Analysis of the genetic determinism of pork meat quality : a study that combined genetic and genomic
Analyse du déterminisme génétique de la qualité de la viande de porc : une approche combinant génétique et génomique
Résumé
Meat qualities are of the utmost importance for both consumers and the processing industries. However, meat quality trait predictors (meat color, pH, drip loss. . . ) imply post-mortem measurements on the relatives of selection candidates. In such a situation, using alternative, non destructive, selection criteria easily measurable on selection candidates themselves or marker assisted selection could improve the accuracy of breeding values estimation and then lead to greater genetic gain than phenotypic selection.
Using gene expression data, these studies aims to decipher genetic architecture regulating meat quality traits by identifying genes and pathways involved in the development and the variability of these traits to provide new tools, genetic or phenotypic markers associated with these traits, to improve meat quality traits through breeding selections.
Longissimus dorsi and semimembranosus transcriptome analysis shed light on dissimilar muscular transcriptome profile. This variability, related to post-natal myogenic activity, could affect muscle development and hence meat quality traits. Thus, skeletal muscle specificity should be considered to determine important features for meat quality traits and identify useful biomarkers of pork quality.
Genetic variability of transcript abundance analysis highlighted heritable longissimus transcripts genetically correlated with pig meat quality traits. Using those molecular phenotypes in breeding applications could be beneficial for the genetic improvement of meat quality traits.
Finally, genetic analyses allowed us to refine the location of previously identified QTL and pointed out several candidate genes among which RB1 gene, known to be involved in skeletal muscle cell differentiation, which is located in the same locus than a QTL associated with loin muscle depth variability and transcript abundance variability of two genes involved in lipid and fatty acid metabolic process and positive regulation of fat cell differentiation.
La qualité des viandes est une caractéristique de première importance pour le consommateur ou pour l’industrie de transformation. Cependant, ces caractères (couleur, pH, pertes en eau. . . ) ne peuvent être mesurés que post-mortem sur des collatéraux des candidats à la sélection. Dans ces circonstances, l’identification de nouveaux prédicteurs facilement mesurables en routine sur les candidats à la sélection ou de marqueurs génétiques associés à la qualité des viandes devrait permettre d’améliorer la précision des évaluations génétiques et donc la réponse à la sélection.
En se basant sur des données génétiques et génomiques, l’objectif des travaux présentés, visait à étudier le déterminisme génétique et les processus biologiques responsables de la variabilité de la qualité de la viande de porc et à fournir de nouveaux outils (prédicteurs biologiques, marqueurs génétiques) pour la sélection.
L’analyse des transcriptomes des muscles longissimus dorsi et semimembranosus a mis en évidence une forte spécificité du transcriptome musculaire. Ces différences, liées à l’activité myogénique post-natal, peuvent avoir des conséquences sur la structure et le développement des tissus et in fine sur la qualité des viandes. Ces particularités doivent donc être prises en compte dans le cadre d’analyses visant à caractériser l’architecture génétique de la qualité des viandes et à identifier des marqueurs biologiques utilisable en sélection.
L’analyse de la variabilité génétique de la quantité de transcrit dans le muscle longissimus a mis en évidence plusieurs transcrits fortement héritables et génétiquement corrélés aux caractères de qualités des viandes. De tels prédicteurs permettraient d’améliorer la précision des valeurs génétiques des candidats à la sélection et procureraient de ce fait un gain génétique plus rapide.
Enfin, les analyses génétiques ont permis d’affiner la localisation de nombreux QTL et d’identifier plusieurs gènes candidats dont le gène RB1 connu pour être impliqué dans la différentiation des cellules musculaires et localisé dans un QTL régulant à la fois l’épaisseur de la longe et l’expression de deux gènes impliqués dans le métabolisme des acides gras et la différentiation des cellules adipogéniques.
Domaines
Génétique
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)