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Conference papers

Phylogenetic analysis and comparison of swine manure slurry and litter-bedding microbial ecosystems and design of a real time PCR system to follow a dominant microbial population

Résumé : Les communautés microbiennes d'un lisier et d'un fumier de porcs ont été caractérisées par clonage, séquençage et analyse phylogénétique des gènes codant pour les ARNr 16S. Les 400 séquences analysées ont révélé une très grande diversité avec respectivement 108 et 153 phylotypes, dont 64% pour le lisier et 91,5% pour le fumier sont phylogénétiquement éloignés d'espèces connues. La communauté microbienne du lisier présente une structure typique des écosystèmes de digestion anaérobie tandis que celle du fumier présente une structure intermédiaire entre anaérobie et aérobie, avec notamment des microorganismes nitrifiants et dénitrifiants. Un système de PCR en temps réel a été développé pour suivre un groupe de séquences proches de la bactérie fécale porcine Streptococcus alactolyticus qui représente 5% et 3% des clones analysés pour le lisier et le fumier. Ce système a été utilisé pour quantifier l'évolution de ce groupe de microorganismes le long d'une filière de traitement du lisier. Il montre que ce groupe évolue peu pendant le stockage anaérobie du lisier.
keyword : ARN 16S
Document type :
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02588251
Contributor : Migration Irstea Publications <>
Submitted on : Friday, May 15, 2020 - 12:36:36 PM
Last modification on : Friday, November 27, 2020 - 3:54:03 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-02588251, version 1
  • IRSTEA : PUB00020246

Collections

Citation

P. Dabert, R. Snell Castro, J.P. Delgènes, J.J. Godon. Phylogenetic analysis and comparison of swine manure slurry and litter-bedding microbial ecosystems and design of a real time PCR system to follow a dominant microbial population. International workshop on green pork production : Porcherie verte, a research initiative on environment-friendly pig production, Paris, 25-27 May 2005, 2005, pp.25-26. ⟨hal-02588251⟩

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