CV HAL du GAFL

Catherine DOGIMONT

Directrice de recherche et directrice du GAFL

Je suis chercheuse et directrice de l’unité Génétique et Amélioration des Fruits et légumes.J'ai une formation d’ingénieur agronome (Paris-Grignon 84) et de génétique et d’amélioration des plantes. Mes recherches visent à connaître les bases moléculaires et l’histoire évolutive des caractères agronomiques chez le melon, espèce maraîchère de la famille des Cucurbitacées. Dans le contexte de la transition agroécologique de l’agriculture, mes recherches portent principalement sur deux caractères agronomiques majeurs, le contrôle du système de production et les résistances aux maladies et aux ravageurs. Elles ont pour objectifs : - d’identifier les bases génétiques et moléculaires de ces caractères chez le melon - d’explorer la diversité fonctionnelle des gènes et d’étudier leur évolution - de créer de nouveaux allèles ou de construire de nouveaux systèmes génétiques. Mes travaux s’appuient conjointement sur l’exploration de la diversité naturelle du melon et de la diversité induite dans une population de melon mutagénisée à l’EMS. Les bases moléculaires des caractères sont élucidées par différentes approches, cartographie de gènes et QTL, clonage positionnel et caractérisation fonctionnelle, génétique réverse, incluant les nouvelles technologies de séquençage et d’édition du génome.

Bénédicte QUILOT-TURION

Directrice de Recherche et directrice adjointe du GAFL

Je suis chercheuse à INRAE (France), dans l'unité GAFL en Avignon, responsable du groupe travaillant sur les Prunus impliquant 14 personnes permanentes et Directrice adjointe du GAFL. J'ai une formation d'écophysiologiste et de modélisateur, complétée par des compétences de généticien acquises depuis mon doctorat, post-doctorat et travaillant depuis 14 ans dans une unité de génétique. Mes activités de recherche portent sur les stress biotiques et la qualité des fruits dont les maladies de conservation chez les Prunus. Ils sont basés sur la génétique, la biologie végétale et la modélisation. J'ai développé une approche multidisciplinaire innovante impliquant l'écophysiologie, la génétique et la modélisation informatique pour concevoir des vergers de production à faibles intrants. Je suis donc devenue spécialiste de la conception d'idéotypes assistée par modèle. Pour inclure des objectifs de réduction de l'utilisation des pesticides dans cette démarche, j'ai commencé il y a 10 ans à travailler sur la résistance à la moniliniose du pêcher.

Mathilde CAUSSE

Directrice de Recherche

Mes recherches visent à mieux comprendre et gérer les bases génétiques et moléculaires de la variabilité de la qualité du fruit de tomate dans sa globalité (organoleptique et nutritionnelle). Les outils permettant ces études sont les outils 'classiques' de la génétique (étude de descendances, méthodologie de la sélection, évaluation des ressources génétiques), le marquage moléculaire (cartographie de gènes et QTL, génétique d’association) et la génomique fonctionnelle (variabilité d’expression aux niveaux transcriptomique et protéomique, analyse de transformants).

Jean-Luc GALLOIS

Directeur de recherche

Après avoir travaillé sur plusieurs aspects du développement chez Arabidopsis thaliana, j'ai rejoint en 2008 le groupe ReV (résistance aux virus) à l’INRAE Avignon. Actuellement, je dirige l’équipe ReDD avec Véronique Lefebvre. Je m’intéresse au développement de résistances génétiques aux virus.

