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Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti
Emmanuel Cornillot
1, *
Kamel Hadj-Kaddour
1
Amina Dassouli
1
Benjamin Noel
2
Vincent Ranwez
3
Benoit Vacherie
4
Yoann Augagneur
5
Virginie Brès
1
Aurelie Duclos
2
Sylvie Randazzo
1
Bernard Carcy
1
Françoise Debierre-Grockiego
6
Stéphane Delbecq
7
Karina Moubri-Ménage
1
Hosam Shams-Eldin
8
Sahar Usmani-Brown
5
Frédéric Bringaud
9
Patrick Wincker
4
Christian Vivarès
1
Ralph T. Schwarz
8
Theo P. Schetters
10
Peter J. Krause
5
André Gorenflot
11
Vincent Berry
12
Valérie Barbe
4
Choukri Ben Mamoun
5
*
Auteur correspondant
10
Microbiology R&D Department - Microbiology R&D Department, Intervet/Schering-Plough Animal Health
12
MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Emmanuel Cornillot 1
Auteur correspondant
Kamel Hadj-Kaddour 1
Auteur
Amina Dassouli 1
Auteur
Benjamin Noel 2
Auteur
Aurelie Duclos 2
Auteur
Sylvie Randazzo 1
Auteur
Bernard Carcy 1
Auteur IdHAL : bernard-carcy
Françoise Debierre-Grockiego 6
Auteur
Stéphane Delbecq 7
Auteur IdHAL : stephane-delbecq
Karina Moubri-Ménage 1
Auteur
Hosam Shams-Eldin 8
Auteur
Sahar Usmani-Brown 5
Auteur
Frédéric Bringaud 9
Auteur
Patrick Wincker 4
Auteur
Christian Vivarès 1
Auteur
Ralph T. Schwarz 8
Auteur
Theo P. Schetters 10
Auteur
Peter J. Krause 5
Auteur
André Gorenflot 11
Auteur
Vincent Berry 12
Auteur IdHAL : vincent-berry
Valérie Barbe 4
Auteur
Choukri Ben Mamoun 5
Auteur
1
LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (Campus Universitaire des Cézeaux, TSA 60026, 1 Impasse Amélie Murat, 63178 Aubière - France)
- UBP - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 : UMR6023 (34, avenue Carnot - BP 185 / 63006 Clermont-Ferrand cedex - France)
- UdA - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I : UMR6023 (49, Boulevard François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6023 (France)
2
UMR 8030 - Génomique métabolique (GENOSCOPE, 2 rue Gaston Crémieux 91057 Evry Cedex - France)
- GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] : DRF/JACOB (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne (Boulevard François Mitterrand 91025 Evry Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8030 (France)
3
UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (TA A-108 / 03 - Avenue Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 France - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR108 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique (France)
- Montpellier SupAgro - Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (2, place Pierre Viala - 34060 Montpellier Cedex 02 - France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
4
GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- Université Paris-Saclay (Espace Technologique, Bat. Discovery - RD 128 - 2e ét., 91190 Saint-Aubin - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
5
Department of Internal Medecine - Department of Internal Medecine, Yale (15 York St., New Haven, CT 06520, USA - États-Unis)
- Yale University School of Medicine (Yale University School of Medicine, New Haven, Connecticut - États-Unis)
6
UMR ISP - Infectiologie et Santé Publique (37380 Nouzilly - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1282 (France)
- Université de Tours (60 rue du Plat d'Étain, 37020 Tours cedex 1 - France)
7
LBCM - Vaccination Antiparasitaire : Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire (5 Boulevard Henri IV 34000 Montpellier - France)
- UM1 - Université Montpellier 1 : EA4558 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- UM - Université de Montpellier : EA 4558 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
8
Institut für Virologie (AG Parasitologie, Marburg D-35043 - Allemagne)
- Philipps University (France)
9
RMSB - Résonance magnétique des systèmes biologiques (Bât. A4 - case 93 146 Rue Léo Saignat 33076 BORDEAUX CEDEX - France)
- Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2 (146 rue Léo Saignat - 33076 Bordeaux cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5536 (France)
10
Microbiology R&D Department - Microbiology R&D Department, Intervet/Schering-Plough Animal Health (Microbiology R&D Department, Intervet/Schering-Plough Animal Health, 5830 AA Boxmeer, The Netherlands - Pays-Bas)
11
DIMNP - Dynamique des interactions membranaires normales et pathologiques (BT 24 CC 107 Place Eugène Bataillon 34095 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- UM1 - Université Montpellier 1 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5235 (France)
12
MAB - Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (France)
- LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (161 rue Ada - 34095 Montpellier - France)
- UM - Université de Montpellier : UMR5506 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5506 (France)
Abstract : We have sequenced the genome of the emerging human pathogen Babesia microti and compared it with that of other protozoa. B. microti has the smallest nuclear genome among all Apicomplexan parasites sequenced to date with three chromosomes encoding ∼3500 polypeptides, several of which are species specific. Genome-wide phylogenetic analyses indicate that B. microti is significantly distant from all species of Babesidae and Theileridae and defines a new clade in the phylum Apicomplexa. Furthermore, unlike all other Apicomplexa, its mitochondrial genome is circular. Genome-scale reconstruction of functional networks revealed that B. microti has the minimal metabolic requirement for intraerythrocytic protozoan parasitism. B. microti multigene families differ from those of other protozoa in both the copy number and organization. Two lateral transfer events with significant metabolic implications occurred during the evolution of this parasite. The genomic sequencing of B. microti identified several targets suitable for the development of diagnostic assays and novel therapies for human babesiosis.
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Déposant : Vincent Berry <>
Soumis le : lundi 29 avril 2013 - 12:53:28
Dernière modification le : jeudi 4 mars 2021 - 15:26:30
Archivage à long terme le : : lundi 19 août 2013 - 09:47:26
Déposant : Vincent Berry <>
Soumis le : lundi 29 avril 2013 - 12:53:28
Dernière modification le : jeudi 4 mars 2021 - 15:26:30
Archivage à long terme le : : lundi 19 août 2013 - 09:47:26
Fichier
gks700.pdf
Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Identifiants
- HAL Id : lirmm-00818833, version 1
- DOI : 10.1093/nar/gks700
- PRODINRA : 177589
- WOS : 000309927100035
Collections
CEA | CNRS | UNIV-EVRY | LMGE | PRES_CLERMONT | CIRAD | INRA | MAB | ACL-SVSAE | AGROPOLIS | LIRMM | GENOMIQUE-METABOLIQUE | MIPS | BS | UNIV-MONTPELLIER | JACOB | CEA-DRF | UNIV-TOURS | GENOSCOPE | MONTPELLIER-SUPAGRO | INRAE
Citation
Emmanuel Cornillot, Kamel Hadj-Kaddour, Amina Dassouli, Benjamin Noel, Vincent Ranwez, et al.. Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (18), pp.9102-9114. ⟨10.1093/nar/gks700⟩. ⟨lirmm-00818833⟩
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