L'objectif était d'étudier la réponse de la communauté bactérienne digestive de lapins EOPS pendant 14 jours, après reproduction expérimentale de l'entéropathie épizootique du lapin (EEL), à l'aide de l'incoculum TEC4 (n=15)en comparaison avec un groupe témoin (n=10 ; inoculé avec du contenu cæcal issu de lapins EOPS sains). Les communautés ont été analysées qualitativement par la réalisation d'empreinte moléculaire CE-SSCP (Capillary Electrophoresis Single Strand Conformation Polymorphism) et quantitativement par qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction)avant et pendant le challenge infectieux (j-7 à j14) par analyse des fèces, et 14 jours après l'inoculation par analyse du contenu cæcal. La structure, la richesse et la densité de la communauté bactérienne totale n'ont pas été affectées tout au long de l'expérimentation dans les fèces et 14 jours après l'inoculation dans le cæcum. A l'inverse, la quantité de Bacteroides-Prevotella était significativement plus basse chez les animaux inoculés que dans le lot témoin à J7, J10 et J14 (-0.4, -0.5 et -0.5 log du nombre de copies respectivement p<0.01) dans les fèces et à J14 dans le cæcum (-1.1 log du nombre de copies, p<0.001).