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Thèse

Recherche d'ARN non-codants par réseaux de contraintes pondérées

Résumé : La recherche d'ARN non-codants (ARNnc) a reçu un regain d'intérêt suite à la découverte de nouveaux types d'ARNnc aux fonctions multiples. De nombreuses techniques ont été développées pour localiser ces ARN dans des séquences génomiques. Nous utilisons ici une approche supposant la connaissance d'un ensemble d'éléments de structure discriminant une famille d'ARNnc appelé signature.

Dans cette approche, nous combinons plusieurs techniques de \textit{pattern-matching} avec le formalisme des réseaux de contraintes pondérées afin de modéliser simplement le problème, de décrire finement les signatures et d'attribuer un coût à chaque solution. Nos travaux nous ont conduit à élaborer plusieurs techniques de filtrage ainsi que des algorithmes de pattern-matching originaux que nous présentons ici.

Nous avons de plus conçu un logiciel, appelé DARN!, qui implante notre approche, ainsi qu'un module de génération de signatures. Ceux-ci permettent de rechercher efficacement de nouveaux ARNnc.
Type de document :
Thèse
Liste complète des métadonnées

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00258877
Déposant : Matthias Zytnicki <>
Soumis le : lundi 25 février 2008 - 17:52:47
Dernière modification le : samedi 6 juin 2020 - 16:14:34
Archivage à long terme le : : jeudi 20 mai 2010 - 23:34:13

Fichier

Identifiants

  • HAL Id : tel-00258877, version 1
  • PRODINRA : 250914

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Citation

Matthias Zytnicki. Recherche d'ARN non-codants par réseaux de contraintes pondérées. Modélisation et simulation. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2007. Français. ⟨tel-00258877⟩

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