Les macrophytes sont explicitement désignés par la Directive européenne et les textes français de son application comme éléments biologiques à considérer pour évaluer l`état écologique des cours d`eau dans le cadre de la DCE. A l`issu de tests comparatifs d`indices pré-existants et de différents travaux et tests nationaux, le premier protocole formalisé (indices GIS, Haury et al., 1996) a évolué vers l`Indice Biologique Macrophytique en Rivière (IBMR), normalisé par l`AFNOR en 2003. Quelles réponses ce protocole d`évaluation de l`état écologique des cours d`eau peut-il apporter aux besoins liés à l`application de la DCE en France, et comment complète-t-il les outils développés actuellement pour les autres compartiments hydroécologiques ? Plusieurs approches typologiques sur les cours d`eau français ont déjà permis d`acquérir des données de zonation longitudinale des phytocénoses et de leurs réponses aux différents types de perturbation (pollutions ponctuelles, eutrophisation, modification de l`habitat physique). Il devient maintenant possible de déterminer l`état des réseaux hydrographiques au regard de ce paramètre biologique intégrateur, par comparaison entre un profil théorique et celui constaté (notion d`écart à la référence). Il reste néanmoins à compléter les données de base par une caractérisation plus large des phytocénoses de référence. Dans ce cadre, et en complément des travaux déjà disponibles sur certains systèmes calcaires, des essais de définition de ces phytocénoses sont réalisés à partir des données acquises dans les rivières acides, reprenant les travaux biotypologiques menés dans le Massif Armoricain, le Limousin, le Nord de la Lozère, les Vosges du Nord, le Morvan. Pour valider cette typologie biocénotique, la constitution d`une banque de relevés sur les macrophytes des cours d`eau est nécessaire. Elle devra être alimentée par les données actuellement acquises par différents opérateurs. Quelques exemples montrent la pertinence de cette approche et précisent les voies d`utilisation de l`IBMR pour les besoins de l`application de la DCE.