L’application de la DCE (Directive Cadre sur l’Eau) exige d’atteindre " le bon état " chimique et écologique des masses d’eau à l’horizon 2015. Afin d’évaluer l’état chimique du milieu, de comprendre les causes de dégradation et de mettre en place des actions correctives, le suivi de la qualité des cours d’eau est une étape essentielle. Il peut être effectué de différentes façons en fonction de l’objectif visé. En particulier, la stratégie d’échantillonnage doit être la plus adaptée. Nous présentons ici trois types d’échantillonnages " actifs " que sont le prélèvement ponctuel manuel, le prélèvement automatique asservi au temps ou le prélèvement automatique asservi au volume passé. Pour ces deux derniers types, les échantillons peuvent être fractionnés ou bien moyennés, notamment à l’échelle hebdomadaire. Les échantillons asservis au temps permettent d’obtenir des concentrations moyennes d’exposition alors que les échantillons asservis au volume passé donnent accès à des concentrations moyennes de flux. Le bassin versant de la Morcille, dans le Beaujolais, est un site expérimental viticole instrumenté par Irstea depuis 1987, nous a permis de réaliser un travail de comparaison entre ces différentes techniques d’échantillonnage. Nous comparons ici l’échantillonnage ponctuel (hebdomadaire ou bimensuel) avec l’échantillonnage automatisé (échantillon composite hebdomadaire asservi au temps ou au volume passé) entre 2009 et 2011, ainsi que des suivis fractionnés lors de crues en 2007. Il est à noter que ce bassin versant est caractérisé par des évènements hydrologiques contrastés (variation de débit entre 5 et 700 L/s) avec un temps de réponse très court en raison de sa petite taille, des pluies orageuses printanières et estivales et des fortes pentes du bassin. Ces caractéristiques rendent la qualité de l’eau particulièrement difficile à appréhender du fait de la dynamique temporelle des concentrations de contaminant. Cette étude est faite en 2 temps. Dans un premier temps, l’analyse des " moyennés " hebdomadaires est réalisée en considérant les horodatages des prélèvements de chaque échantillon unitaire, qui sont mis en relations avec les échantillons ponctuels et les débits dans le cours d’eau. Cette démarche est réalisée sur plusieurs suivis hebdomadaires, à différentes saisons et pour différentes amplitudes d’évènement hydrologique. Dans un second temps, nous analysons les données d’échantillonnage fractionné pendant les crues afin de reproduire un échantillon moyenné virtuel de l’évènement, asservi au temps ou au volume passé. Il est ensuite possible d’interpoler ces données à l’échelle hebdomadaire et de les comparer avec les données moyennées précédentes. Ces analyses permettent de mettre en évidence les avantages et inconvénients de chaque méthode d’échantillonnage en fonction de l’objectif fixé.