Le PNSE de 2004 2008 demandait aux agences de l'eau de faire des investigations dans ce nouveau domaine. Des études de recherche de ces substances, et pour certaines de leurs métabolites, ont été conduites de manière spécifique selon les bassins. Les trois types de milieu ont été prospectés : les cours d'eau, les eaux souterraines et les estuaires. Selon les partenaires, des investigations plus poussées ont été opérées sur les eaux de consommation brutes ou distribuées, et sur les rejets des stations d'épuration urbaines. Le choix des molécules repose bien évidemment sur leur pertinence en matière de quantité utilisée (et excrétée), mais également sur leur persistance dans le milieu et la disponibilité de méthodes d'analyse à des seuils très bas (de l'ordre du nanogramme/L). Des spécificités ont été développées selon les laboratoires impliqués. Dans les rejets des collectivités se détache un panel de substances assez constant quels que soient les sites (psychotropes, analgésiques, hypolipémiants), avec des concentrations de l'ordre du microgramme/l. Pour les hormones la gamme s'étend du non quantifiable à quelques ng/L.