Après avoir précisé la définition de certains termes, donné des exemples et passé en revue les critères de choix des indicateurs de biodiversité, nous proposons des éléments de réflexion sur les questions de base de tout suivi de la biodiversité (Yoccoz et al., 2001: Pourquoi ? Quoi ? Comment ?) : - est-il souhaitable de développer des indicateurs "taxonomiques" de biodiversité en forêt ou une stratégie basée uniquement sur des variables écologiques ou dendrométriques est-elle suffisante ? - quels taxons est-il préférable de suivre en forêt ? - quels éléments de méthode sont à retenir pour développer des suivis taxonomiques ? Nous nous restreindrons dans ce rapport à la biodiversité interspécifique (cf. définition dans la partie 3.1.1), étant entendu que les indicateurs proposés par la CBD liés à l'étendue des types d'habitats et à la diversité génétique des espèces/variétés domestiques ou d'importance économique pour l'homme ; cf. 50 nous semblent aussi pertinents. Sur la question du "pourquoi" et du "quoi", les enjeux de biodiversité en forêt française et européenne, les politiques qui y sont menées, ainsi que les évolutions probables de la gestion forestière nous amènent à promouvoir le suivi de taxons saproxyliques i.e. dont l'habitat pendant une partie importante de leur cycle de vie est le bois mort. Des suivis de taxons à capacités de dispersion limitées apparaisent aussi utiles à long terme. Pour le choix des groupes taxonomiques à suivre, nous insistons donc dans ce rapport sur l'intérêt du lien entre enjeux de biodiversité et politiques mises en place, plutôt que sur le caractère "bioindicateur" de biodiversité de ces groupes taxonomiques, qui nous apparaît beaucoup plus difficile à étayer. Ceci ne signifie pas que les suivis en place des oiseaux par le STOC (MNHN) et de la flore vasculaire par l'IFN ou le réseau 16*16 (géré par le DSF) soient à arrêter, pourvu que certains aménagements soient effectués sur le "comment" le suivi est effectué. De fait, les éléments méthodologiques à prendre en compte pour les suivis de biodiversité sont nombreux ; nous en faisons une synthèse dans la partie 6.