La structure génétique d’une population virale au sein d’un hôte constitue un maillon essentiel pour la compréhension de l’évolution des virus et de leur épidémiologie, cependant cet aspect reste très peu étudié. Dans le cas des phytovirus, les plantes pérennes constituent un modèle de premier choix pour une étude intra-hôte détaillée. Le travail de thèse se positionne sur cette question et propose d’étudier la structure génétique des populations de Plum pox virus (PPV) --organisme de quarantaine responsable de la maladie de la Sharka chez les arbres fruitiers à noyau du genre Prunus-- au sein d’un hôte pérenne, et d’évaluer les effets de l’alternance des saisons et de la transmission par puceron sur leur évolution. Nous avons réalisé un échantillonnage exhaustif d’un pêcher chroniquement infecté par le PPV depuis 13 ans, suite à un événement d’inoculation unique. Notre échantillonnage a pris en compte l’architecture de l’arbre. L’analyse des échantillons démontre pour la première fois qu’à l’intérieur d’un arbre, il existe des populations virales totalement isolées qui évoluent indépendamment et qui sont en expansion contiguë dans des charpentières différentes. Nous avons aussi mis en évidence un phénomène de "clonage" biologique des variants de PPV à l’intérieur des feuilles. Ainsi, la somme des variants contenus individuellement dans l’ensemble des feuilles, représentent une sorte de collection de l’immense variabilité des génomes viraux que peut contenir la partie aérienne de l’arbre. Un suivi de la variabilité des populations de PPV, au sein de plantes ligneuses inoculées par une source virale homogène, au cours d’une succession de cycles saisonniers accélérés au laboratoire, a confirmé le mécanisme biologique permettant l’évolution de PPV dans son hôte par expansion contiguë : le PPV est transmis depuis les tissus néoformées d’une saison (jeunes branches) à ceux qui les prolongent l’année suivante (nouvelles branches et feuilles associées). Enfin, le suivi de nombreuses lignées de PPV au fil d’une série de cycles de transmission, de plantes à plantes par pucerons vecteurs, suggère la présence d’une dérive génétique plus importante que celle détectée dans les cycles de simulation de saisons.