Véronique LEFEBVRE

Directrice de recherche

Je suis directrice de recherche à INRAE (France), dans l'unité GAFL en Avignon, responsable de l’équipe « Résistance aux bio-agresseurs : diversité et durabilité ». Mes travaux de recherche visent à décortiquer les bases génétiques et moléculaires des interactions plante-parasite-environnement. L’enjeu est de proposer des outils d’aide à la sélection variétale et à la transition agroécologique afin d’assurer la gestion durable de l’immunité des plantes vis-à-vis de leurs agents pathogènes. Ces travaux portent sur la résistance des Solanacées (piment, pomme de terre, tomate) vis-à-vis de leurs agents pathogènes, et plus particulièrement vis-à-vis des oomycètes Phytophthora infestans et P. capsici, responsables des mildious, de l’ascomycète Leveillula taurica, responsable des oïdiums, des virus (Potato virus Y, Cucumber mosaic virus) et des nématodes (Globodera palida, Meloidogyne incognita). Ils s’appuient sur les ressources génétiques scientifiques et patrimoniales des Solanacées, ce qui m’amène à conduire en parallèle des travaux génériques sur la génomique du piment et les processus de domestication de cette espèce.

Nathalie BOISSOT

Chercheuse

Mes travaux de recherche visent à comprendre le rôle des pressions de sélections anciennes et récentes dans l’apparition et le maintien de clones de puceron capables de contourner les défenses de la plante. L’enjeu est de proposer des stratégies d’utilisation des résistances des plantes aux pucerons et aux virus qu’ils transmettent qui assurent la durabilité de ces résistances. Ces travaux portent sur la résistance à Aphis gossypii, une espèce polyphage avec une race d’hôtes spécialisée sur les Cucurbitacées.

Morgane ROTH

Chercheuse

Agronome et généticienne, je cherche à adapter la méthodologie de sélection des arbres fruitiers du genre Prunus (fruits à noyaux) aux conditions de bas intrant par une approche prédictive reposant sur de larges données de phénotypage et de génotypage. Mon travail porte principalement sur l’abricotier et le pêcher dont j’étudie des panels de ressources génétiques (core-collections) en vergers. Mes objectifs sont de définir les idéotypes résilients chez ces espèces, de caractériser les composantes de la résilience au niveau phénotypique et génomique, et de prédire ces composantes. Ces travaux devraient permettre aux sélectionneurs de répondre plus rapidement à l’urgence climatique et à une demande sociétale forte pour l’abandon des pesticides. Plus largement, j’ai des compétences en génétique quantitative, en génétique des populations, en bioinformatique et biostatistiques, et je me forme au phénotypage digital.

Rebecca STEVENS

Chercheuse

Je suis responsable des collections de ressources génétiques de l'unité (aubergine, piment, tomate, melon et laitue) depuis 2021. J'ai également un intérêt pour le phénotypage racinaire de nos collections soit au champ soit en environnement contrôlé et sous l'influence du stress. J'ai longtemps travaillé sur le rôle de l'ascorbate dans la tolérance au stress chez la tomate notamment.

Lucie TAMISIER

Chercheuse

Mes travaux de recherche visent à répondre à l’enjeu de la durabilité des résistances. En effet, l’utilisation de variétés de plantes génétiquement résistantes est un des principaux moyens d’action pour lutter contre les maladies des plantes. Néanmoins, la capacité des agents pathogènes à s’adapter à ces variétés après seulement quelques années de culture rend nécessaire la recherche de résistances à la fois efficaces et durables. Après avoir exploré cette thématique sur le modèle piment - Potato virus Y, j’étudie actuellement le modèle melon - Watermelon mosaic virus. Mes travaux allient la génétique quantitative appliquée à la plante et à l’agent pathogène (cartographie de QTL, GWAS et co-GWAS), la biologie évolutive (évolution expérimentale) ainsi que la bioinformatique.

Henri DUVAL

Ingénieur de recherche

Ingénieur de Recherche en génétique des arbres fruitiers amandier, pêcher et abricotier. Après avoir été en charge des programmes d’amélioration génétique du prunier japonais et de l’amandier, j’ai repris le programme d’amélioration des porte-greffes Prunus pêcher et abricotier. Mes travaux ont porté sur l’identification et le pyramidage de gènes de résistance aux nématodes. Actuellement mes recherches sont plus axées sur l’espèce amandier pour développer des outils et des marqueurs moléculaires pour identifier des gènes d’intérêt de résistance aux maladies et de floraison tardive. Je participe également au développement de la culture de l’amande en France avec l’entreprise « la Compagnie des amandes » et à travers un projet CASDAR LEVEAB en lien avec l’IEE Versailles pour mettre au point une méthode de biocontrôle du ravageur Eurytoma amygdali.

