Les matières organiques exogènes (MOE) sont définies comme étant "tous les déchets organiques, sous-produits organiques et produits dérivés organiques (souvent après transformation) qui sont susceptibles de faire l'objet d'une valorisation agronomique". Elles recouvrent en particulier l'ensemble des déjections animales et notamment des effluents d'élevage qui en sont les constituants essentiels. Ce sous chapitre insistera plus particulièrement sur 2 points : d'une part, l'intérêt des MOE et d'autre part l'influence qu'ils sont susceptibles d'avoir sur le fonctionnement des cycles bio-géochimiques.