Malgré les importants efforts consentis ces dernières années pour limiter la contamination des eaux de surface (mise aux normes des stations d'épuration, des installations agricoles, traitements des effluents d'élevage...), leur qualité est encore insuffisante sur de nombreux sites et non conforme aux normes européennes. Les paramètres actuellement mesurés, Escherichia coli et entérocoques, sont susceptibles d'indiquer la présence de microorganismes pathogènes pour l'Homme sans toutefois indiquer leur origine (humaine ou animale). Depuis 2007, deux projets ("Traceurs" et Marquopoleau") qui réunissent une dizaine de partenaires ont pour objectif de proposer aux acteurs de l'eau des outils analytiques de différenciation de l'origine humaine ou animale d'une contamination fécale. Ces outils permettront in fine d'améliorer la qualité sanitaire des eaux de baignade par une augmentation de l'efficacité de la gestion des cas de non conformité, d'accéder à une maîtrise des risques sanitaires et de répondre aux nouvelles réglementations. Les projets regroupent 6 laboratoires de recherches dont les compétences complémentaires permettent de combiner deux approches : une approche microbiologique fondée sur l'identification de micro-organismes ayant des hôtes spécifiques et une approche chimique s'appuyant sur la détection de molécules de synthèse et de molécules naturelles spécifiquement humaines ou animales. Les outils analytiques que les laboratoires ont commencés à développer en 2007, reposent sur des méthodes de différenciation du génome bactérien et viral, sur des méthodes de chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse en tandem et sur la spectrométrie de fluorescence. La pertinence des marqueurs de contamination sera testée sur des eaux de surface recevant des rejets d'origine humaine ou animale bien caractérisés puis à l'échelle de bassins versants sur des eaux de baignade en eau douce et en eau de mer.