. Taoufik, L. Halos, M. Berthelemy et al., Evaluation of fungal aerosols using temporal temperature gradient electrophoresis (TTGE) and comparison with culture, J. Microbiol. Methods, vol.70, pp.86-95, 2007.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02667430

K. F. Nielsen, U. Thrane, and T. O. Larsen,

P. A. Nielsen and S. Gravesen, Production of mycotoxins on artificially inoculates building materials, International Biodeterioration and Biodegradation, vol.42, pp.9-16, 1998.

M. Nikulin, K. Reijula, B. B. Jarvis, and P. Veijalainen, Hintikka EL Effects of intranasal exposure to spores of Stachybotrys atra in mice, Fundam Appl Toxicol, vol.35, issue.2, pp.182-188, 1997.

N. Nolard, H. Beguin, and . Moisissures, Traité d'allergologie

A. L. Pasanen, A review: fungal exposure assessment in indoor environments, Indoor Air, vol.11, issue.2, pp.87-98, 2001.

S. R. Parks, S. E. Bennett, S. E. Speight, and J. E. Benbough, An assessment of sartoruis MD8 microbiological air sampler, Journal of Applied Bacteriology, vol.80, pp.529-534, 1996.

J. Peat, J. Dicherson, and J. Li, Effects of damp and mould in the home on respiratory health: a review of the literature, Allergy, vol.53, pp.120-128, 1998.

T. Pennanen, L. Paavolainen, and J. Hantula, Rapid PCR-based method for the direct analysis of fungal communities in complex environmental samples, Soil Biol. Biochem, vol.33, pp.697-699, 2001.

F. Perdelli, M. L. Cristina, M. Sartini, A. M. Spagnolo, M. Dallera et al., Fungal contamination in hospital environments, Infect Control Hosp Epidemiol, vol.27, issue.1, pp.44-47, 2006.

A. Perdrix, S. Parat, . Liaudy-s, and A. Maître, «Dossier scientifique : Impact des moisissures sur la santé humaine» Revue Francophone des Laboratoires, vol.373, pp.67-72, 2005.

E. Petras, On the isolation of air microorganisms by means of fine pore filters, Arch Mikrobiol, vol.55, issue.2, pp.93-109, 1966.

E. Piecková and Z. Jesenská, Microscopic fungi in dwellings and their health implications in humans, Ann. Agric. Environ. Med, vol.6, pp.1-11, 1999.

J. I. Pitt, Toxigenic fungi: which are important?, Med. Mycol, vol.38, pp.17-22, 2000.

J. L. Poirot, J. P. Gangneux, A. Fisner, M. Malbernard, S. Chalier et al., Evaluation of a new mobile system for protecting immune-suppressed patients against airborne contamination, Am. J. Infect. Control, vol.35, pp.460-466, 2007.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00690447

J. M. Portnoy, C. S. Barnes, and K. Kennedy, Sampling for indoor fungi, J Allergy Clin Immunol, vol.113, issue.2, pp.189-198, 2004.

V. Prigione, G. Lingu, and V. F. Marchisio, Development and use of flow cytometry for detection of airborne fungi, Appl. Environ. Microbiol, vol.70, pp.1360-1365, 2004.

J. I. Prosser, Molecular and fonctional divesity in soil micro-organisms, Plant soil, vol.244, pp.9-17, 2002.

. Reboux, Mycotoxines: effets sur la santé et interactions avec d'autres composants organiques. Revue française d'allergologie et d'immunologie clinique, vol.46, pp.208-212, 2006.

G. Reboux, S. Roussel, and F. Grenouillet, fungi in agricultural environment, J. Med. Mycol, vol.16, pp.248-262, 2006.

P. Recco, M. Murris, M. Mallea, and M. D. Linas, Allergènes fongiques. Revue Francophone des Laboratoires, vol.281, pp.21-28, 1996.

P. Ren, T. M. Jankun, K. Belanger, M. B. Bracken, and B. P. Leaderer, The relation between fungal propagules in indoor air and home characteristics, Allergy, vol.56, pp.419-424, 2001.

T. A. Reponen, S. V. Gazenko, S. A. Grinshpun, K. Willeke, and E. C. Cole, Characteristics of airborne actinomycete spores, Appl. Environ. Microbiol, vol.64, pp.3807-3812, 1998.

T. Reponen, X. Lin, and K. Willeke, New method for long-term sampling of airborne bacteria and fungi, Proceedings of indoor Air'99, Edinburgh, the 8 th International Conference on Indoor Air quality and Climate, vol.4, pp.880-885, 1999.

J. L. Richard and . Aspergillosis, Diseases of poultry, 10 th, pp.351-360, 1997.

J. L. Richard, J. R. Thurston, W. M. Peden, and C. Pinello, Recent studies on aspergillosis in turkey poults, Mycopathologia, vol.87, pp.3-11, 1984.

