Différentes tailles de chiens sont associées à des variations de la physiologie digestive, principalement liées au colon et à ses microorganismes résidents. Ce microbiote intestinal joue un rôle clé en santé, soutenant les processus nutritionnels, immunologiques et physiologiques. Néanmoins, les maladies ou l'antibiothérapie peuvent altérer l'équilibre microbien et induire un état perturbé appelé dysbiose. Pour restaurer l'eubiose du microbiote, de nouvelles stratégies de restauration ont été développées telles que les pré, pro ou postbiotiques. Cependant, peu d'études ont évalué leurs effets sur le microbiote dans le cadre de l'antibiothérapie. Cette thèse entre l'unité Microbiologie, Environnement digestif et Santé de l'Université Clermont Auvergne et les deux sociétés Lallemand Animal Nutrition et Dômes Pharma, visait à étudier l'impact du poids corporel et des antibiotiques sur le microbiote colique canin, ainsi que le potentiel de stratégies de restauration microbienne, à l'aide de modèles intestinaux in vitro.Cette thèse a commencé par évaluer l'impact de différentes méthodes de stockage des échantillons fécaux (congélation 48 h à -80°C, 48 h à -80°C avec du glycérol ou lyophilisation avec maltodextrine/tréhalose) sur la cinétique de colonisation du microbiote et ses activités métaboliques dans Mucosal Artificial Colon (M-ARCOL). Par rapport aux selles fraîches, l'inoculation avec des selles congelées brutes est apparue comme la meilleure option. Grâce à une revue de la littérature, le modèle a été adapté pour reproduire les paramètres nutritionnels, physicochimiques et microbiens spécifiques des conditions du petit, moyen et grand chien dans un nouveau modèle appelé Canine M-ARCOL (CANIM-ARCOL), validé avec des comparaisons in vitro-in vivo. Ceci a permis de reproduire in vitro l'augmentation de la production des principaux acides gras à chaîne courte (AGCC), et la prolifération des Bacteroidota et Firmicutes observées in vivo. Puis, le modèle a permis de réaliser une étude mécanistique, révélant que les paramètres nutritionnels et physicochimiques façonnent l'activité du microbiote associé à la taille du chien, mais que l'inoculum fécal est nécessaire pour reproduire sa composition. Enfin, notre modèle a été adapté pour reproduire la dysbiose induite par les antibiotiques. Conformément aux données in vivo, l'antibiothérapie a induit la prolifération des Enterobacteriaceae, Streptococcaceae et Lactobacillaceae, tandis que la diversité et la production d'AGCC diminuaient. Des effets similaires mais moindres ont été observés dans le microbiote mucosal. Enfin, nous avons évalué l'effet de Saccharomyces boulardii CNCM I-1079 et de Lactobacillus helveticus HA-122 tyndallisée sur la résistance du microbiote pendant le traitement antibiotique et la résilience après celui-ci. Les deux stratégies ont réduit la prolifération des Enterobacteriaceae pendant l'antibiothérapie et permis au cours des deux premiers jours, une résilience plus rapide de la composition et l'activité du microbiote, dans le lumen et le mucus.Ce travail a fourni des informations pionnières et significatives sur l'impact de la taille du chien et de l'antibiothérapie sur la composition et l'activité du microbiote luminal et mucosal du colon canin, comblant les lacunes dans ces domaines. Ces travaux améliorent la compréhension de la résilience du microbiote en réponse aux perturbations antibiotiques. Dans un futur proche, en accord avec les règles européennes 3R visant à réduire les expérimentations animales, nos approches in vitro pourraient être utilisées pour des études mécanistiques des interactions entre nutriments, additifs alimentaires ou produits vétérinaires et microbiote. De telles expériences pourraient être réalisées en situations saines ou perturbées (obésité, maladies inflammatoires de l'intestin ou entéropathies chroniques), en tenant compte des variabilités interindividuelles pour progresser vers une nutrition et une médecine personnalisées.