Cartographie de gènes à caractères quantitatifs par déséquilibre de liaison - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2006

Linkage disequilibrium mapping of quantitative trait loci

Cartographie de gènes à caractères quantitatifs par déséquilibre de liaison

Résumé

The aim of this work is to develop methods for estimating the position of the genes which influence the expression of a continuous trait (QTL). I first propose a numerical algorithm to compute an approximation of the transition density of haplotype frequencies for two biallelic loci with recombination under a diffusion model. I also show that this method can be used for computing the likelihood of a gene position. Then I present a likelihood maximization method for mapping QTL. The likelihood of the QTL position is computed using a first-order approximation based on the expected haplotype frequencies under a three-locus Wright-Fisher model with recombination. I derive an approximation of these expected frequencies. I finally focus on the problem of QTL detection in structured populations. I derive the asymptotic distribution of the Transmission Disequilibrium Test (TDT) and consequently obtain results about the type I error and the power of this test.
Le but de ma thèse est de développer des méthodes statistiques permettant d'estimer la position des gènes qui influencent l'expression d'un caractère à valeurs continues (QTL). Je propose d'abord un algorithme numérique permettant d'approcher la densité de transition des fréquences d'haplotypes sous un modèle de diffusion à deux loci avec recombinaison. Je montre aussi que cette méthode peut être utilisée pour calculer la vraisemblance de la position d'un gène. Je présente ensuite une méthode de cartographie de QTL par maximum de vraisemblance. Je calcule la vraisemblance à l'ordre 1 en utilisant l'espérance des fréquences d'haplotypes sous un modèle de Wright-Fisher à 3 loci avec recombinaison, dont je dérive une expression approchée. Je m'intéresse enfin au problème de la détection de QTL dans le cas de populations structurées. J'étudie la loi asymptotique du Transmission Desequilibrium Test (TDT) et en déduis des résultats concernant son erreur de première espèce et sa puissance
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Dates et versions

tel-00132675 , version 1 (22-02-2007)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00132675 , version 1
  • PRODINRA : 251895

Citer

Simon Boitard. Cartographie de gènes à caractères quantitatifs par déséquilibre de liaison. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00132675⟩
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