FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Poster Year : 2015

FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution

Abstract

Avec le séquençage haut-débit (454, MiSeq), les pipelines de traitements de séquençage d'ARNr 16S actuels produisent de gros jeu de données. Le calcul des tables d'abondances d'OTU et leur affiliation taxonomique peinent à s'exécuter et les solutions les plus efficaces sont souvent dédiées aux spécialistes. Dans ce contexte, nous avons développé le pipeline "FROGS" : « Find Rapidly OTU with Galaxy Solution ». Développé sous environnement Galaxy, "FROGS" intègre un outil de prétraitement des données permettant le contigage de séquences, le nettoyage des données et la suppression des chimères. La déréplication des séquences se fait par un script python. L'étape de clusterisation s'effectue avec le logiciel SWARM. Un outil d'assignation retourne l’affiliation taxonomique de chaque OTU en utilisant à la fois l'algorithme RDPClassifier et NCBI blast+ sur la banque de données Silva SSU 119. Enfin, un outil de post-traitement permet aux utilisateurs de traiter la table d'abondance obtenue avec les filtres habituels, fournit des résultats statistiques et des illustrations graphiques. FROGS a été développé pour traiter de grandes quantités de données par l'utilisation d’outils innovants et une conception optimisée. De plus, il est portable sur toutes les plateformes Galaxy avec le minimum de dépendances informatiques et architecturales. FROGS a été testé sur plusieurs jeux de données simulées. L'outil se montre extrêmement rapide, robuste et hautement sensible pour la détection des OTU avec très peu de faux-positifs comparé aux autres pipelines largement utilisés par la communauté.
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2015_FROGS_AFEM_Anglet_Poster_1.pdf (1.04 Mo) Télécharger le fichier
Origin : Files produced by the author(s)

Dates and versions

hal-01886389 , version 1 (03-06-2020)

Identifiers

  • HAL Id : hal-01886389 , version 1
  • PRODINRA : 355358

Cite

Frédéric Escudie, Lucas Auer, Maria Bernard, Laurent Cauquil, Katia Vidal, et al.. FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution. Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics. ⟨hal-01886389⟩
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