Effect of Arbuscular Mycorrhiza establishment on the genetic structure and functionality of bacterial communities in the rhizosphere of Medicago truncatula
Effet de la mycorhization sur la structure génétique et fonctionnelle des communautés bactériennes dans la rhizosphère de Medicago truncatula
Résumé
Bacterial communities associated with (i) M. Truncatula J5 (Myc+/Nod+) and TRV48 (Myc+/Nod-), and with (ii) M. Truncatula TRV25 (Myc-/Nod-) were compared. The genetic structure of communities was characterized with an A-RISA DNA fingerprint. The genetic structures of communities associated with mycorrhizal and non-mycorrhizal roots were significantly different. Bacteria belonging to the Oxalobacteraceae and Comamonadaceae families were preferentially associated with mycorrhizal roots. The genetic diversity of cultured bacteria belonging to these groups was analysed by BOX-PCR. The diversity of isolates from mycorrhizal and non-mycorrhizal roots was significantly different. The functionality of communities was assessed by a proteomic approach. Proteins involved in structural stabilisation were more frequent in the metaproteome of communities associated with mycorrhizal roots suggesting bacteria colonising mycorrhizal roots might experience greater stress than those colonising non-mycorrhizal roots.
Les communautés bactériennes associées à (i) M. Truncatula J5 (Myc+/Nod+) et TRV48 (Myc+/Nod-) et à (ii) M. Truncatula TRV25 (Myc-/Nod-) ont été comparées. La structure génétique des communautés a été caractérisée par une empreinte moléculaire A-RISA. Les structures génétiques des communautés associées aux racines mycorhizées et non-mycorhizées étaient significativement différentes. Des bactéries appartenant aux Oxalobacteraceae et aux Comamonadaceae étaient préférentiellement associées aux racines mycorhizées. La diversité génétique des bactéries cultivables appartenant à ces groupes a été analysée par BOX-PCR. La diversité des isolats issus des racines mycorhizées et non-mycorhizées était significativement différente. La structure fonctionnelle des communautés a été caractérisée par une approche protéomique. Des protéines impliquées dans la stabilisation structurelle étaient significativement plus fréquentes dans le métaprotéome des communautés associées aux racines mycorhizées suggérant que les bactéries colonisant les racines mycorhizées subissent un stress plus élevé que celles colonisant les racines non-mycorhizées.