E. Robine, I. Lacaze, S. Moularat, S. Ritoux, and M. Boissier, Characterisation of exposure to airborne fungi: measurement of ergosterol

, J. Microbiol. Methods, vol.63, pp.185-192, 2005.

C. A. Robbins, L. J. Swenson, M. L. Nealley, R. E. Gots, and B. J. Kelman, Health effects of mycotoxins in indoor air: a critical review, Appl Occup Environ Hyg, vol.15, issue.10, pp.773-784, 2000.

J. D. Roe, R. A. Haugland, S. J. Vesper, and L. J. Wymer, Quantification of Stachybotrys chartarum conidia in indoor dust using real time, fluorescent probe-based detection of PCR products, J Expo Anal Environ Epidemiol, vol.11, issue.1, pp.12-20, 2001.

A. Rogerson, Diet and partial digestion in sections of the alimentary tract of the sheep, Br J Nutr, vol.12, issue.2, pp.164-76, 1958.

W. Röling, J. Kerler, M. Braster, A. Apriyantono, H. Stam et al., Microorganisms with a taste for vanilla: microbial ecology of traditional indonesian vanilla curing, Appl. Environ. Microbiol, vol.67, pp.1995-2003, 2001.

L. J. Rose, R. B. Simmons, S. A. Crow, and D. G. Ahearn, Volatile organic compounds associated with microbial growth in automobile air conditioning systems, Current Microbiol, vol.41, pp.206-209, 2000.

M. Rotter and W. Koller, Sampling of air-borne bacteria by gelatine-foam-filters Zentralbl Bakteriol, Orig B], vol.157, issue.2, pp.257-270, 1973.

S. Roussel, G. Reboux, J. C. Dalphin, and R. Piarroux, Alvéolites allergiques extrinsèques et exposition aux moisissures. «Dossier scientifique : Impact des moisissures sur la santé humaine» Revue Francophone des Laboratoires, vol.373, pp.51-60, 2005.

J. E. Salvaggio, Inhaled particles and respiratory disease, J Allergy Clin Immunol, vol.94, issue.2, pp.304-309, 1994.

R. A. Samson, B. Flannigan, M. E. Flannigan, A. P. Verhoeff, O. Adan et al., Health Implications of Fungi in Indoor Environments, 1994.

S. Canada, Contamination fongique dans les immeubles publics: Effets sur la santé et methodes d'évaluation, vol.50, 2004.

G. Saunders, M. E. Rogers, M. W. Adlard, and G. Holt, Chromatographic resolution of nucleic acids extracted from Penicillium chrysogenum, Mol. Gen. Genet, vol.194, pp.343-345, 1984.

R. Savilahti, J. Uitti, P. Laippala, T. Husman, and P. Roto, Respiratory morbidity among children following renovation of a water-damaged school, Arch Environ Health, vol.55, issue.6, pp.405-415, 2000.

C. Schabereiter-gurtner, W. Lubitz, and S. Rolleke, Application of broad-range 16S rRNA PCR amplification and DGGE fingerprinting for detection of tick-infecting bacteria, J. Microbiol. Methods, vol.52, pp.251-260, 2003.

C. Schabereiter-gurtner, G. Pinar, W. Lubitz, and S. Rölleke, An advenced molecular strategy to indentify bacterial communities on art objects, Journal of Microbiological Methods, vol.45, pp.77-87, 2001.

C. Schabereiter-gurtner, G. Pinar, W. Lubitz, and S. Rölleke, Analysis of fungal communities on historical church window glass by denaturing gradient gel electrophoresis and phylogenetic 18S rDNA sequence analysis, Journal of Microbiological Methods, vol.47, pp.345-354, 2001.

M. Seuri, K. Husman, H. Kinnunen, M. Reiman, R. Kreus et al., An outbreak of respiratory diseases among workers at a water-damaged building a case report, Indoor Air, vol.10, issue.3, pp.138-145, 2000.

B. G. Shelton, K. H. Kirkland, W. D. Flanders, and G. K. Morris, Profiles of airbone fungi in buildingd and outdoor environments in the United States, Appl. Environ. Microbiol, vol.68, pp.1743-1753, 2002.

A. Shina, S. K. Mon, S. Dawson, R. M. Gaskell, C. A. Hart et al., Use of temporal temperature gradient gel electrophoresis to identify flaA and fim3 sequence types in Bordetella bronchiseptica, Lett. Appl. Microbiol, vol.32, pp.384-387, 2001.

N. Sixt, F. Dalle, I. Lafon, S. Aho, G. Couillault et al., reduced fungal contamination of the indoor envornment with the Plasmair system (Airspace), J. Hosp. Infect, vol.65, pp.156-162, 2007.

T. Smid, E. Schokkin, J. S. Boleij, and D. Heederik, Enumeration of viable fungi in occupational environments: a comparison of samplers and media, Am. Ind. Hyg. Assoc. J, vol.50, pp.235-239, 1989.

