Les cultures et les prairies sont le lieu de production et d’absorption de gaz à effet de serre (GES). Les plus connus sont le CO2 et le N2O, mais il ne faut pas oublier le CH4, surtout sur les prairies pâturées, ainsi que l’ozone et ses précurseurs (NOx, composés organiques volatils), voire les particules. Cette synthèse présente les principaux facteurs connus qui modifient les flux de GES ou de stockage de carbone. Les flux de GES sur une culture ou une prairie peuvent être estimés par différentes méthodes, rapidement présentées. Les résultats expérimentaux ont mis en évidence une grande variabilité spatiale et temporelle de ces flux ainsi que des influences multiples des facteurs de l’environnement (sol, climat) et des pratiques agricoles (fertilisation, travail du sol, changement d’occupation du sol…). Seuls des suivis à moyen terme (quelques années) et dans des conditions variées permettent de proposer des facteurs d’émissions fiables (N2O, NOx, CH4). Pour faire une évaluation environnementale pertinente des systèmes agricoles, il apparaît aujourd’hui indispensable de pouvoir estimer les flux de l’ensemble des gaz à effet de serre non seulement à l’échelle d’une parcelle, mais également à des échelles supérieures (exploitation, petite région). Il faudrait également s’efforcer dans un proche avenir d’évaluer la contribution d’autres composés contribuant directement ou indirectement à l’effet de serre tels que l’ozone, les NOx, les composés organiques volatils et les particules. Enfin, la généralisation des résultats obtenus et leur extension à d’autres situations ou à d’autres échelles demanderont un investissement plus approfondi dans la modélisation des émissions et des dépôts de gaz à effet de serre dans les agrosystèmes.