Les effluents organiques sont majoritairement traités dans des stations d'épuration par nitrification et dénitrification biologique. La nitrification est généralement l'étape limitante du procédé. Elle est effectuée par des communautés aérobies autotrophes qui oxydent l'ammonium successivement en nitrite (microorganismes ammonio-oxydants, AO) puis en nitrate (bactéries nitrite-oxydantes, NO). De nombreuses études ont porté sur l'analyse de la diversité des populations nitrifiantes dans les procédés de traitement des eaux usées mais très peu se sont intéressées au lien entre leur présence et l'activité de nitrification. Ainsi, même si toutes les stations d'épuration présentent un taux d'élimination de l'azote supérieur à 79 %, elles différent généralement à la fois par les caractéristiques de leur eau usée et par les paramètres de fonctionnement, tels que la concentration en azote ammoniacal, en azote total, en DCO et la charge appliquée, les temps de rétention L'objectif de ce travail est donc de : i) mesurer l'activité de nitritation et de nitratation, ii) déterminer la structure des communautés microbiennes nitrifiantes (bactéries et archées ammonio-oxydantes et bactéries nitrite-oxydantes) et iii) quantifier les différents groupes nitrifiants, dans les boues activées d'une vingtaine de stations d'épuration (comprenant des stations urbaines et des stations d'eaux industrielles ou agricoles). Dans un premier temps, la boue activée de chaque station d'épuration a été analysée par respirométrie. Les taux de nitritation et de nitratation maximaux sont compris respectivement entre 5.51 et 135.92 mgO2.L-1.h-1 et entre 1.32 et 15.23 mgO2.L-1.h-1. Même si le protocole utilisé est identique pour toutes les boues, différents profils respirométriques sont observés. En effet, la pente de la diminution du taux de nitratation est plus ou moins forte selon les boues. Cette observation peut être due à des constantes d'affinité différentes et par conséquent liée à la diversité des microorganismes. Dans un deuxième temps, la structure et l'abondance des populations nitrifiantes dans les différentes boues prélevées sont analysées en ciblant l'ADNr 16S ou des gènes de fonction (amo et nxr). Cette partie en cours de réalisation par PCR-T-RFLP et PCR en temps réel.