E. Smit, P. Leeflang, B. Glandorf, J. D. Van-elsas, and K. Wernars, Analysis of fungal diversity in the wheat rhizosphere by sequencing of cloned PCR-amplified genes encoding 18S rRNA and temperature gradient gel electrophoresis, Appl. Environ. Microbiol, vol.65, pp.2614-2621, 1999.

W. G. Sorenson, Fungal spores: hazardous to health? Environ Health Perspect, vol.107, pp.469-472, 1999.

O. A. Sparagano, M. T. Allsopp, R. A. Mank, S. G. Rijpkema, J. V. Figueroa et al., Molecular detection of pathogen DNA in ticks (acari/ Ixodidae) : a review, Exp. Appl. Acarol, vol.23, pp.926-960, 1999.

C. A. Specht, C. C. Dirusso, P. C. Novotny, and R. C. Ullrich, A method for extracting highmolecular-weight deoxyribonucleic acid from fungi, Anal. Biochem, vol.119, pp.158-163, 1982.

S. L. Stewart, S. A. Grinshpun, K. Willeke, S. Terziera, U. V. Donnelly et al., Effect of impact stress on microbial recovery on an agar surface, Appl. Environ. Microbiol, vol.61, pp.1232-1239, 1995.

D. P. Strachan, B. Flannigan, E. M. Mccabe, and F. Mcgarry, Quantification of airborne moulds in the homes of children with and without wheeze, Thorax, vol.45, issue.5, pp.382-387, 1990.

B. Szponar and L. Larson, Use of mass spectrometry for characterizing microbial communities in bioaerosols, Ann. Agric. Environ. Med, vol.8, pp.111-117, 2001.

A. Suau, R. Bonnet, M. Sutren, J. J. Godon, G. R. Gibson et al., Direct analysis of genes encoding 16S rRNA from complex communities reveals many novel molecular species within the human gut, Appl. Environ. Microbiol, vol.65, pp.4799-4807, 1999.

L. A. Tell, Aspergillosis in mammals and birds: impact in veterinary medicine, Med. Mycol, vol.43, pp.71-73, 2005.

B. Theelen, M. Silvestri, E. Guého, A. Van-belkum, and T. Boekhout, Identification and typing of Malassezia yeasts using amplified fragment length polymorphism (AFLP?), random amplified polymorphic DNA (RAPD) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), FEMS Yeasts Res, vol.1, pp.79-86, 2001.

J. D. Thompson, T. S. Gibson, F. Plewniak, F. Jeanmougin, and D. G. Higgings, The Clustal X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools, Nucleic Acids Res, vol.25, pp.4876-4882, 1997.

J. Thorn, J. Brisman, and K. Torén, Adult-onset asthma is associated with self-reported mold or environmental tobacco smoke exposures in the home, Allergy, vol.56, issue.4, pp.287-292, 2001.

R. S. Tobin, E. Baranowski, A. Gilman, T. Kuiper-goodman, J. D. Miller et al.,

, Signification de la présence de champignons dans l'air intérieur des édifices : Rapport d'un groupe de travail. Revue canadienne de santé publique, vol.78, pp.15-32, 1987.

E. R. Tovey and B. J. Green, Measuring environmental fungal exposure, Med Mycol, vol.43, issue.1, pp.67-70, 2005.

T. Tuomi, K. Reijula, T. Johnsson, K. Hemminki, E. L. Hintikka et al., Mycotoxins in crude building materials from water-damaged buildings, Appl Environ Microbiol, vol.66, issue.5, pp.1899-1904, 2000.

E. J. Vaino and J. Hantula, Direct analysis of wood-inhabiting fungi using denaturing gradient gel electrophoresis of amplified ribosomal DNA, Mycol. Res, vol.104, pp.927-936, 2000.

M. Vaitilingom, F. Gendre, and P. Brignon, Direct detection of viable bacteria, mold and yeasts by reverse transcriptase PCR in contaminated milk samples after heat treatment, Appl. Environ. Microbiol, vol.64, pp.1157-1160, 1998.

J. A. Van-burik, R. W. Schreckhise, T. C. White, R. A. Bowden, and D. Myerson, Comparison of six extraction techniques for isolation of DNA from filamentous fungi, Med Mycol, vol.36, issue.5, pp.299-303, 1998.

J. D. Van-elsas, G. F. Duarte, A. Keijzer-wolters, and E. Smit, Analysis of the dynamics of fungal communities in soil via fungal-specific PCR of soil DNA followed by denaturing gradient gel electrophoresis, J. Microbiol. Methods, vol.43, pp.133-151, 2000.

M. Vandenberggh, P. E. Verweij, and A. Voss, Epidemiology of nosocomial fungal infections: invasive aspergillosis and environment, Diagn. Microbiol. Infect. Dis, vol.34, pp.221-227, 1997.

F. Van-wintzingerode, U. B. Göbel, and E. Stackebrandt, Determination of microbial diversity in environmental samples: pitfalls of PCR-based rRNA analysis, FEMS Microbiol. Rev, vol.21, pp.213-229, 1997.

