Les besoins d'acquisition d'informations sur la morphologie et le substrat des cours d'eau sont importants, y compris pour décrire leur dynamique, dans la perspective de la mise en oeuvre de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE). Sont concernées les équipes de recherche qui souhaitent caractériser le milieu physique en lien avec les relevés biologiques, et également celles qui veulent intégrer à leurs modèles des informations spatialisées du substrat. Classiquement les « physiciens », géomorphologues ou hydrauliciens intéressés par les particules du fond des rivières, sont sensibles à leur forme, leur distribution, leur structure, leur mobilité, leur interaction avec l'écoulement et les formes du lit, etc. Dans l'étude des écosystèmes aquatiques, les biologistes considèrent le substrat en tant que support et/ou abri qu'ils caractérisent par nombre de descripteurs pluri-scalaires de l'environnement physique : granulométrie, agencement du substrat en surface et sub-surface, teneur en particules fines et colmatage, mobilité du lit et des formes, etc. La description mise en oeuvre par les biologistes est souvent qualitative ou semi-quantitative, généralement peu compatible avec les méthodes appliquées par les physiciens. Il est très souvent nécessaire de transformer les jeux de données pour pouvoir appliquer aux études à finalité biologique les modèles physiques qui permettraient de mieux intégrer la dynamique du système. Cette transformation peut s'avérer problématique voire impossible et demande une grande réflexion et une bonne connaissance des diverses méthodologies mises en oeuvre lors de l'acquisition des données. Ce projet propose de réunir des équipes travaillant sur différents compartiments : milieu physique, poissons, invertébrés, macrophytes, et à différentes échelles, afin qu'elles puissent confronter leurs méthodologies de recueil et traitement de données « substrat ». Les objectifs sont alors : 1) analyser la possibilité de transformer les données existantes de nature diverse en une donnée substrat permettant une étude de sa dynamique physique et étudier de manière standardisée les liens avec la biologie, 2) définir un « socle commun » de protocole « substrat » utilisable par le plus grand nombre (en interne au Cemagref, au niveau des services opérationnels et bureaux d'études) et permettant l'étude de sa dynamique.