Cet article propose d'utiliser l'analyse structurelle des covariances en vue d'estimer une frontière stochastique de production à partir de données de panel. D'une part, cette méthode permet d'analyser la structure des covariances entre les effets individuels et les variables exogènes sans avoir à recourir à l'utilisation de variables instrumentales. D'autre part, le traitement de ces effets comme des variables latentes autorise leur estimation à partir d'un des produits de la méthode statistique utilisée : les "factor scores". Il est alors possible de recouvrir les niveaux d'efficacité productive correspondant, et cela même à partir de données de panel portant sur un petit nombre de périodes. Une illustration à partir d'un panel de producteurs fruitiers français extrait du RICA est alors donnée.