A. P. Verhoeff and H. A. Burge, Health risk assessment of fungi in home environments, Annals of Allergy, Asthma & Immunology, vol.78, issue.6, pp.544-556, 1997.

A. P. Verhoeff, E. S. Van-reenen-hoeksstra, R. A. Samson, B. Brunzkreef, and J. H. Van-wijnen, Fungal propagules in house dust. I. Comparison of analytic methods and their value as estimators of potential expodure, Allergy, vol.49, pp.533-542, 1994.

A. P. Verhoeff, J. H. Van-wijnen, J. Boleij, B. Brunekreef, E. S. Van-reenen-hoekstra et al., Ennumeration and identification of airborne viable mould propagules in houses, Allergy, vol.45, pp.275-84, 1990.

D. Vincent, P. A. Cabanes, and J. Lambrozo, La colonisation microbiologique des systèmes de traitement d'air est-elle susceptible d'entraîner la contamination des personnes exposées, Energie santé, vol.3, pp.309-319, 1998.

D. Wakefield and G. R. Bisby, Trans. Brit. Myc. Soc, pp.25-50, 1941.

T. J. Walsh and D. M. Dixon, Nosocomial aspergillosis: environement microbiology, hospital epidemiology, diagnosis and treatment, Eur. J. Epidemiol, vol.5, pp.131-142, 1989.

B. Wessen, G. Ström, and U. Palmgren, Microbial problem building-analysis and verification, th International Conference on Indoor Air Quality and Climate, vol.4, pp.875-879, 1999.

A. W. West, W. D. Grant, and G. P. Sparling, Use of ergosterol, diaminopimelic acid and glucosamine content of soils to monitor changes in microbial populations, Soil Biol. Biochem, vol.19, pp.607-612, 1987.

, Air Quality Guidelines for Europe Regional Office for Europe, 2000.

R. H. Williams, E. Ward, and H. A. Mccartney, Methods for integrated air sampling and DNA analysis for detection of airborne fungal spores, Appl. Environ. Microbiol, vol.67, pp.2453-2459, 2001.

K. Willeke, X. Lin, and S. A. Grinshpun, Improved aerosol collection by combined impaction and centrifugal motion, Aerosol Sci.Technol, vol.28, pp.439-456, 1998.

S. E. Womble, L. E. Burton, and L. Kolb, Prevalence and concentration of culturable airborne fungal spores in 86 office buildings from the Building assessment Survey and Evaluation (BASE) study, Proceedings of indoor Air'99, Edinburgh, the 8 th International Conference on Indoor Air quality and Climate, vol.1, pp.261-266, 1999.

R. J. Wurzburger, R. Gupta, A. P. Parnassa, S. Jain, J. A. Wexler et al., Use of GC clamps in DHPLC mutation scanning, Clin Med Res, vol.1, issue.2, pp.111-118, 2003.

J. Wu, R. H. Istepanian, and S. Chen, Stability issues of nite precision controller structures for sampled data systems, Int. J. Control, vol.72, issue.15, pp.1331-1342, 1999.

Z. Wu, Y. Tsumura, G. Blomquist, and X. R. Wang, 18S rRNA gene variation among common airborne fungi and development of specific oligonucleotide probes for the detection of fungal isolates, Appl. Environ. Microbiol, vol.69, pp.5389-5397, 2003.

P. C. Wu, H. Su, and H. M. Ho, A comparison of sampling media for environment viable fungi collected in a hospital environment, Environ. Res. Sect, vol.82, pp.253-257, 2000.

W. Xiao and P. J. Oefner, Denaturing high-performance liquid chromatography: A review, Hum. Mutat, vol.17, pp.439-474, 2001.

I. Yike, T. Allan, W. G. Sorenson, and D. G. Dearborn, Highly sensitive protein translation assay for trichothecene toxicity in airborne particulates: comparison with cytotoxicity assays, Appl Environ Microbiol, vol.65, issue.1, pp.88-94, 1999.

G. Zhou, W. Z. Whong, T. Ong, and B. Chen, Development of fungus-species PCR assay for detecting low-level fungi in an indoor environment, Mol. Cell. Probes, vol.14, pp.339-348, 2000.

J. P. Zock, D. Jarvis, C. Luczynska, J. Sunyer, and P. Burney, European Community respiratory Health Survey: Housing characteristics, reported mold exposure, and asthma in the European Community respiratory Health Survey, J. All. Clin. Immunol, vol.110, pp.285-292, 2002.

M. Zureik, C. Neukirch, B. Leynaert, R. Liard, J. Bousquet et al., European Community respiratory Health Survey: sensitisation to airborne moulds and severity of asthma: cross sectional study from European Community respiratory Health Survey, Br. Med. J, vol.325, pp.411-414, 2002.

