Les communautés microbiennes d'un lisier et d'un fumier de porcs ont été caractérisées par clonage, séquençage et analyse phylogénétique des gènes codant pour les ARNr 16S. Les 400 séquences analysées ont révélé une très grande diversité avec respectivement 108 et 153 phylotypes, dont 64% pour le lisier et 91,5% pour le fumier sont phylogénétiquement éloignés d'espèces connues. La communauté microbienne du lisier présente une structure typique des écosystèmes de digestion anaérobie tandis que celle du fumier présente une structure intermédiaire entre anaérobie et aérobie, avec notamment des microorganismes nitrifiants et dénitrifiants. Un système de PCR en temps réel a été développé pour suivre un groupe de séquences proches de la bactérie fécale porcine Streptococcus alactolyticus qui représente 5% et 3% des clones analysés pour le lisier et le fumier. Ce système a été utilisé pour quantifier l'évolution de ce groupe de microorganismes le long d'une filière de traitement du lisier. Il montre que ce groupe évolue peu pendant le stockage anaérobie du lisier.