Pilotage du microbiote des graines pour améliorer la santé des plantes - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
Habilitation À Diriger Des Recherches Year : 2023

Pilotage du microbiote des graines pour améliorer la santé des plantes

Abstract

Après une thèse au laboratoire d’Écologie Microbienne de Lyon (Université Claude Bernard Lyon 1), puis un post-doctorat de 3 ans à Duke University (NC, USA), suivi d’un post-doctorat de 9 mois à IPME (IRD, Montpellier), j’ai intégré en octobre 2019 l’équipe EmerSys de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS, Angers) pour développer une thématique de recherche sur le pilotage de la composition du microbiote des semences pour améliorer la santé des plantes. Mon projet de recherche vise à caractériser la fraction du microbiote des graines qui est transmise à la plante (i.e. son inoculum primaire) et son impact sur le phénotype de la plantule. Ces connaissances fondamentales permettent d’identifier des leviers de pilotage du microbiote des graines en favorisant la présence de certains consortia microbiens ou de fonctions microbiennes permettant d’améliorer la vigueur des graines et ainsi proposer des solutions alternatives aux pesticides appliqués sur les semences. Mon projet se structure autour de 3 axes principaux, dont les principaux résultats sont détaillés dans ce document : 1) Synthèse des connaissances sur le microbiote des graines : Méta-analyse de données de metabarcoding. 2) Étude de la transmission du microbiote des graines et impact sur le phénotype de la plantule – Approche par reconstruction de microbiotes synthétiques. 3) Contribution du microbiote des graines à la fitness et productivité de la plante – études transgénérationnelles et évolution expérimentale. Dans leur ensemble, ces travaux permettent d’obtenir des résultats originaux basées sur l’utilisation de communautés synthétiques pour établir les liens entre microbiote et santé de la plante, ainsi que sur la validation (ou invalidation) expérimentale du concept d’holobionte.
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  • HAL Id : tel-04688332 , version 1

Cite

Marie Simonin. Pilotage du microbiote des graines pour améliorer la santé des plantes. Sciences de l'environnement. Université d'Angers, 2023. ⟨tel-04688332⟩
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