A. Dichlorane-glycérine, DG18) Composition : ? 31,6 g d'Agar Dichlorane-Glycérine (5g de Peptone

, Agar Dichlorane-Glycérine+ 0,5 g de chloramphénicol dans 1 litre d'eau déminéralisée par chauffage dans un bain marie bouillant ou sous une vapeur fluente, Ajouter 175 mL (220 g) de glycérol et autoclaver (15 minutes à 121°C)

, Dépôt des échantillons 7.1) Déposer les 16 à 20 µl d'échantillons avec le cône à séquençage

, Réajuster la température à 55°C (température de début de migration)

, Démoulage des gels et Révélation 10.1) Lorsque la température a atteint environ 63 °C, arrêter la migration

, Poser les plaques sur la paillasse ( de préférence la petite plaque contre la paillasse)

, Découper les puits (en laissant une trace quand même)

, Le SYBER GREEN ainsi dilué se conserve à l'obscurité à 4°C. (Attention « toxicité, Laisser les gels au poins 20 minutes dans le Syber green pour la révélation (50µl de Syber green 10000X dans 500ml de TAE 1.25X)

, Récupérer le gel dans le Syber green avec deux feuilles de plastique

, Faire la photo à l'aide du gel Doc system

, En présence de la photo

, Purifier les produits PCR (Qiaquick pcr purification kit)

, Additionner 250 µl de tampon PB et 50 µl de produit PCR

, Pipetter le mélange et le déposer sur une minicolonne installée sur un tube de 2 ml. Centrifuger, 30-60 secondes à 13000 tours/min

, Replacer la colonne sur le même tube de 2 ml et ajouter 750 µl de tampon PE (tampon de lavage). Centrifuger, 30-60 secondes à 13000 tours/min

, Replacer la colonne sur le même tube de 2 ml et Centrifuger, pour une minute supplémentaire à 13000 tours/min

, Placer la colonne sur un tube Eppendorf de 1,5 ml et déposer 50 µl de tampon EB (10 mM Tris.Cl, pH 8,5)(tampon d'élution) et Centrifuger, à 13000 tours/min pendant une minute pour éluer l'ADN

I. , Cadre général et enjeux de la thèse

, Nous passons de 70% à 90% de notre temps à l'intérieur de locaux divers (locaux d'habitation, de travail ou destinés à recevoir un public) et de moyens de transport, où nous sommes exposés à divers polluants (éclairage, température, hygrométrie, bruit, particules, composés organiques volatils, tabac, monoxyde de carbone, dioxyde de carbone, dioxyde d'azote, ozone, bactéries, champignons), principalement par inhalation, Les personnes âgées et les enfants sont les plus sensibles

, La qualité de l'air dans les environnements intérieurs (habitats, bâtiments d'élevage, hôpitaux et lieux de travail) constitue une source de risque qui a été longtemps sous-estimée

, des ambiances intérieures ainsi que la reconnaissance des affections (cutanées, digestives et surtout respiratoires) liées à la contamination de l'air. Les affections peuvent relever de phénomènes d'hypersensibilité telles que l'aspergillose broncho-pulmonaire allergique, Il est indispensable d'améliorer les connaissances des maladies (médecines humaines ou animales)

, L'aérocontamination peut aussi entraîner des effets simplement irritatifs tels que la fièvre d'inhalation, le syndrome des bâtiments malsains (sick building syndrom) et les risques infectieux chez les immunodéprimés. Tout cela a permis d'accorder plus d'importance à l'étude des agents spécifiques des différents milieux et de leurs effets sur la santé animale et humaine

É. Dans-mon, je ne m'intéresse qu'aux champignons qui se propagent par l'intermédiaire de spores microscopiques ou fragments de filaments en suspension dans l'air

, La thématique de l'équipe qui m'accueille est de déterminer les conséquences de la présence des champignons microscopiques dans l'air sur la santé humaine et animale

, Les champignons microscopiques se présentent sous deux formes : une forme filamenteuse (moisissures) et une forme unicellulaire (levure). Le développement des moisissures dans les environnements intérieurs nécessite la présence de l, Les champignons sont des organismes uni ou pluri-cellulaires eucaryotes, saprophytes ou parasites

, L'objectif de mon travail expérimental est de développer des outils analytiques globaux par biologie moléculaire permettant d'évaluer la contamination par des agents fongiques dans l'air

C. Dans-ce, Pour chaque prélèvement d'air, je réalise la mise en culture et j'applique les autres techniques : de biologie moléculaire (PCR, Temperature Temporal Gradient Electrophoresis, Denaturing High Performance Liquid Chromatography, plusieurs appareils de prélèvements d'air ont été utilisés

, Le développements de ces outils devraient permettre une caractérisation plus précise et plus rapide de la contamination de l'air par des champignons microscopiques dans les

. Le, un contrat CIFRE en collaboration avec un partenaire industriel (le groupe Thalès) et à l'aide de réseaux scientifiques

D. Le-laboratoire, hygiène de la ville de Paris intervient dans les bâtiments privés et publics, en contrôlant l'aéro-contamination bactérienne, fongique et chimique des environnements intérieurs. Ce travail leur permettre d'améliorer leur intervention dans la maîtrise de l'hygiène des milieux intérieurs

