Rapport final indicateur poisson pour Seine aval qui avait cofinancé et aussi ajouté une partie spécifique concernant un indicateur anatomo-pathologique. Une démarche spécifique a été développée pour élaborer un indicateur multi-métriques, basé sur la composante ichtyologique, visant à évaluer l'état écologique des masses d'eau de transition (MET) (figure 2). L'utilisation des poissons comme indicateur de la qualité de l'écosystème, implique de connaître, la réponse induite par une pression d'origine anthropique, sur leurs peuplements, afin de pouvoir la traduire en un état écologique, à l'échelle du milieu. Idéalement, cette caractérisation doit se fonder sur une référence (par rapport à un écosystème non altéré). Dans le cas des eaux de transition françaises, soumises à de fortes perturbations humaines, il n'existe pas de telles références et leur reconstitution s'avère impossible, faute de données. L'approche originale adoptée ici, de type pression-impact, repose sur l'analyse du triplet : inventaire ichtyofaunistique x caractéristiques physiques x pressions anthropiques (figure 1). Elle a consisté à modéliser la variabilité de divers descripteurs du peuplement (métriques), en fonction de pressions anthropiques, du protocole d'échantillonnage et des caractéristiques physiques du système, qui tous sont susceptibles d'influer sur la structure des peuplements de poissons. Pour cela, des indices de pressions anthropiques ont été construits afin de caractériser les MET. Une vingtaine de métriques candidates (diversité, fonctionnalités biologiques), ont été ensuite sélectionnées et leur sensibilité, face aux pressions anthropiques, testée. Parmi elles, 4 métriques sur les estuaires et 3 métriques sur les lagunes, ont permis de calculer des seuils discriminant 3 «états» des peuplements. Une méthode de scoring et des règles d'agrégation des métriques permettent d'obtenir, au final, un indicateur multi-métriques. Pour l'ensemble des districts (à l'exception de Loire Bretagne n'ayant pu achever, en 2007, les campagnes d'échantillonnages), les classes de qualité des MET, sont évaluées au travers de l'indicateur poisson (Figure 3).