Maîtriser la qualité sanitaire des aliments nécessite une appréhension correcte des effets des différentes étapes du cycle de vie des produits. Dans le cas de la production végétale, on ne peut exclure a priori une influence des pratiques agricoles pour de nombreux contaminants, que l'on peut classer sur la base de leur nature : éléments traces, micro-polluants organiques, résidus de produits phytosanitaires, constituants chimiques du métabolisme normal des végétaux, agents biologiques pathogènes pour l'homme, mycotoxines, transgènes. Les connaissances sur le fonctionnement du champ cultivé permettent de distinguer quatre voies principales de contamination, sur lesquelles les pratiques culturales ont une influence plus ou moins forte. Chaque voie se caractérise par des étapes clés différentes de la contamination (dépôt, absorption, transport, etc.). L'établissement de bonnes pratiques culturales permettant de garantir des niveaux de contamination des produits récoltés inférieurs à des valeurs de référence fondées sur des bases toxicologiques se heurte à trois obstacles principaux : (i) le manque de quantification des relations entre pratiques agricoles, fonctionnement du peuplement cultivé et accumulation des toxiques ; (ii) la difficulté à concilier des effets antagoniques des pratiques culturales sur plusieurs contaminants ; (iii) l'absence de valeurs seuil pour certains contaminants. Une approche pragmatique et évolutive des contaminations pendant la phase de production est possible, sur la base des connaissances et méthodes utilisées pour évaluer et améliorer les systèmes de culture.