Dans les années 90, les docteurs (en particulier dans le secteur des sciences de la vie) ont connu des difficultés d'emploi sans précédent. La thèse vise à clarifier ce constat, en exploitant des données tirées d'enquêtes inédites. Elle est organisée autour de trois points : (1) l'examen des déterminants des trajectoires professionnelles ; (2) l'analyse du phénomène de file d'attente qui caractérise le marché du travail des docteurs ; (3) l'étude des liens entre l'encadrement des docteurs et leur devenir professionnel. La recherche aboutit à trois résultats essentiels : les choix effectués à l'entrée en thèse (insertion publique ou insertion privée, en particulier) sont fortement irréversibles ; le départ en post-doc offre une " seconde chance " aux docteurs n'ayant pu intégrer le secteur académique au sortir de leur thèse ; les variables de performance, qui influencent le devenir professionnel, résultent de l'interaction entre les docteurs et leur encadrement.