Depuis 1950, le nombre d’espèces de poissons en production est passée de 42 à 186. La grande diversité des espèces concernées, le caractère récent de la mise en élevage et l’existence de ressources génétiques sauvages pour la plupart des espèces font de la domestication une question récurrente en aquaculture. Les aspects génétiques de la domestication concernent deux aspects majeurs : la phase de mise au point des élevages et de création des souches de départ, et la gestion des populations au cours de l’élevage pour assurer à la fois l’efficacité de la production et le bien-être du poisson. Pour le premier aspect, les études existantes, peu nombreuses, indiquent qu’il est sans doute difficile de conclure sur les aptitudes d’une souche particulière à l’adaptation aux conditions d’élevage sur la simple base de sa variabilité génétique aux marqueurs neutres ou d’observations écologiques en milieu naturel. Un testage de souche peut être pratiqué avant la mise en élevage, mais, pour être pertinent, il doit être réalisé en conditions contrôlées, les plus proches possibles des conditions réelles d’élevage. Dans tous les cas, le choix d’une souche de départ ayant une base génétique la plus large possible et une bonne gestion des reproductions permet d’assurer le maintien de la variabilité génétique au cours des générations. Le processus de domestication s’accompagne de modifications d’un grand nombre de caractères, mais dont les mécanismes génétiques ne sont pas toujours maîtrisés. Il pourrait cependant être possible d’orienter volontairement l’évolution des caractères d’adaptation au milieu d’élevage, à l’aide de programmes de sélection artificielle dirigés.