, Elle m'a permis de faire des essais dans ses locaux : les premiers résultats ont été encourageants. Elle m'a mis en contact avec le laboratoire de biochimie et génétique de l'hôpital Henri-Mondor qui est en possession d'un appareil D-HPLC pour me permettre de poursuivre la, La société Transgenomic commercialise l'appareil qui permet de faire une identification automatisée (D-HPLC)

. L'unité, Inserm U511 de l'hôpital de la Pitié-Salpètrière, va me permettre d'utiliser une technique biochimique (spectrométrie de masse) qui est utilisée et maîtrisée dans le laboratoire

L. Thalès, Biologie et Chimie) de Thalès Security systems (TSS) traite avec des clients qui ont besoin de systèmes de sécurité performants (l'un de leur client est l'armée Française). TSS met au point et fournit des systèmes de sécurité NRBC. Le projet de cette thèse leur permet de déterminer un seuil de la contamination fongique dans l'air pour fournir des systèmes de sécurité adéquats et plus performants

, Mon intérêt pour les sciences naturelles au lycée m'a permis de faire une maîtrise de biologie cellulaire et physiologique (Université de Bretagne Occidentale, Brest), puis j'ai obtenu un diplôme universitaire en effectuant un stage en biologie marine de 8 mois, Mes parents m'ont toujours motivée pour de longues études

, Ce stage a renforcé ma motivation à poursuivre dans le domaine de la recherche par l'excellent encadrement et le bon fonctionnement de mon projet de recherche

, Après plusieurs entretiens pour des stages fournis par l'université, j'ai acceptée la première réponse positive qui m'est parvenue. Mon choix de sujet de Master 2 est donc lié au retard que j'avais pris pour la validation de mon inscription

, Lors de mon stage de master 2, j'ai commencé à étudier la contamination aérienne par des champignons dans les environnements intérieurs. Le sujet m'ayant plu, la confiance et la motivation de mon directeur de thèse m'a permis d'obtenir une bourse en contrat CIFRE (collaboration avec l'entreprise Thalès) pour continuer sur le sujet

, Le projet me semble intéressant et important car je suis en contact avec des personnes (parents et amis) asthmatiques, allergiques aux aérosols ou ayant contractées des mycoses, Ces personnes sont dans des environnements assez variés (toutes les classes sociales dans les pays suivants

, Conduite du projet

, UMR permettant aux enseignants-chercheurs, chercheurs, ingénieurs et étudiants de présenter l'avancement de leurs travaux une fois par mois. Dans ce cadre, je présente deux fois par an mes travaux à l'ensemble du laboratoire. -des réunions mensuelles (2h), au sein de l'équipe qui m'accueille permettant de faire le point sur l'avancement des projets et d'organiser des présentations dans les différents congrès nationaux et internationaux. Ces réunions servent aussi à discuter de divers points (nouveaux projets, mobilité des personnes, financements...) -un comité de pilotage à été mis en place pour superviser les travaux. Ce comité comprend un spécialiste en moisissures dans les environnements intérieurs, Pour le bon déroulement et l'aboutissement des projets il existe différents types de réunions : -des réunions scientifiques au sein de l

, Je réalise également un point d'avancement avec mon directeur de thèse chaque semaine

. Enfin, un financement par l'entreprise Thalès, il est établi avec le partenaire industriel des réunions mensuelles. Ces réunions me permettent de présenter les résultats obtenus depuis la dernière réunion et de prendre des décisions sur les expériences futures (répétitions des expériences, prévisions d'autres méthodes, veille bibliographique, prévisions de la mise en disposition d'appareil et consommables associés

, Le problème majeur rencontré dans le projet a été l'établissement d'un contrat entre l'entreprise Thalès et le laboratoire pour l'exploitation éventuelle des résultats

, Compétences scientifiques Pendant toute la durée de mon projet, j'ai mis en pratique

, Trouver l'information : Il a fallu faire une recherche bibliographique pour mieux cerner ma problématique par rapport à d'autres projets déjà valorisés

, Synthétiser : la veille bibliographique (lecture de plusieurs articles) a développé mon esprit critique et de synthèse par rapport aux autres travaux. L'esprit de synthèse est nécessaire pour la rédaction d'articles et pour l

, Je cherche à trouver une nouvelle technique de détection et d'identification globale des champignons aéroportés en me basant sur la technique de référence qui est la mise en culture

, Collaborer avec des partenaires privés ou du domaine public : au cours de mon projet de thèse j'ai développé et entretenu un réseau de partenariats avec : ? Laboratoire d'hygiène de la ville de Paris dans le cadre de campagne d'utilisation des appareils de prélèvement d

. Le-centre, Ecole vétérinaire d'Alfort à Champignelles (dans l'Yonne) pour une campagne de prélèvements dans un élevage avicole

?. France and . Grande, Bretagne dans le cadre de la formation du système automatisé (Wave DNA fragment Analysis System) pour la mise au point d'une identification microbienne globale (Denaturing High Performance Liquid Chromatography)

, ? Le laboratoire de biochimie et génétique de l'hôpital Henri-Mondor pour le développement de la technique D-HPLC

I. ?-l'unité and . U511, Immunobiologie cellulaire et moléculaire des infections parasitaires (Hôpital de la Pitié Salpétrière), pour l'utilisation de la spectrométrie de masse

, Développer et partager les connaissances : la présentation de mes travaux lors des réunions au sein de l'UMR (une fois par an) et au sein de l'équipe (une fois par mois) me permet de justifier d'une démarche scientifique. Mes travaux ont été déjà présentés lors de congrès nationaux, 2005.

