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Conference papers
E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics
Michel Daydé
1, 2
Benjamin Depardon
3
Alain Franc
4, 5
Jean-François Gibrat
6
Romaric Guillier
7, 8
Yasaman Karami
9
Christian Pérez
8
Frédéric Suter
8, 10
Marie Chabbert
11, 12
Bruck Taddese
11, 12
Sylvie Thérond
13
1
IRIT-APO - Algorithmes Parallèles et Optimisation
IRIT - Institut de recherche en informatique de Toulouse
4
PLEIADE - from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology
LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, Inria Bordeaux - Sud-Ouest, BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
8
AVALON - Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LIP - Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme
Michel Daydé 1, 2
Author
Benjamin Depardon 3
Author
Alain A. Franc 4, 5
Author IdHAL : alain-franc ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9448-8569
Jean-François Gibrat 6
Author IdHAL : jean-francois-gibrat ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2623-5698
Romaric Guillier 7, 8
Author
Yasaman Karami 9
Author
Christian Pérez 8
Author Employer institution : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique IdHAL : chperez
Frédéric Suter 8, 10
Author IdHAL : frederic-suter
Marie Chabbert 11, 12
Author IdHAL : marie-chabbert ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5182-0987
Bruck Taddese 11, 12
Author
Sylvie Thérond 13
Author
1
IRIT-APO - Algorithmes Parallèles et Optimisation (Institut de recherche en informatique de Toulouse - IRIT
2 rue Charles Camichel
31071 Toulouse Cedex 7
- France)
- IRIT - Institut de recherche en informatique de Toulouse (118 Route de Narbonne, F-31062 Toulouse Cedex 9 - France)
- UT1 - Université Toulouse 1 Capitole (2 rue du Doyen-Gabriel-Marty - 31042 Toulouse Cedex 9 - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- UT2J - Université Toulouse - Jean Jaurès (5 allées Antonio Machado - 31058 Toulouse Cedex 9 - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5505 (France)
- Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- UT1 - Université Toulouse 1 Capitole (2 rue du Doyen-Gabriel-Marty - 31042 Toulouse Cedex 9 - France)
2
Toulouse INP - Institut National Polytechnique (Toulouse) (France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
3
SysFera [Villeurbanne] (13, avenue Albert Einstein, 69100 Villeurbanne - France)
4
PLEIADE - from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (200, avenue de la Vieille Tour
33405 Talence cedex - France)
- LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (Domaine Universitaire 351, cours de la Libération 33405 Talence Cedex - France)
- UB - Université de Bordeaux (35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5800 / URA1304 (France)
- École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB) (France)
- Inria Bordeaux - Sud-Ouest (200, avenue de la Vieille Tour,
33405 Talence - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés (Site de recherche Forêt - Bois de Pierroton - 69, route d'Arcachon F-33612 Cestas Cedex FRANCE - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1202 (France)
- UB - Université de Bordeaux (35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux - France)
5
BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés (Site de recherche Forêt - Bois de Pierroton - 69, route d'Arcachon F-33612 Cestas Cedex FRANCE - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1202 (France)
- UB - Université de Bordeaux (35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux - France)
6
MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (Bât. 233, Domaine de Vilvert - 78352 Jouy-en-Josas Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UPR 1404 (France)
7
LIP - Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (46 Allée d'Italie 69364 LYON CEDEX 07 - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5668 / URA1398 (France)
8
AVALON - Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (ENS Lyon 46 allée d'Italie
69364 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LIP - Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (46 Allée d'Italie 69364 LYON CEDEX 07 - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5668 / URA1398 (France)
9
LCQB - Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (Biologie Computationnelle et Quantitative UMR 7238 CNRS-Université Pierre et Marie Curie Site des Cordeliers Bât. A - 4ème étage, 15, Rue de l'Ecole de Médecine 75006 Paris, France - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- IBPS - Institut de Biologie Paris Seine (Quai Saint-Bernard
75252 PARIS CEDEX 05 - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FR 3631 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7238 (France)
10
CC-IN2P3 - Centre de Calcul de l'IN2P3 (Domaine scientifique de La Doua
43 bd du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne Cedex - France)
- IN2P3 - Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UAR6402 / USR6402 (France)
11
BNMI - Biologie Neurovasculaire et Mitochondriale Intégrée (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
12
Faculté de Médecine d'Angers (Rue Haute de Reculée 49045 Angers - France)
13
IDRIS - Institut du développement et des ressources en informatique scientifique (bat. 506 BP 167 91403 ORSAY CEDEX - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UAR851 / UPS851 (France)
Abstract : The E-Biothon platform is an experimental Cloud platform to help speed up and advance research in biology, health and environment. It is based on a Blue Gene/P system and a web portal that allow members of the bioinformatics community to easily launch their scientific applications. We describe in this paper the technical capacities of the platform, the different applications supported and finally a set of user experiences on the platform.
Document type :
Conference papers
Complete list of metadata
https://hal.inria.fr/hal-01207320
Contributor : Romaric Guillier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, September 30, 2015 - 3:14:25 PM
Last modification on : Tuesday, May 17, 2022 - 3:18:02 PM
Long-term archiving on: : Thursday, December 31, 2015 - 10:35:00 AM
Contributor : Romaric Guillier Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, September 30, 2015 - 3:14:25 PM
Last modification on : Tuesday, May 17, 2022 - 3:18:02 PM
Long-term archiving on: : Thursday, December 31, 2015 - 10:35:00 AM
File
eBiothon.pdf
Files produced by the author(s)
Identifiers
- HAL Id : hal-01207320, version 1
- DOI : 10.1109/CSITechnol.2015.7358239
- PRODINRA : 326540
- WOS : 000380467400001
Collections
CNRS | INRIA | UNIV-ANGERS | INRA | UPMC | LCQB | IN2P3 | ENS-LYON | UNIV-TLSE2 | INSERM | INRIA2 | SMS | UNIV-PARIS-SACLAY | LCQB-AG | IBPS | UNIV-LYON1 | SORBONNE-UNIVERSITE | UNIV-BORDEAUX | UNIV-TLSE3 | SU-SCIENCES | UT1-CAPITOLE | UDL | INRAE | SU-TI | CC-IN2P3 | GS-COMPUTER-SCIENCE | IRIT-APO | IRIT-CISO | IRIT | IRIT-INPT | GENCI | BIOGECO
Citation
Michel Daydé, Benjamin Depardon, Alain Franc, Jean-François Gibrat, Romaric Guillier, et al.. E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics. International Conference on Computer Science and Information Technologies, Sep 2015, Yerevan, Armenia. ⟨10.1109/CSITechnol.2015.7358239⟩. ⟨hal-01207320⟩
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