Sonia ELBET

Ingénieure d'études

Après avoir travaillé pendant plusieurs années sur le diagnostic moléculaire et la recherche de nouvelles sources de résistance aux pathogènes de plantes, je suis en reconversion à la bio-informatique. Je fais le lien entre l’équipe d’appui I2B « Informatique, Bio-analyse et Bio-statistique » et l’équipe de recherche ReDD « Résistance aux pathogènes et aux ravageurs, Diversité et Durabilité » au sein de l’unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes. Je m’intéresse à l’analyse des génomes des espèces d’intérêt de mon équipe par l’analyse de diversité, l’analyse de polymorphismes (SNP, variants structuraux, PAV, …) et aux gènes de résistance (NLRome).

Jacques LAGNEL

Ingénieur d’études

David TRICON

Ingénieur d’études

Je suis ingénieur d'études à INRAE (France) dans l'unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL) en Avignon depuis 2022. J'ai obtenu mon Master en amélioration des plantes et biotechnologies végétales en 2005. Initialement recruté en 2008 à INRAE Bordeaux (Unité BFP, équipe Virologie), mes travaux de recherche se sont focalisés sur la recherche de nouvelles sources de résistance à la maladie de la Sharka (virus PPV - Plum Pox Virus) chez les Prunus (abricotier, pêcher et amandier principalement) en utilisant des approches translationnelles basées sur le transfert de connaissances des espèces modèles (arabette; Arabidopsis thaliana) vers les Prunus. J'ai développé une stratégie de TILLING chez le pêcher et une stratégie d'EcoTILLING sur des accessions cultivées, sauvages et apparentées aux abricotiers, pêchers et amandiers pour la recherche de variants alléliques de gènes candidats de sensibilité au virus. Arrivé depuis le début de l'année 2022 au GAFL, je suis désormais en charge des programmes de prébreeding Prunus chez l'abricotier, le pêcher et leur porte greffe. L'objectif est d'établir et de pré-sélectionner des géniteurs améliorés capables de cumuler des résistances qualitatives et quantitatives à des stress biotiques et abiotiques en conditions de bas intrants phytosanitaires associés à des caractéristiques agronomiques (qualité des fruits, régularité de production...) répondant aux exigences de la filière arboricole.

Séverine MONNOT

Doctorante

PhD student in a collaboration project between three INRAE labs (GAFL, GQE, BFP) and Bayer, I am working on the cucumber resistance to viruses with quantitative genetics approach. I have a Master degree in plant breeding in tropical and mediterranean context from the InstitutAgro of Montpellier. My research activities are focused on quantitative genetics applied to vegetable resistance to biotic stress and especially on the adaptation of GWA approach to virus resistance phenotypes. During my CIFRE PhD, I discovered that I really thrived in multicultural and multidiscipline teams and enabled the collaboration between different labs and a private company. I developed an interest for teaching and was able to manage three interns. I co-founded the quantitative genetic club of GAFL. I am a real R addict.

Marie SERRIE

Doctorante

PhD student working on stone fruit tree (Prunus) disease resilience in a context of pesticide reduction.

Naïma DLALAH

Technicienne de recherche

Je suis technicienne en charge des expérimentations de biologie moléculaire au sein de l'équipe de recherche Diversité Adaptation Déterminants Innovation (DADI), mes missions s'intègrent dans trois axes de recherches sur les programmes impliquant les Prunus.

Pascale MISTRAL

Technicienne de recherche

Responsable technique des expérimentations de laboratoire et de plein champ pour les programmes de recherche sur la durabilité des résistances aux pucerons chez le melon. Mes missions se situent dans la problématique actuelle d’une agriculture durable par l’utilisation de la lutte génétique contre les bio-agresseurs. Dans l’équipe Melo, je participe aux recherches sur la variabilité génétique des résistances aux pucerons chez le melon et l’effet des différents locus de résistance sur les populations de pucerons.