. Société-française-de-microbiologie, internationaux (Advances against aspergillosis, septembre, Society for Human and Animals Mycology (ISHAM), juin 2006, Paris) et des séminaires (journées du département de santé animale de l'INRA, 2004.

, Respecter rigoureusement un cahier des charges : j'ai participé à la rédaction d'un

, Ces techniques ont plusieurs étapes, elles sont toutes basées sur le principe de l'amplification génétique et de la séparation des fragments d'ADN. Il a été nécessaire de valider les PCR en testant plusieurs amorces, Réaliser des tâches répétitives : il m'est arrivé de recommencer plusieurs fois mes expériences pour la mise au point des techniques de biologie moléculaire

, Gestion de projet

, Etre moteur du projet : à l'issue de ce travail de thèse, je suis entièrement automne sur le plan technique

, L'acceptation de mon article montre bien la qualité des résultats obtenus lors de ce travail de thèse

, Comprendre les implications de son travail : nous avons des réunions mensuelles qui permettent de rendre compte et faire le point sur l

, Ce projet va permettre à Thalès de disposer de techniques plus rapides pour renforcer leur systèmes de sécurité au niveau de l'environnement et d'avoir une meilleure connaissance sur l'aérocontamination fongique. Pour le secteur public, ce projet va permettre une meilleure appréciation du risque représenté par la présence des champignons microscopiques dans les environnements

, Adapter sa stratégie aux ressources disponibles : j'ai pu obtenir l'aide de stagiaires en BTS Bio-analyse et contrôle pour les expériences. La présence de ces stagiaires m'a permis de me consacrer à la rédaction de l'article et l'actualisation de ma bibliographie

, Planifier les étapes : pour une bonne organisation de mon travail sur le terrain (prélèvements d'air dans les différents environnements) et au laboratoire (application des différentes techniques et interprétation des résultats), il a été nécessaire d'établir des plannings

, Savoir travailler en transversal : j'ai effectué une campagne de prélèvements d'air dans un élevage avicole dans l'Yonne (collaboration avec le centre d'application de l'Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort à Champignelles) entre mars et juin 2007 (une fois par semaine pendant 15 semaines). J'effectue des prélèvements ponctuels dans des habitats insalubres et des bureaux avec la collaboration du laboratoire d

, En dehors de ces périodes de prélèvements d'air dans différents environnements, je traite mes échantillons dans différents laboratoires

, La mise en culture se fait au centre d'application à Champignelles pour les prélèvements de l'élevage. Pour les échantillons des habitats et bureaux, le traitement se fait dans le laboratoire de Mycologie de l'ENVA à

, Pour les techniques de biologie moléculaire, je travaille à l'ENVA pour la TTGE et au laboratoire de biochimie et génétique de l'hôpital Henri Mondor à Créteil pour la technique D-HPLC

, Tous les échantillons de l'élevage avicole seront traités par une technique biochimique (Spectrométrie de masse) dans l'unité INSERM U511, Immunobiologie cellulaire et moléculaire des infections parasitaires

. Anticiper, Je travaille dans les meilleures conditions de stérilité (hotte à flux laminaire, bec benzène) pour limiter les problèmes de contamination de mes cultures

, Le contrôle qualité du laboratoire me permet de gérer mes stocks de matériels et produits

, Apprendre de ses erreurs : mon premier article a été refusé par deux journaux avant d'être accepté par le troisième. Ces refus m'ont beaucoup appris sur la rigueur, l'esprit critique et la synthèse de l

, Redéfinir des critères de travail : mon projet consiste à mettre au point des techniques d'identification globale qui n'ont pas encore été utilisées en mycologie environnementale

J. Dû, lors de la mise au point de ces techniques de biologie moléculaire redéfinir l'ensemble des paramètre expérimentaux

, Savoir partager des ressources : ce projet de thèse m'a également permis de développer

, Il existe des procédures pour l'utilisation du matériel dans le laboratoire pour une bonne organisation

. Sélectionner, la charge de mettre en place un contrat d'une année pour une prestation de service de séquençage. Pour choisir notre prestataire, j'ai dû contacter et mettre en concurrence quatre sociétés différentes afin de sélectionner celle qui nous

