Bien que de nombreux métaux s'accumulent dans les sédiments, les connaissances sur la réponse des communautés microbiennes benthiques à cette contamination sont rares. En prenant comme modèle le cuivre (Cu), cette étude en microcosmes visait à caractériser les processus d'adaptation de ces communautés à une exposition chronique réaliste au Cu (~50 mg Cu kg-1, 21 jours). Les liens entre changements de diversité et augmentation de la tolérance en réponse à cette exposition ont été appréhendés en couplant une méthode de séquençage haut débit sur une région du gène codant l'ARNr 16S avec une approche PICT (pollution induced community tolerance). Nos résultats montrent qu'une exposition chronique au Cu impacte fortement la diversité des communautés microbiennes en termes de richesse, d'équitabilité, de structure génétique et de composition taxonomique. Cette modification de diversité s'est accompagnée d'une augmentation de la tolérance de la communauté au Cu, illustrée par l'augmentation des CE50 obtenues lors des tests de toxicité sur les activités β-glucosidase et phosphatase. Pour compléter notre approche, nous avons également prévu de caractériser les mécanismes génétiques impliqués dans la résistance au Cu par l'analyse ultérieure de l'abondance des gènes cusA et copA à l'échelle de la communauté. En résumé, les résultats de cette étude confirment que l'exposition au Cu favorise le développement des microorganismes tolérants au détriment des taxons plus sensibles. Par conséquent et en raison de la forte implication des communautés microbiennes benthiques dans les cycles biogéochimiques, ces modifications de diversité pourraient avoir des répercussions importantes sur le fonctionnement global des écosystèmes aquatiques.