En sélection, toute méthode permettant d’accroître le progrès génétique à moyen constant est appréciée. Les outils moléculaires font l’objet de nombreuses recherches, et depuis quelques années, le fossé qui séparait les espèces modèles des espèces d’intérêt agronomique tend à se combler. Différents outils ont progressivement été mis au point : (1) marqueurs moléculaires de différentes natures permettant de jalonner le génome, (2) séquençage de tout ou partie du génome, soit d’une espèce modèle apparentée aux espèces cultivées, soit maintenant des espèces cultivées, (3) séquençage de plusieurs génotypes d’une espèce pour avoir l’information du polymorphisme de séquence. Cette dernière technologie aboutit à son terme au génotypage par séquençage : le génotypage des individus est basé directement sur leur séquençage. Il n’y a plus guère maintenant de freins méthodologiques à déployer ces outils sur une quelconque espèce mais uniquement des freins budgétaires. Différentes méthodes, utiles en sélection, valorisent ces informations. L’analyse de la diversité génétique permet de mesurer la structuration du matériel en étude, et de mieux gérer des collections de ressources génétiques ou d’organiser l’introduction de nouveau matériel dans un schéma de sélection. L’étude du déterminisme génétique des caractères vise à mettre en évidence un ou plusieurs gènes ou régions du génome impliqués dans les variations pour des caractères quantitatifs. Les détections de QTL ou la génétique d’association sont deux méthodes couramment utilisées, même si leurs applications concrètes en sélection restent encore rares. Récemment, la sélection génomique qui consiste à trouver des marqueurs statistiquement liés à des caractères agronomiques fait l’objet d’efforts de transposition depuis la génétique animale, où elle est utilisée avec succès, vers la génétique végétale. Tous ces outils et méthodes biomoléculaires dans les schémas de création de nouvelles variétés ne doivent pas faire oublier que l’acquisition de données phénotypiques de qualité reste indispensable.