, Compétences relationnelles et de communication Ecouter activement : lors de la présentation des résultats pendant les réunions ou congrès, de nombreuses remarques et interrogations mènent à une remise en questions

, Master 2) à la biologie moléculaire ou à l'utilisation d'un matériel du laboratoire dont je connaissais le fonctionnement

, Parler en public : mon travail de thèse m'a permis de gérer mon stress lors de la prise de parole en public

, nombreuses reprises présenter mes travaux à un public varié (réunions internes et externes au laboratoire et congrès nationaux et internationaux), ce qui nécessite de savoir adapter la présentation au public visé

, Communiquer en langue étrangère : j'ai participé à la rédaction d'un article en anglais

, réalisé des posters en anglais et en français

, Management humain Encadrer : j'ai eu l'opportunité d'encadrer des stagiaires (1ère et 2 ème année) de BTS de bio-analyse et contrôle. Les stages se sont déroulés entièrement sur le projet de ma thèse

, Il a fallu définir leur charge de travail, les recadrer, les rassurer, les écouter

, Gérer la capacité de travail : pour une bonne exploitation des pistes et des opportunités, il a été important de savoir prendre du recul face au stress et à la fatigue intellectuelle et physique dus aux contraintes liées au projet et d'avoir une bonne stabilité émotionnelle. Cette stabilité est nécessaire pour une bonne prise des décisions et une meilleure gestion des difficultés

, Qualités personnelles

, Ténacité et combativité : lors de ce projet la patience a été capitale car il a fallu mettre au point une technique qui n'avait jamais été utilisée dans ce domaine (mycologie environnementale)

;. Investissement-dans-le-travail, P. Pcr--ttge, and S. De-masse, Je dois soumettre constamment mes résultats aux doutes pour ajuster ma méthodologie de recherche et proposer des pistes de réflexion sans cesse renouvelées (lors de différentes réunions)

, qualité du travail : l'expérience que j'acquise lors de la rédaction et la modification de l'article m'a permis renforcer ma rigueur scientifique. La rigueur du travail est une qualité nécessaire que j'ai développée lors de mes différents stages en laboratoire de recherche Prudence et modestie : j'ai appris lors de mon travail de thèse à être prudente et modeste sur les interprétations apportées à mes résultats lors des exposés aux congrès qui réunissent de nombreux spécialistes

. Iv, Impacts de la thèse et projet professionnel

, Les résultats de ce travail vont permettre à nos partenaires d'intégrer les outils utilisés dans ce projet, dans leurs systèmes de détection et d'identification des communautés microbiennes. Lors de ce projet nous avons aussi mis en place la détection des champignons microscopiques avec deux types d'appareillage qui se complètent quelle que soit la méthode d'identification

, Mon projet a déjà permis à l'UMR et à l'entreprise Thalès de collaborer avec des laboratoires publics (laboratoire d'hygiène de la ville de Paris, laboratoire de biochimie et génétique de l'hôpital Henri-Mondor et l'unité INSERM U511,) et avec de partenaires privés

, Mon choix d'entreprendre un doctorat a été motivé par la volonté d'accéder aux métiers de la recherche dans toute sa diversité

, Avec les compétences acquises lors de ma thèse, je souhaiterais orienter ma carrière vers le secteur de l'environnement. Les postes susceptibles de m'intéresser sont conseiller en environnement

, Mon désir serait de participer à des projets concernant l'impact des microorganismes sur l'environnement. Mais aussi continuer dans le développement des outils plus performants dans l'étude des communautés microbiennes. Je voudrais avoir l'opportunité d'élaborer des projets innovants

, -15 juin 2007) où j'ai eu l'opportunité de rencontrer un membre de l

, déposé mon CV sur un site d'emploi (www.cadremploi.fr). J'ai essentiellement utilisé l'Internet (annuaire Internet des sites professionnels : www.indexa.fr) pour me renseigner sur les entreprises qui pourraient bénéficier de mes compétences

C. Le-groupe, laboratoire spécialisé dans les analyses touchant à la sécurité sanitaire du bâtiment

, spécialisée dans la protection et la régulation pour les réseaux d'eau potable ainsi que l'intégration et l'assainissement. Elle réalise sur demande des appareils spécifiques, La Société nouvelle hydraulique (SNH)

L. Société and P. Air, Importateur de matériel de purification d'air pour les professionnels et les particuliers, Ses appareils traitent les fumées et les odeurs par aspiration et filtration pour une redistribution d'air pur

. L'europôle, Méditerranéen de l'Arbois, structure qui accueille des entreprises qui intègrent la problématique environnementale dans leur stratégie de développement et qui participe à la diffusion des technologies de l'environnement

, Je peux apporter au sein d'une entreprise autonomie et polyvalence démontrées lors de la gestion d'un projet de développement au sein d'une équipe d'enseignants-chercheurs, de chercheurs, ingénieurs et techniciens. J'ai acquis et appliqué des techniques de mesure de prélèvement d'air et mis en évidence mes compétences techniques et celles d'analyse et de synthèse